Boss #1: Revolver Ocelot

* Sposób 1
Kiedy utorujesz już sobie drogę prowadzącą do Bakera, wróć do Armory w celu zdobycia ładunków C4, tak aby posiadać maksymalną możliwą na tym etapie gry ich liczbę. Przed wejściem do pomieszczenia gdzie znajduje się Ocelot uzbrój się w Socoma. Już na samym początku starcia, zaraz po wypowiedzeniu przez przeciwnika zwrotu „draw!”, namierz i wystrzel we wroga jeden pocisk, a następnie szybko naciśnij R2 i wybierz z ekwipunku C4.
Teraz należy jak najszybciej ukryć się za filarem znajdującym się w prawym dolnym rogu pomieszczenia. W momencie, gdy Ocelot zacznie wypowiadać swoją kwestię, podłóż C4 w miejscu, w którym się znajdujesz (pamiętaj jednak, że w chwili, gdy przeciwnik wypowiada swój monolog, nie można korzystać z menu broni i wyposażenia). Kiedy ładunek wybuchowy będzie już umieszczony, skieruj się do góry i usytuuj się przy wschodniej ścianie pokoju, dokładnie po środku drogi pomiędzy dwoma kolumnami. Tutaj umieść trzy ładunki, po czym biegnij do góry, na lewo, a następnie w dół – Ocelot powinien uciekać przed Snake’iem. W momencie, gdy Twój przeciwnik znajdzie się w okolicach pierwszego z C4, zdetonuj materiał wybuchowy. Następnie skieruj się w pobliże zachodniej ściany. Tutaj, manewrując odpowiednio w górę i w dół bohaterem sprawisz, iż wróg zacznie uciekać, wtedy też należy w odpowiednim czasie zdetonować pozostałe ładunki.
Technika ta wymaga dosyć dużej ilości treningu, by zabrać Ocelotowi duży zapas energii, a jednocześnie nie zabić przy tym Bakera.

* Sposób 2
Po rozpoczęciu walki należy użyć Stun Grenade i skierować się wprost na Ocelota. W odpowiedniej chwili strzel w przeciwnika i wykonaj dynamiczny unik, gdyż wróg zaraz potem zaatakuje. Następnie ponownie strzel w Ocelota. Czynność należy powtórzyć kilkakrotnie.

* Sposób 3
Na samym początku pojedynku rzuć Stun Grenade i biegnij w stronę Ocelota. Strzel następnie w oponenta i wycofaj się. Ocelot powinien w tym momencie uciekać. Teraz wystarczy biec bezpośrednio za nim i strzelać, kiedy nadarzy się okazja.

Boss #2: M1 Tank

Użyj Chaff Grenade i skieruj się natychmiast w stronę czołgu. Gdy będziesz w jego pobliżu, stań tuż obok i rzuć granat w okolice włazu kokpitu, tam gdzie znajduje się żołnierz z karabinem. W ten sposób maszyna ucierpi znacznie szybciej niż gdybyś wcześniej zdecydował się na uszkodzenie gąsienic. Teraz skorzystać należy z miny, którą miałeś/aś okazję zabrać przed scenką przerywnikową z Ravenem. Podłóż ją, a następnie wysadź. Następnie należy ustawić się w pobliżu głównego działa i wychylając się co pewien okres czasu, rzucać granaty wprost w stronę wieży czołgu.

Boss #3: Cyborg Ninja (Gray Fox / Frank Jaeger)

Faza 1
Atakuj Foxa nie korzystając zupełnie z broni, tylko za pomocą ciosów fizycznych. Po pewnym czasie Twój przeciwnik schowa swoją śmiercionośną katanę.

Faza 2
Przede wszystkim należy bardzo dużo biegać. Kiedy wróg nie trafi ze swoim atakiem podbiegnij do niego i wykonaj combo (trzykrotne wciśnięcie „kółka”). Czynność tę trzeba powtarzać do momentu, gdy Ninja zniknie z Twoich oczu wykorzystując swój kamuflaż optyczny.

Faza 3
Jeśli nie posiadasz w ekwipunku gogli termicznych, to nie jest to wbrew pozorom problem. Pomimo faktu, iż Frank jest w tej części pojedynku niewidzialny, widać dokładnie pod nim okrągły cień. W chwili, gdy zlokalizujesz swojego oponenta należy jak najszybciej wykonać skuteczne combo, w przeciwnym razie to przeciwnik efektywnie Cię zaatakuje, co w przypadku najwyższego poziomu trudności może okazać się zgubne.

Faza 4
Teraz dla urozmaicenia Fox nieustannie teleportuje się. Jak zwykle kluczem do odniesienia sukcesu jest znajdowanie się w ciągłym ruchu. Po tym jak uda Ci się uniknąć wrogich ciosów, będziesz miał możliwość wyprowadzenia skutecznego combo. Kiedy uderzysz Franka trzy razy (przynajmniej tak jest w wersji NTSC gry), Twój przeciwnik będzie teleportował się dwukrotnie przed zadaniem decydującego ciosu, zalecana jest więc ostrożność.

Faza 5
Frank uklęknie, po czym otoczy go pole siłowe. Można co prawda spróbować wykorzystać przerwy w generowaniu przez wroga osłony i zaatakować go zwyczajną serią ciosów, jednakże jeśli uważasz, iż cel uświęca środki wystarczy uciec się już do standardowej broni.

Boss #4: Psycho Mantis

Faza 1
Meryl strzela do Ciebie, tak więc skorzystaj ze Stun Grenade aby ją unieszkodliwić i nie wyrządzić jej przy tym krzywdy.

Faza 2
Po pierwsze – włóż pad do drugiego portu konsoli. Dzięki temu Mantis nie będzie mógł rozpoznawać Twoich ruchów. Teraz, kiedy Twój przeciwnik:
– zaatakuje za pomocą krzeseł – połóż się na ziemi.
– zniknie korzystając z kamuflażu optycznego – skorzystaj z gogli termicznych i atakuj zanim jeszcze skieruje w Ciebie kulę energii.
– poruszy dwiema statuetkami – połóż się.
– wprawi w ruch wazony – padnij na ziemię, a następnie natychmiast powstań i oddaj w kierunku przeciwnika strzał tuż po tym jak obiekty przez niego sterowane Cię ominą.
– wykorzysta jako broń książki i obrazy – jak najszybciej zejdź z drogi ruchomym przedmiotom i połóż się na ziemię.

Faza 3
Zneutralizuj Meryl za pomocą Stun Grenade, lub po prostu ją znokautuj.

Faza 4
Bardzo podobna do fazy drugiej, z tym, że Mantis łączy tutaj swoje ataki. Sposób na ich uniknięcie jest jednakże ten sam.

Boss #5: Sniper Wolf

Połóż się z prawej strony obszaru na którym toczy się pojedynek, aby być w ten sposób skutecznie osłoniętym, a także mieć dobry widok na przednią część balkonu, gdzie znajduje się Sniper Wolf. Dobrze jest, jeśli dysponujesz paroma sztukami Diazepamu. Jeśli nie, warto dać bohaterowi papierosa do zapalenia. Wolf ukrywa się początkowo za środkowym filarem. Traf ją. Teraz nie możesz spuścić jej z oczu. Jeśli uda Ci się to, wygrasz starcie bez większych problemów, gdyż wiedział/a będziesz gdzie dokładnie kierować się będzie kobieta. Jeśli mimo to nadal masz kłopoty, to w momencie, gdy Twój przeciwnik:
– biegnie w prawo i kładzie się – oddaj trzy strzały i jeden dodatkowy, kiedy Wolf wstaje.
– udaje się na lewą stronę – wyceluj karabinem nieco na prawo od środkowej kolumny. Kobieta w tym właśnie miejscu powinna uklęknąć z bronią, a Ty oddasz wtedy jeden strzał.
– biegnie na lewą stronę i kuca – masz okazje do oddania rozstrzygającego strzału.

Boss #6: Hind D

Zajmij swoją pozycję pomiędzy drzwiami, którymi dostałeś/aś się na dach wieży, a znajdującym się na prawo generatorem. W ten sposób będziesz w stanie uniknąć większości ataków helikoptera. Walka wbrew pozorom jest banalnie prosta i przy odrobinie treningu możliwe jest jej zakończenie bez najmniejszego draśnięcia. Zawsze staraj się wyczekiwać na to, aż przeciwnik zakończy swoją serię z karabinu, a następnie wychylając się zza północnej części transformatora, oddaj celny strzał z wyrzutni Stinger. Koniecznie obserwuj kąt, pod którym Liquid strzela w Twym kierunku i dopasuj swoje ustawienia tak, aby naboje nie miały prawa Cię trafić. Pojedynek nieco się skomplikuje, kiedy maszyna straci dużą ilość energii. W drugiej części starcia istotne jest wykorzystanie zmysłu słuchu, gdyż Hind często ukrywał się będzie przed Twoim wzrokiem w okolicach niższych poziomów budynku. Nawet jeśli nie widzisz przeciwnika, to korzystając z systemu namierzającego wyrzutni Stinger, możesz skutecznie zlokalizować miejsce jego położenia (celuj bronią nieco poniżej północnej i wschodniej krawędzi dachu, aż do chwili, gdy system namierzający przyjmie barwę czerwoną). W ten sposób, kiedy helikopter ukaże się Twoim oczom, istnieć będzie możliwość wykonania szybkiego, efektywnego ataku. Kilkakrotne powtórzenie tej czynności zaowocuje wygranym pojedynkiem.

Boss #7: Sniper Wolf

Ukryj się za zaspą znajdującą się z prawej strony, a następnie wyekwipuj wyrzutnie rakiet Nikita i strzelaj w kobietę. Jeśli walka nadal sprawiałaby Ci problemy, to skorzystaj ze wzniesienia po lewej stronie (w okolicach gdzie stoi ciężarówka), które pozwoli Ci dostać się na ten sam, co Wolf poziom terenu.

Boss #8: Vulcan Raven

Przypatrz się rysunkowi:

– linia ciągła oznacza Twoją ścieżkę.
– groty symbolizują kierunek, w którym zwrócony ma być Snake w czasie podkładania miny.
– poszczególne cyfry to kolejność, z jaką podłożone mają zostać ładunki.
– linia przerywana oznacza drogę, jaką należy obrać pod sam koniec walki tak, by nie znaleźć się w zasięgu rażenia wcześniej podłożonych min.

Boss #9: Metal Gear REX

Faza 1
– Jeszcze zanim Rex zacznie być aktywny, wyceluj za pomocą wyrzutni Stinger w miejsce gdzie znajduje się radar maszyny. Następnie wystrzel pocisk, pamiętaj jednak o tym, że aby odzyskać kontrolę nad sterowaną przez Ciebie postacią, trzeba schować wcześniej używaną broń (możesz zrobić to tuż po wystrzeleniu). Metal Gear zacznie strzelać z karabinu, by uniknąć tego ataku należy biec na prawą stronę. Kiedy maszyna zakończy swoją ofensywę, natychmiast wykorzystaj Stingera. Udaj się na bok i szybko strzel w radar. Rex wystrzeli najprawdopodobniej rakiety samonaprowadzające, by ich uniknąć biegnij bezpośrednio w kierunku mecha. Specyfika kolejnych ruchów przedstawia się następująco:
– w chwili, gdy Rex zacznie strzelać z karabinu, udaj się w prawo, gdy maszyna skończy swój atak skorzystaj z wyrzutni.
– biegnij w stronę Metal Geara. Wystrzeli w Twoim kierunku rakiety samonaprowadzające, kiedy eksplodują użyj Stingera i uciekaj do tyłu.
– powróć do poprzedniego miejsca, a Rex wystrzeli swoje pociski. Natychmiastowo wyekwipuj broń, wystrzel i biegnij w stronę maszyny. Po wszystkim powróć do punktu wyjścia.
Dalszy schemat walki jest identyczny:
– Mech atakuje karabinem – biegnij na prawo i użyj wyrzutni.
– Metal Gear wystrzeliwuje rakiety – udaj się w stronę Rexa i wykorzystaj Stingera.
Powtarzaj ten proceder aż do zakończenia tej części pojedynku.

Faza2
Już wiesz jak zachowywać się przy poszczególnych atakach Metal Gear Rexa. Ten epizod jest identyczny do poprzedniego, z tym, że Twój cel stanowi teraz nie radar, a kokpit, w którym znajduje się Liquid Snake.

Boss #10: Liquid Snake

Stosuj nieustannie combo, opóźniając przy tym jednak ostatni cios tak, aby Snake uderzał prawą pięścią, lewą, ponownie prawą, lewą, ale by nie kopnął przeciwnika. W ten sposób można bardzo efektywnie pokonać oponenta.