Jack Raiden

Wysłannik Pentagonu mający uwolnić porwanego prezydenta. Ze względu na niedługi staż swojej pracy nie posiada doświadczenia w otwartych akcjach. Jego bezpośrednim przełożonym jest Roy Campbell. Swoje umiejętności jak mu się wydaje zawdzięcza treningowi w wirtualnej rzeczywistości (VR). Jednak jako sierota został przygarnięty i wychowany przez Solidusa, który nauczył go innego rzemiosła…
Solid SnakeSnake’owi szybko znudziło się ciche i łagodne życie na Alasce, wstąpił do organizacji Philantrophy, zajmującej się wykrywaniem i neutralizowaniem nowych Metal Gear’ów, które od niedawna stały się codziennością. Jeden z takich mechów jest transportowany na tankowcu, na pokład którego nasz bohater szybko się dostaje. Na miejscu jednak wynikły pewne komplikacje…
Hal Emmerich (Otacon)Geniusz komputerowy a zarazem najlepszy przyjaciel Snake’a. Razem z nim pracują w organizacji Philantrophy. Jednak Otacon od brudnej roboty raczej trzyma się z daleka, woli kierować naszym bohaterem zza klawiatury swojego komputera, udzielając mu wskazówek przez znany nam komunikator Codec..
Revolver Ocelot (Shalashaska)Sprawca i prowodyr całego zamieszania, to on sprzedał na czarnym rynku dane testowe Metal Gear Rexa, przez co nie tylko rząd ale i organizacje terrorystyczne mogą sobie pozwolić na własną maszynę zniszczenia. Oprócz tego jest to dwulicowy oszust, dążący do najwyższej władzy. Przeszczepiono mu prawą rękę od zmarłego na Shadow Moses Liquida. Czego jeszcze można się po nim spodziewać?
George Sears (Solidus Snake)Były prezydent USA odsunięty od władzy, po nieudanej akcji na Shadow Moses. To jego głos słyszeliśmy w ostatniej rozmowie z pierwszej części gry. Teraz pragnie tyko jednego – zemsty. Chce zagrozić światu, doprowadzić do niesamowitego chaosu i jako nowy ojciec narodu stworzyć kraj „Synów Wolności” (Sons of Liberty), niepodległą i niezależną od nikogo republikę…
Olga GurlkovichMłoda Rosjanka, doskonale władająca wszelkimi rodzajami broni. Dorastała w armii, która z czasem zastąpiła jej rodzinę. Często towarzyszy ojcu w jego akcjach zbrojnych, jednak on ze względu na dobro córki i jej dziecka (Olga jest w ciąży) martwi się o nią i odsuwa jej wszystkie obowiązki. Jednak Olga od pewnego czasu coś podejrzewa i żadne siły nie zmuszą jej do opuszczenia pokładu tankowca…
VampUrodził się w Rumunii, jako dziecko stracił rodziców. Przeżył tylko dzięki temu, że zaspokajał pragnienie przez picie krwi z ich zwłok. Gdy dorósł przeprowadził się do USA, na początku pracował dla rządu w organizacji Dead Cell, jednak później gdy jej członkowie się zbuntowali i zeszli na przestępczą drogę przyłączył się do nich. Posiada nadludzkie zdolności, przez co nie da się go zabić w tradycyjny sposób…
Helena Dolph Jackson (Fortune)Przywódczyni Dead Cell. Stanowisko to objęła po śmierci swego męża. Przywódca Marines z tankowca Scott Dolph, był jej ojcem. Dzięki specjalnemu urządzeniu wytwarzającym pole elektromagnetyczne pociski ze zwykłej broni nie trafiają w nią, czyniąc ją nieśmiertelną. Jest bliską przyjaciółką Vampa, on sam nazywa ją królową (Queen), jako swojej broni używa potężnego railguna…
FatmanKolejny i zarazem ostatni z członków Dead Cell. Specjalista od ładunków wybuchowych „nadziewa” nimi całe Big Shell. Jego niespełnionym marzeniem było wsławienie się w historii jako największy fanatyk bomb i materiałów wybuchowych. Ponieważ nie należy do tych szczupłych żeby nadążać za innymi, porusza się na rolkach, uwielbia też pić przez słomkę…
Mr. XTajemniczy nieznajomy, pomagający Raidenowi w misji. Nie zdradza kim jest, ani po co to wszystko robi. Jako broni używa samurajskiego miecza, z tytanowym ostrzem. Ale czyja twarz tak naprawdę kryje się pod metalową osłoną?
Peter StillmanAmerykański ekspert od materiałów wybuchowych. Wśród terrorystów jest jeden z najpilniejszych uczniów Stillmana Fatman. To on zna tajniki konstrukcji bomb, a teraz próbuje powstrzymać szaleńca. Jednak nikt nie jest doskonały, Peter w jednej ze swoich ostatnich akcji stracił nogę, ale czy na pewno…
Jahmes JohnsonObecny prezydent USA, porwany przez członków Dead Cell, dla okupu. To on posiada kody odpalenia bomby nuklearnej z pokładu Arsenal Gear (największego z Metal Gear’ów, ukrytego pod kompleksem Big Shell). Kodami tymi są jego fizjologiczne dane, a ich pomiarów można dokonać tylko przy pomocy urządzenia znajdującego się w walizce, którą posiadają terroryści…
Sergei GurlkovichOjciec Olgi, a zarazem fanatyk dyscypliny wojskowej. Zrobi wszystko dla pieniędzy, nawet wyśle swoich ludzi na pewną śmierć. To jego wojska stacjonowały na Shadow Moses. Teraz jego oddziały opanowywują pokład tankowca, a pułkownik Gurlkovich wraz ze swoim nowym towarzyszem Revolverem Ocelotem pragną wykraść Metal Gear’a posiadanego przez Marines…
Scott DolphOjciec Fortune, jest dowódcą oddziałów Marines. Dążył do pokoju na świecie, pragnął by Metal Gear, został dobrze wykorzystany w celach pokojowych. Ponad wszystko stawiał swoich ludzi, chciał aby oni po zaprowadzeniu pokoju stali się jedyną armią, której zaufa ludzkość, a na której czele stanąłby on sam…
Richard AmesOsobisty towarzysz i współpracownik prezydenta Johnsona. Patrioci zlecili mu pilnowanie głowy państwa, aby ten w żaden sposób nie mógł przejść na stronę terrorystów. Jednak Ames został schwytany i stał się jednym z zakładników, przetrzymywanych w pomieszczeniu B1 w ogromnym kompleksie Big Shell…
RosemaryAnalityk i sprawozdawca misji Raidena, a zarazem jego dziewczyna. Jej zadaniem miało być doradzanie i przekonywanie Jacka do wypełniania rozkazów. Oprócz spisywania stanu misji, lubi rozmawiać o sprawach sercowych. Raidenowi stara się przypomnieć rocznicę ich pierwszego spotkania, która wypadała tuż po zakończeniu zadania, kolejnego dnia…
Emma Emmerich (E.E)Przyrodnia siostra Otacona, bardzo do niego przywiązana. Kiedy Hal z powodów rodzinnych uciekł z domu zrozpaczona Emma załamała się, ale pragnęła za wszelką cenę go odnaleźć. Pracuje jako specjalistka systemów komputerowych na Big Shell. Jest też projektantką pewnego wirusa…
Roy Campbell

Znany nam emerytowany pułkownik, tym razem zarządzający misją Raidena. Chociaż Jack musi wykonywać jego rozkazy to jednak nigdy nie spotkali się osobiście. Dlatego też nie darzy go największym zaufaniem. Campbell stara się unikać pytań dotyczących swojej przeszłości, ale jego zachowanie wkrótce zmienia się nie do poznania…
Metal Gear RayNowy rodzaj Metal Gear’a, którego pierwszy model zaprojektowali Marines. Ten model jest amfibią: może poruszać się po lądzie i pływać w wodzie. Tym razem wygląda trochę bardziej „organicznie”. Wyposażony był w karabiny w „rękach”, laser w „głowie” i rakiety zamontowane w „plecach”. Pierwszy prototyp był kierowany przez człowieka, jednak jego wersja produkowana masowo na potrzeby Arsenal Gear’a była już kierowana przez AI. Raiden musiał rozprawić się z całą „armią” RAY’ów w Arsenal’u.
Arsenal GearTen model dużo różnił się od swoich poprzedników, funkcjami i wyglądem. Przypominał płaszczkę. Jego nazwa pochodzi od tego, że był swego rodzaju fortecą, wewnątrz niego przechowywane były RAY’e (około 25), różnego rodzaju pociski, w tym nuklearne. Współpracował z wojskową siecią, był wyposażony w neuronowo-optyczne AI. Był przechowywany pod Big Shell.