VII: Naga Synteza

Proces defragmentacji dotyka także innych bohaterów MGS4. W Epilogu, Naked Sin, znajdujemy zbiór idei poprzednich trzech części, teraz już wolnych od łączącego je wątku Pustego Zwycięstwa.

Pierwsza sekwencja Naked Sin łączy elementy dobrego i złego zakończenia MGS1: Meryl akceptuje Campbella jako swojego ojca, a miłość zakwita na polu walki (Drebin wzmacnia ten pomysł ofiarując nowożeńcom ‘deszcz kwiatów’ prosto z transportera, obraz ten łączy rozkwit i maszynę wojskową). Meryl i Johnny wzięli ślub w obecności członków nowego Foxhound, Campbella, Mei Ling i Otacona – wszyscy oni (lub postaci do których nawiązują) byli obecni w MGS1. Duchy się uwydatniają, a wszyscy stają się niweolnikami nakazu Naomi 'wybierz życie, a potem żyj.

Brakuje tylko bohatera MGS1, Solid Snake’a katalizatora samoświadomości Raidena.

Trzecia część Epilogu także łączy temat i myśl końca Snake Eatera, jednak zawiera znaczącą różnicę: Solid Snake zastępuję głównego bohatera MGS3 – Big Bossa. Solid Snake jest nieobecny na drugim zakończeniu ponieważ pełni rolę pełnomocnika Big Bossa.

Old Snake jest ostatnią postacią w MGS4 ograniczoną formą. Naked Snake stał nad pustym grobem The Boss by oddać cześć swojej nauczycielce, którą zabił na rozkaz Zero, a Old Snake stoi nad pustym grobem Big Bossa by podobnie oddać cześć nauczycielowi którego zabił na rozkaz Zero. Snake mówiąc ’Nasz czas się skończył, nasza wojna się skończyła’ przywołuje tutaj temat z MGS3 – rolę czasów w których żyjemy na nas samych. W momencie gdy Snake chce popełnić samobójstwo na cmentarzu pełnym białych kwiatów mamy przed oczami dwa istotne momenty z MGS3 (scenę z cmentarza, oraz zabicie The Boss).

Operacja Snake Eater nie była jednakże misją Solid Snake. Snake, będąc ciągle pełnomocnikiem, nie znajdując się w miejscu nowych zakończeń MGS1 i MGS2 umiera znajdując się w iteracji zakończenia MGS3.

VIII: Wyłowienie