Rok 1999, świat stanął przed obliczem kryzysu energetycznego. Okazało się, że zapasy ropy skończą się szybciej niż się tego spodziewano, co gorsza nie ma alternatywnych źródeł energii. Ceny ropy naftowej skoczyły drastycznie w górę, światowa ekonomia jest w szoku. Jednak wynalazek jednego człowieka zmienił to wszystko. Czeski biolog – geniusz, Dr. Kio Marv, stworzył OILIX, mikroorganizm, który może oczyszczać ropę tworząc wysokiej jakości paliwo. Po tym odkryciu świat nabrał nadziei, że to może okazać się zbawienne dla ludzkości.
Kiedy oczy całego świata były zwrócone na OILIX i Dr. Kio Marv’a, on został nagle porwany. Kraje całego świata rozpoczęły poszukiwania i wszystkie ślady prowadziły do Zanzibar Land. Był to kraj rządzony twardą wojskową ręką, który pojawił się nagle w środkowej Azji w 1997 roku. Kiedy rozpoczęło się powstanie ZSRR wysłało natychmiast specjalny oddział zwany CIS. Jednak Zanzibar Land, dzięki zebraniu różnych najemników z całego świata i obudowaniu większości swojego terytorium, powstrzymał ataki i ogłosił niepodległość. Wojna ta z racji dużej ilości najemników biorących w niej udział została nazwana 'wojną najemników’.
Według niektórych informacji Zanzibar miał być w posiadaniu broni nuklearnej. Wszystko to było aż nazbyt oczywiste. Zdobywając OILIX, będąc jednocześnie w posiadaniu broni nuklearnej, Zanzibar Land chciał uzyskać przewagę zarówno wojskową jak i ekonomiczną nad całym światem. Zaniepokojone tą sytuacją Stany Zjednoczone nakazały dowódcy Fox Hound, pułkownikowi Roy’owi Campbell’owi zajęcie się tą sytuacją. On jako były członek tego elitarnego oddziału sprowadził Solid Snake’a, który cztery lata wcześniej sam zniszczył Outer Heaven. Nakazał mu odzyskanie Dr. Marv’a, oraz formuły OILIX.
Po dostaniu się do bazy, dzięki pomocy Holly, oraz innych osób, Snake skontaktował się z Dr. Pettrovich’em, twórcą Metal Gear’a w Outer Heaven. On także został porwany i zmuszony do pracy nad kolejnym Metal Gear’em. Snake dowiedział się od niego czegoś jeszcze bardziej szokującego, człowiek którego miał zabić cztery lata temu, Big Boss, okazał się głównodowodzącym Zanzibar Land’u. Snake, przy pomocy Nastashy, uratował Dr. Pettrovich’a i udali się w głąb fortecy w poszukiwaniu Dr. Marv’a. W czasie przechodzenia przez wąski most wiszący trafiła w niego rakieta. Snake nie mogąc już uratować Nastashy, usłyszał dobrze mu znany głos : 'Witaj Snake. Jesteśmy kumplami. Mogę pozwolić Ci odjeść. Tylko opuść to miejsce natychmiast !’, to był Gray Fox. Snake widział go za sterami Metal Gear’a. Najlepszy żołnierz w Fox Hound, który po upadku Outer Heaven zniknął tak jakby podążał za Big Boss’em. Po śmierci Nastashy i utracie Pettrovich’a, Snake krzyknął : 'Fox ! Nie poddam się !’.
Po kilku walkach z różnymi najemnikami, Snake w końcu dotarł do Dr. Marv’a. Jednakże, przybył za późno. Zobaczył zwłoki Marv’a i bezsilnego Pettrovich’a stojącego nad nim. Pettrovich powiedział Snake’owi, że Marv nie mógł znieść tortur z powodu problemów z sercem. Snake nagle dostał wiadomość od Holly, okazało się, że Pettrovich jest w Zanzibar Land z własnej woli i że to on sam wykonał plan porwania Marv’a. Gdy prawda wyszła na jaw rozpoczęła się między nimi walka, z której Snake wyszedł zwycięsko. Po zdobyciu planów OILIX Snake próbował uciec, jednak na jego drodze ponownie stanął Metal Gear. W walce, która odbyła się w piwnicach twierdzy Snake zwyciężył, jednak Gray Fox nie poddał się i wyzwał Snake’a na pojedynek. Na środku pola minowego Snake i Fox walczyli bez broni. Pojedynek na pięści bez nienawiści czy chęci zabicie. Była to walka czystych emocji, z której zwycięsko wyszedł Snake. Jednak pozostał ktoś jeszcze, z kim Snake musiał walczyć – Big Boss. Tak jak cztery lata temu, tak i teraz czekał na Snake. 'Ten który poznał napięcie walki, nigdy już nie opuści pola boju. To ja dostarczam Ci coś dla czego żyjesz, dostarczam wojnę.’, Snake niewzruszony słuchał aroganckiego Big Boss’a. 'Jest tylko jedna walka, w której musze wziąć udział, żeby uwolnić się od tego koszmaru…Big Boss’ie, zabiję Cię !’
Rozgorzała walka, Snake używając prowizorycznego miotacza ognia, spalił Big Boss’a.
Mając już plany OILIX, razem z Holly udało im się uciec, Snake po raz kolejny uratował świat, jednak na jego twarzy nie było uśmiechu, w głowie miał ostatnie słowa Big Boss’a : 'Ktokolwiek wygra, ta walka się nie skończy. Przegrany zostanie uwolniony od pola walki, jednak zwycięzca na nim pozostanie. Będzie musiał żyć jak wojownik, aż do swojej śmierci…’
Snake po zakończeniu operacji zniknął wśród białych śniegów Alaski, znowu był sam…