Stosunki łączące bohaterów na łamach serii Kojimy, łączy często nietypowa więź. Stawiani są w sytuacji wyborów, o tyle niejasnych i nie zawsze podlegających łatwiej ocenie, często ze względu na to iż osoba w której kierunku podnoszą broń, to członek rodziny: brat, ojciec, czasem matka, na pewno ktoś bliski. To nadaje także relacjom pewnego smaku i napięcia, skoro bohater musi zmierzyć się już nie tylko z kimś obcym, kolejnym anonimowym przeciwnikiem.
Oprócz związków bazujących tylko na krwi, często spotykamy się z relacjami o podłożu miłosnym. Starcie kochanków to częsty temat w twórczości Kojimy, jeszcze częściej występuje między nimi patologiczna więź, oparta na zawiści, czasem po prostu fanatycznej nienawiści. Osoby dramatu, choć połączenie wzniosłą więzią, nie potrafią uniknąć trudnych zderzeń, zarazem pokazują że ich relacje, nawet jeśli sprowadzone są do przemocy, są wciąż stroną tego samego medalu - nieodłączną częścią tożsamości.
Jak kochają bohaterowie MGS 2? Kilka "mięsnych" przykładów:
Jack, skrzywdzony chłopiec, naznaczony koszmarem z dzieciństwa, nie potrafi w pełni otworzyć się przed swoją wybranką - wyparta przeszłość przynosi w końcu fizyczny atak na Rose.
Hal "zdradził" swojego ojca z macochą, co stało się późniejszym motywem próby utopienia Emmy przez upokorzonego mężczyznę. Z tego powodu Otacon opuścił rodzinę na dobre.
Emma - po rozpadzie rodziny, została zaatakowana na tle seksualnym przez swojego ojczyma. Przez lata nosiła zadrę do swojego brata, napędzana chęcią zemsty i zawiścią w stosunku do Hala, podjęła się prób pójścia w jego ślady: zarazem żywiła głębokie uczucie do przybranego brata, choć kochała go na sposób nietypowy dla rodzinny, Hal nigdy nie mógłby zaakceptować jej pragnienia by patrzył na nią jak na "kobietę", nie tylko siostrę.
Olga: skrywała przez całą misję swoje motywy, oszukiwała, zdradzała, robiła wszystko by zagwarantować przetrwanie swojego dziecka, odebranego jej siłą. By tego dokonać, nie wahała się poświęcić życia, najbardziej zaufanych ludzi.
Vamp - dziwny i tajemniczy kochanek, dopełnia tragedii Fortune, będąc kochankiem jej ojca, jednocześnie angażując się w relację z córką swojego kochanka: ten związek upadłej miłości, definiują przede wszystkim ślady śmierci. Sceny wysysania krwi, mają w sobie coś erotycznego, nawet jeśli przypominają nekrofilski gwałt.
Liquid - powrót arcyłotra, to niezupełnie miłość, ale pasożytnicza inwazja świadomości koszmarnego bliźniaka w łonie umysłu ruskiego agenta, ma w sobie coś z groteskowego gwałtu.
Solidus - ten człowiek nie zaznałby spełnienia w ramionach kobiety. Pochłonięty miłością do narodu, osiąga swoją platoniczną relację symboliczną sceną gwałtu, po tym jak Arsenal Gear dokonuje okrutnej penetracji Manhattanu.
Upadła miłość, pełna perwersji i brudu - domieszka bólu w tych związkach pokazuje że bohaterowie nie potrafią kochać bez przemocy. Początkowa trauma kieruje ich w ramiona drugiej osoby, jest także powodem łaknienia krwi - burzliwe związki uzupełniają się w wzajemnym zabijaniu. Koszmarna groteska staje się całością gdy miłość znajduje swój wyraz w zadawaniu cierpień drugiej stronie. Przemoc jest warunkiem spełnienia się, kochankowie nie dopuszczają do świadomości stanu, w którym strumień rozkoszy płynie z możliwości zadawania bólu; ukrywanie przed sobą swoich pasji, wzrasta do tego stopnia, że sama przyjemność wiąże się nierozerwalnie z cierpieniem, stąd wyrażanie swoich uczuć, ma już silnie sadystyczny charakter. Na samym końcu, by osiągnąć stan orgiastycznej ekstazy, erekcyjny sukces - sceny z próby wysadzenia Big Shell, przez opętanego totalną destrukcją Fatmana, symbolicznie odzwierciedlają coś co noszą w sobie wszyscy bohaterowie: fetyszystyczną dominację nad partnerem poprzez zniszczenie, jako ostatni akt wyznający miłość.