Kontrola nad Snake’em znów przechodzi w bardziej naturalne środowisko, co tyczy się zarówno powrotu pod domowy telewizor, ale też dotyczy problemu sterowania. Problemu, wszak przejście na przenośną konsolkę było dość upierdliwe, nawet pomimo usilnych prób wprowadzania różnych typów kontroli zachowań bohatera. Braka pada w ręku pozostawał jednak faktem, jak gra przeznaczona na PSP poradzi sobie po przejściu na duże konsole?

Przede wszystkim wykorzystując sprawdzone już mechanizmy. Prawa gałka analogowa posłuży do celowania, co wielu graczom ułatwi życie (przeciwnikom już nie za bardzo), jednak auto-celowanie nadal jest w grze, choć korzystanie z tej opcji być może nie będzie już tak potrzebne. Rozwijanie menusy z przedmiotami przenoszą się na górną część pada, w miejsce przycisków R2 oraz L2 (bo mowa tutaj o wersji na konsolę Sony), za pomocą których używanie itemów oraz broni odbywać się będzie bez zbędnego opóźnienia. Korzystanie z krzyżaka czyli przycisków kierunkowych zostało trochę odciążone, przesuwając podejmowanie akcji na przyciski geometryczne – kucanie w tym przypadku obywać się będzie poprzez wciśnięcie X’a. Innymi słowy sterowanie nie powinno przysparzać trudności nikomu kto był przyzwyczajony do poprzednich części w wersji na duże konsole.