Alaska. Do samotnej chatki wtargnęło kilku uzbrojonych mężczyzn. Siłą wywlekli jej mieszkańca i zabrali go ze sobą.
Kilkadziesiąt minut później ofiara znajduje się już w izolatce. To Solid Snake, bohater, który zasłynął w świecie dzięki zapobiegnięciu konfliktom atomowym w Outer Heaven (1995 rok) i w Zanzibarze (1999). Jednak wkrótce odszedł z jednostki do zadań specjalnych FOXHOUND i przeszedł na zasłużoną emeryturę. Żył ze swoją gromadą psów zaprzęgowych na Alasce. Ten stan trwał aż do 2005 roku, kiedy nastała sytuacja, w której usługi Snake’a ponownie są w cenie.
Oczom Solida ukazał się stary druh, Roy Campbell, zwierzchnik ostatniej misji Węża; emerytowany, a mimo to przywrócony do służby ze względu na obecne okoliczności. Minęło trochę czasu od ich ostatniego spotkania. Pułkownik wyjaśnił, że akcja, która miała miejsce w domu Snake’a jest jego zasługą. Zaistniało zagrożenie, którego zażegnanie może zapewnić tylko Solid.
Na obszarze Shadow Moses, terenie składującym rozbrojone rakiety nuklearne, miała miejsce rebelia obecnych członków FOXHOUND i tzw. Genome Soldiers. Jako zakładników wzięto dwie szychy: Donalda Andersona, szefa organizacji DARPA, i Kennetha Bakera, prezydenta Arms Tech. Okazało się, że na miejscu zdarzenia znalazła się też bratanica Roy’a, Meryl. Terroryści straszą użyciem broni jądrowej w wypadku nie spełnienia ich żądań: miliona dolarów i DNA najlepszego żołnierza wszechczasów, Big Bossa. Solida fakt ten zaskakuje, myślał bowiem, że Big Boss doszczętnie spłonął w Zanzibarze po ich ostatniej walce. Dawny przeciwnik Snake’a był dowódcą jednostki FOXHOUND do roku 1995 roku, kiedy to okazało się, że Outer Heaven – raj najemników, jest jego dziełem. Wąż dwukrotnie się z nim mierzył w przeszłości.
Rząd USA dostaje 24 godziny do wypełnienia żądań terrorystów.
W czasie rozmowy ze Snake’iem, pani doktor wstrzykuje coś Solidowi. Ten zareagował nieufnie, na co kobieta natychmiast przedstawiła się mu jako Naomi Hunter. Zastrzyk składał się z nanomaszyn i związków chemicznych, które zapewnić miały Wężowi ochronę zdrowia od wewnątrz. Doktor wyjaśnia też Snake’owi, z kim będzie miał do czynienia w trakcie swojej misji. Otóż na Shadow Moses stacjonują Genome Soldiers: grupa żołnierzy zmodyfikowanych genetycznie w celu osiągnięcia jak najefektywniejszych wyników na polu walki. Do ich terapii użyto genów wybranych właśnie z DNA Big Bossa.
Campbell przedstawia członków FOXHOUND, jednych z najlepszych żołnierzy, jakimi dysponują Stany Zjednoczone.
Psycho Mantis, posiadający niesamowite zdolności parapsychiczne; Vulcan Raven, osiłek uznający się za szamana; Decoy Octopus, mistrz kamuflażu; Sniper Wolf, wspaniała kobieta snajper; Revolver Ocelot, używający rewolweru weteran, zwolennik tortur; wreszcie Liquid Snake: człowiek o tym samym kryptonimie, co Solid Snake, przywódca drużyny, bliźniaczo podobny do Węża. Snake widząc zdjęcie Liquida postanawia zmienić swój wizerunek – ścina i farbuje włosy, by nie zostać pomylonym z przywódcą terrorystów.
Zadaniem Snake’a jest odbicie zakładników, sprawdzenie, czy terroryści mają możliwość wystrzelenia rakiet nuklearnych i powstrzymanie ich, jeśli mają taką możliwość.

Jakiś czas później ekipa znajduje się już na statku podwodnym zmierzającym w stronę zajętej bazy. Snake ma zostać wystrzelony w torpedzie (SDV – Swimmer Delivery Vechicle), by w ten sposób nabranym rozpędem dotrzeć jak najbliżej doków bazy. Inna opcja nie wchodziła w grę, gdyż radary wroga przechwycić mogłyby pozycję łodzi. Akcja przebiega pomyślnie. Snake powoli wypływa z wody i zdejmuje część ekwipunku. Łączność z dowództwem zapewnić mu ma tzw. codec: nowa technologia przypominająca radio, które zmieścić się może w ludzkim uchu; dzięki czemu nikt poza odbiorcą nie jest w stanie usłyszeć przekazu. Roy łączy się z Solidem w celu sprawdzenia jakości kontaktu i podaje małe wskazówki oraz swoją częstotliwość na codec. Mówi również o tym, że do Shadow Moses wyruszyły dwa myśliwce F16. Snake przedziera się przez wilgotny obszar aż do windy, która prowadziła na otwartą przestrzeń na powierzchni.

Jadąc do góry, Wąż zdejmuje resztę ekwipunku nurka. W końcu jego oczom ukazało się lądowisko dla helikopterów i wejście do większego budynku. Na zewnątrz panuje śnieżna zamieć. Jest noc. Na lądowisku znajduje się Hind D. Wchodzi do niego mężczyzna w płaszczu. Latanie w taką pogodę to zajęcie dla naprawdę świetnego pilota, albo po prostu szaleńca. Snake’a zdziwiła jednak bardziej obecność rosyjskiego śmigłowca w tym miejscu. Dowództwo stwierdziło, że ten lot to pewnie reakcja na zbliżające się do bazy F16. Campbell przedstawia wkrótce Solidowi Mei Ling, młodą i sympatyczną Azjatkę, która zaprojektowała radar i codec. Wytłumaczyła ona od razu podstawy działania urządzeń. Naomi pyta Snake’a o stan fizyczny. Ten dzięki zastrzykom i kombinezonowi odpornemu na mróz okazuje się być w porządku. Solid wyznaje, że przemycił w swoim żołądku papierosy. W końcu nigdy nie wiadomo, kiedy mogą się one przydać.
Snake zmuszony jest dostać się do środka. Wejście frontowe jednakże nie wchodziło w grę. Bohater na szczęście odnajduje wkrótce otwarty właz wentylacyjny. Po drodze, unikając strażników, zaopatruje się w granaty i pistolet SOCOM – niestety, jego używanie bez tłumika powodowało zbyt wiele hałasu. Kiedy Snake przeciska się wąskim szybem, dzwoni do niego stary znajomy – McDonnel Master Miller. Wyjaśnia krótko powody udziału w misji i oferuje swoją wiedzę, co do praw rządzących polem walki oraz klimatu panującego na Alasce. Czołgając się dalej, Snake zauważa przez otwór w szybie wentylacyjnym dwóch rozmawiających ze sobą strażników. Mężczyźni wspominają coś o przeniesieniu szefa DARPA na pierwsze piętro piwnicy i o oczyszczeniu szybów. Dla Węża oznaczało to otwartą drogę do celu. Okazuje się też, że na Shadow Moses znajduje się drugi intruz, który zabił jak dotąd trzech ludzi i używa kamuflażu stealth. Zaskoczyło to Snake’a, ale rusza on dalej, aż do samego wyjścia. Znajduje się wreszcie w wielkim pomieszczeniu z licznymi mniejszymi pokoikami, oraz czołgami zaparkowanymi poziom niżej. W jednym z niewielkich pomieszczeń odnajduje gogle termooptyczne. Następnie schodzi na dół i wsiada do nowoczesnej windy. Kierując się wskazówkami nieświadomie przekazanymi od strażników, Solid zjeżdża jeden poziom niżej. Na jego radarze pojawia się duży zielony punkt, który według wiadomości pochodzących od dowództwa sygnalizuje obecność Donalda Andersona. Snake nie może się jednak zwyczajnie przedostać do pomieszczenia z celami przez drzwi, które wymagają karty. Czeka go ponowna podróż przez szyb wentylacyjny. Najpierw na miejscu zauważa znajdującą się pod szybem, uwięzioną kobietę. Następnie spostrzega jednego z zakładników, szefa DARPA. Bohater usuwa kratę wentylacyjną i zeskakuje do celi. Donald Andersen – dojrzały, czarnoskóry, elegancko ubrany mężczyzna jest bardzo zaskoczony i wręcz wystraszony taką wizytą. Jednak po szybkim wyjaśnieniu oddycha z ulgą. Dotąd nie wiedział, że terroryści szantażują rząd USA. Snake pyta go, czy złoczyńcy mają możliwość odpalenia broni nuklearnej, na co słyszy odpowiedź twierdzącą. Zwierzchnik DARPA wyjaśnia, że właśnie wyjawi przed Solidem ściśle tajne informacje. W Shadow Moses prowadzono eksperymenty nad nowoczesną bronią nuklearną, czołgiem poruszającym się na nogach i mogącym odpalić rakietę z dowolnego miejsca na ziemi. Snake doskonale wie, że chodzi o Metal Geara. Nowy model maszyny uzyskał nazwę REX. Jednak, aby odpalić ładunek potrzeba dwóch kodów. Jeden ma Anderson, drugi prezydent Arms Tech. Niestety, okazuje się, że Donald wyjawił swój kod. Wyjaśnia, że wyczytał go z jego umysłu Psycho Mantys. Nie było żadnej możliwości by się temu przeciwstawić. Co więcej, Bakera przeniesiono piętro niżej, prawdopodobnie do świeżo zamurowanych cementem pomieszczeń. Anderson nie wie czy drugi kod również został ujawniony, ale nawet w takim wypadku istnieje możliwość rozbrojenia głowic. Są nią klucze PAL, które powinien posiadać właśnie Kenneth Baker. Darpa Chief oddaje Snake’owi swoją kartę dostępu do drzwi, tzw. PAN Card. Posiada ona poziom pierwszy dostępu. Mężczyzna, wyraźnie zdenerwowany, dopytuje Solida czy nie ma on pojęcia o jakichś innych sposobach dezaktywacji, a skoro nie, to czy w takim razie rząd zamierza spełnić żądania FOXHOUND. Solid jednak nie posiada takich informacji. Anderson zapytuje jeszcze o Pentagon, kiedy nagle zaczynają nim targać drgawki. Krzyczy z bólu, osuwając się przy tym na towarzysza rozmowy. W końcu upada. Snake stwierdza zgon, o którym zaraz informuje dowództwo. Ci są naprawdę zaskoczeni. Wszystko wskazuje na zawał serca. Solidowi nie pozostaje jednak nic, jak wydostać się z celi i znaleźć Bakera. W sąsiednim pomieszczeniu da się słyszeć odgłosy otwieranych drzwi. Wkrótce słychać stłumiony męski krzyk i odgłosy kluczy. Po tym wszystkim, drzwi celi, w której przebywa Snake otwierają się. Bohater ostrożnie wychodzi, by zaraz potem znaleźć się na muszce osoby ubranej w kostium strażnika. Nieopodal leży nieprzytomny, rozebrany mężczyzna. Przeciwnik Węża mówi kobiecym głosem – nakazuje bohaterowi nie ruszać się. Karabin w rękach kobiety wyraźnie trzęsie się. Przez chwilę dziewczyna myśli, że namierzyła ze swojej broni samego Liquida, ale po chwili dostrzega różnicę. Obarcza Snake’a winą za śmierć szefa DARPA. Solid próbuje na spokojnie podjąć rozmowę, określając przy tym kobietę mianem żółtodzioba, który nigdy nikogo nie zabił. Szybka wymiana zdań doprowadza do wspólnego celu – wydostania się z pomieszczenia. Snake nie musi jednak używać swojej karty – do korytarza wkraczają ciężko uzbrojeni strażnicy. Solid reaguje od razu i posyła ich na ziemię kilkoma strzałami. Zwraca przy tym uwagę towarzyszce, aby wreszcie otworzyła ogień. Z następną partią wrogów kobieta rozprawia się już sama. Po jakimś czasie strzelanina się kończy. Dziewczyna dziękuje Snake’owi za pomoc i odbiega do windy, nie bacząc na pytania Solida. Nagle, ni z tego ni z owego, zaczyna strzelać do bohatera! Ten robi szybki unik. W końcu kobieta odjeżdża windą. Po tym zdarzeniu Snake zauważa przed sobą unoszącego się nad ziemią, chwalącego dziewczynę, mężczyznę w masce przeciwgazowej. Wąż pyta doktor Naomi czy to halucynacja spowodowana jest jego stanem fizycznym, ale okazuje się, iż odczyty pochodzące z ciała bohatera wskazują na stan stabilny. Roy wyjaśnia, że złudzenie jest prawdopodobnie zagrywką Psycho Mantisa. Tak czy inaczej, Snake po zebraniu amunicji opuszcza to piętro. Drugi poziom pod ziemią jest jednocześnie zbrojownią. Karta Solida umożliwia mu jednakże sprawdzenie tylko kilku miejsc. Bohater zbiera ładunki wybuchowe C4 i znajduje niedawno zacementowaną ścianę, którą wysadza przy ich pomocy. Jeszcze dwa takie zabiegi i Snake znajduje się w większym pomieszczeniu. Na jego środku stoi metalowa konstrukcja, do której przywiązany jest prezydent Baker. Mężczyzna żył, ale znajdował się w złym stanie. Snake już miał go chwycić, kiedy spostrzegł, że w pobliżu znajdują się ładunki C4. Nagle pada strzał. Wąż odskakuje do tyłu, a zza słupa pojawia się osoba podstarzałego, siwego mężczyzny trzymającego w ręku rewolwer. Ubrany jest niczym kowboj. Oznajmia Snake’owi, że dotknięcie jakiejkolwiek żyłki w pobliżu Bakera oznacza śmierć prezydenta. Mężczyzna jest ciekawy osoby Snake’a. Dotychczas znał go jedynie z opowieści swojego dowódcy. Strzelec jest jednym z przedstawicieli FOXHOUND. To Revolver Ocelot. Wykonuje on efektowne sztuczki ze swoim rewolwerem, który stanowi dla niego bardzo cenny skarb. Uznaje go jednocześnie za najlepszy pistolet, jaki kiedykolwiek stworzono. Jest nim Colt Single Action Army wyposażony w sześć pocisków, a więc więcej, niż trzeba, by zabić jakąkolwiek ruchomą istotę. Wszystko zmierzało do pojedynku. Ocelot chowa swoją broń do kabury, a po kilku sekundach napięcia wyjmuje ją w westernowym stylu. Rozpoczyna się strzelanina. Przeciwnik wykorzystuje słupy jako swoje zasłony. Snake musi dodatkowo uważać, aby nie postrzelić Bakera lub nie uszkodzić linek podłączonych do C4. Szansę na trafienie wroga uzyskuje bohater w momencie czasochłonnego przeładowywania przez przeciwnika broni (co jednak sprawia Ocelotowi wyjątkową przyjemność). Nieraz mało brakowało do śmierci któregoś z rywali, ale obydwaj okazali się nadzwyczaj uważni w unikaniu kul. Ocelot chwali Solida. W końcu czego mógł się spodziewać po człowieku noszącym ten sam kryptonim, co jego szef. Mężczyzna przyznaje, że dawno nie miał tak dobrej walki, ale czas już to zakończyć. Wyskakuje nagle zza winkla z rewolwerem wycelowanym wprost w Snake’a, kiedy ma miejsce dziwne zdarzenie. Niewidzialny miecz odcina Ocelotowi rękę na wysokości przedramienia! W kilka sekund później odcięte zostają linki przytrzymujące Bakera, który w konsekwencji upada na ziemię detonując C4. Rewolwerowca odrzuca aż pod samą ścianę, a z ognia wyłania się niewidzialna postać. Baker rozpoznaje kamuflaż termooptyczny, a Ocelot ucieka zabierając ze sobą odciętą rękę. Zapowiada też Snake’owi następne spotkanie. Kamuflaż nieznajomego zostaje wyłączony i świadkom ukazuje się postać cyborga z kataną. Wąż celuje w oponenta pytając jednocześnie o jego tożsamość. W odpowiedzi słyszy, że cyborg jest cieniem Snake’a, ani przyjacielem, ani wrogiem. Wtem dziwna postać zaczyna krzyczeć, aż w końcu ucieka z pomieszczenia. Sytuacja wydaje się być dezorientująca, jednakże Snake od razu zajmuje się Bakerem. Mężczyzna ma wyraźny problemy z chodzeniem, porusza się o lasce. Może na szczęście rozmawiać. Wydaje się, że nie jest bardzo zaskoczony przybyciem Solida. Uznaje, że przysłał go Jim. Pierwszą rzeczą, o jaką pyta Snake jest to, czy szef Arms Tech wyjawił swój kod aktywujący Metal Geara. Niestety, okazuje się, że tak. Jednak nie zrobił tego bez walki. Oparł się mocom psychicznym Mantisa dzięki wszczepionym w mózg implantom, które posiada każda osoba znająca tak ważne dane. Snake’a to nieco dziwi, w końcu szef DARPA utrzymywał, że to właśnie przez telekinezę poznano jego kod. Informacje od Bakera wyciągnął za pomocą tortur Ocelot. Terroryści mieli już możliwość odpalenia rakiet nuklearnych. Pozostała jedyna szansa – klucze dezaktywujące. Okazuje się, że Baker przekazał je kobiecie, którą w czasie rebelii pojmano razem z nim. Wąż doskonale wiedział kim może być ta osoba. Snake musi za wszelką cenę się z nią skontaktować, a tak się składa, że posiada ona zabrany strażnikowi codec. Niestety, Baker zapomniał do niej numer. Gdyby Solidowi nie udało się zatrzymać maszyny, pozostanie już tylko możliwość jej zniszczenia. Jak to zrobić dowiedzieć Snake może się od doktora Hala Emmericha, człowieka zaangażowanego w pracę nad maszyną.
Panowie rozmawiają o projekcie Metal Gear. Po Zimnej Wojnie i traktatach rozbrojeniowych zaczęło brakować miejsc na przechowywanie materiałów z rozbrojonych broni. Ich stan w prowizorycznych składowiskach był okropny. Na czarny rynek wypływały niemałe ilości materiałów potrzebnych do stworzenia niewielkiej broni. W wyniku tego każdy mały kraj mógł mieć w posiadaniu własną broń jądrową. Rząd USA w tej sytuacji musiał dalej utrzymywać politykę zastraszania (termin znany z okresu Zimnej Wojny – posiadanie arsenału, który powoduje, że wrogie kraje boją się zaatakować w obawie przed potężną odpowiedzią), dlatego rozpoczął projekt Metal Gear REX. Arms Tech było podupadającą, po straceniu kontraktu na nowe odrzutowce, firmą produkującą broń. Widzieli więc w produkcji Metal Geara szansę na powrót do branży. Maszyna uzyskała stopień Czarnego Projektu – tajnego przedsięwzięcia, w którym twórcy nie mieli dużych ograniczeń. W końcu Baker wyjmuje z płaszcza mały dysk optyczny i wręcza go agentowi uznając, że po to tutaj przyszedł. Były to wszystkie dane testowe Metal Gear REXa. Snake otrzymuje też kartę do drzwi drugiego poziomu. Na koniec Solid pyta o osobę Ninjiy. Baker sprawia wrażenie, jakby coś wiedział na ten temta. Starszy człowiek nazywa tajemniczą postać małym, mrocznym sekretem FOXHOUND i poleca Wężowi zapytanie się doktor Naomi Hunter o dalsze szczegóły. Nagle zaczynają targać Bakerem konwulsje! Objawy są podobne do tych, które miał Donald Anderson. W ostatnich słowach prezydent krzyczy coś o działaniu Pentagonu i o tym, że Jim go oszukał. Wkrótce Baker umiera. Solid kontaktuje się z dowództwem i przedstawia sytuację. Bohater staje się coraz bardziej podejrzliwy. Naomi zaprzecza jakoby Ninja był w jakikolwiek sposób związany z FOXHOUND. Następnie pułkownik poleca Snake’owi skontaktowanie się z Meryl, bowiem tak właśnie miała na imię kobieta, której Solid mógłby zaufać bardziej nawet niż samemu Roy’owi. Snake rusza w dalszą drogę. W podziemiach występują jednak za sprawą słabej transmisji problemy z komunikacją przez codec. Wąż udaje się więc na pierwsze piętro i łączy się z Meryl. Kobieta nie wie kim jest jej rozmówca do momentu, w którym przypomina sobie sytuację sprzed celi. Na pytanie o imię Snake odpowiada, że nie posiada takowego. To naprowadza dziewczynę na trop. Zdała sobie sprawę, że rozmawia z legendarnym Solid Snake’iem. Pyta się go też, czy Liquid nie jest przypadkiem jego bratem, na co słyszy słowa Snake’a – Nie mam rodziny. Bohater pyta się z kolei Meryl o to, czego właściwie chcą terroryści, jednak ta nie ma zbyt wielu informacji na ten temat. Kobieta zaskakuje Solida stwierdzeniem, że ośrodek, w którym się znajdowali od początku służył jako baza do produkcji Metal Geara i miejsce służące do jego testów. Na ich przeprowadzenie sprowadzono właśnie FOXHOUND, jako specjalistów w dziedzinie tajnych operacji. Snake uczuł lekką złość na Roy’a, w końcu nie wyjawił mu wszystkiego na temat okoliczności misji. Wąż zapytuje również o karty dezaktywujące. Meryl potwierdza, że jest w posiadaniu karty. Jest dodatkowo ciekawa o to, co z prezydentem Bakerem. Niemiło zaskakuje ją informacja o jego śmierci. Snake dzieli się z nią swoimi podejrzeniami. Chce też dowiedzieć się czy Hal Emmerich żyje i gdzie aktualnie przebywa. Okazuje się, że doktor znajduje się na drugim piętrze pod ziemią, w budynku służącym przechowywaniu rakiet. Kobieta precyzuje – jest to na północ, tuż za kanionem. Do miejsca tego prowadzą drzwi o poziomie pięć. Na szczęście Meryl obiecuje się nimi zająć. Dziewczyna jest również ciekawa tego, jak Snake ją rozpoznał, w końcu była w przebraniu. Bohater wyjawia jej, że poznał ją po oczach, jednak nie po oczach żółtodzioba, ale po pięknych, kobiecych oczach. Solid nie chce jednak, by dziewczyna mu towarzyszyła. Lepiej będzie, by gdzieś się ukryła. Kobieta nalega, pragnie bowiem pomóc. Wyjawia, że już od dziecka chciała być żołnierzem, jednak zabijanie kogoś w wirtualnej rzeczywistości okazało się czymś zupełnie innym. Stąd całe jej wahanie przed oddaniem strzałów we wroga. Snake doskonale to zrozumiał. Nakazuje jej zachowanie ostrożności. Wkrótce dwójka kończy rozmowę.

Przez czas, jaki minąć musiał do otwarcia przez Meryl włazu, Snake rozejrzał się po niezbadanych pomieszczeniach znajdujących się na terenie hali. Odnalazł między innymi wykrywacz min i kartonowe pudło. W końcu połączenie z nim nawiązuje Meryl. Okazuje się, że dziewczynie udało się otworzyć drzwi. Solid rusza w ich kierunku. Wtedy właśnie kobieta kontaktuje się z nim ponownie. Wyjaśnia bohaterowi by zachował ostrożność, ponieważ w korytarzu znajdują się czujniki na podczerwień, których dotknięcie spowodować może zamknięcie się drzwi i wpuszczenie do pomieszczenia gazu. Wąż zmuszony był w jakiś sposób wykryć ruch laserowych wiązek. Wykorzystuje w tym celu gogle termiczne i ostrożnie wychodzi na otwartą przestrzeń, wprost do kanionu Na codec dzwoni do niego nieznajomy. Przedstawia się jako Deepthroath i zdenerwowanym głosem ostrzega Snake’a przed znajdującymi się w pobliżu minami. Wspomina również o tym, że po drugiej stronie kanionu oczekuje go przeciwnik w czołgu. Nie mówi o sobie nic poza tym, że jest fanem Snake’a. Wąż mimo wszystko woli zaufać radzie nieznajomego i włącza wykrywacz min. Rzeczywiście, pole przed nim było całkowice zaminowane. Solid mija zagrożenie, zbierając przy tym najbliższe miny. Czeka na niego jednak zasadzka. Zza pagórka wyjeżdża potężny czołg, M1 Abrams. Z głośnika wydobywa się męski głos. Informuje, iż naturalnym środowiskiem węży nie jest Alaska i że terytorium to należy do kruków. Mężczyzna strzela do Snake’a z głównego działa. Ten ledwo unika wystrzału, odskakując do tyłu i niemalże upadając. Kierowca maszyny śmieje się z bohatera. Wkrótce ujawnia też swoją twarz. Był to ogromnych rozmiarów, ciemnoskóry, wytatuowany mężczyzna – Vulcan Raven. Zachęca on Węża do podjęcia walki. Solid nie miał co prawda zbyt dużych szans w bezpośrednim starciu z czołgiem, ale udaje mu się wykorzystać słabą stronę pojazdu. Maszyna opierała się w głównej mierze na elektronice. Snake używa więc jednego z granatów zakłócających. Jak się okazuje, jest to dobra decyzja. Przeciwnik od tej chwili nie jest w stanie oddać choćby strzału z głównego działa. Nadal jednak istnieje możliwość użycia karabinu maszynowego zamontowanego na czołgu. Bohater szybko dobiega do znajdującego się na wieżyczce maszyny strażnika i wrzuca do włazu granat. Eksplozja zabija jednego z wrogów, jednakże po Ravenie nadal nie ma śladu. Snake przeszukuje martwego strażnika i znajduje tym samym kartę poziomu trzeciego. Następnie rusza dalej, na północ. Do jego uszu nie dociera więc rozmowa, jaka miała miejsce przed momentem obok wraku czołga. Raven bez jakichkolwiek uszczerbków przeżył wybuch i rozmawia przez radio z Liquidem, a także z Ocelotem. Wszyscy, co dziwne, sprawiają wrażenie zadowolonych z postępów Snake’a. Vulcan wyraża swój podziw dla umiejętności bojowych Solida, które według niego zbliżają Węża do samego Liquida. Mężczyzna mówi również Ocelotowi (nazywając go przy tym Generałem Ivanem), że Snake odebrał rewolwerowcowi zarówno rękę jak i godność. Słowa te wywołują zdenerwowanie Shalashaski. Ocelot obiecuje, że uśmierci szpiega, jednak Liquid uspokaja jego zapędy prosząc o tymczasowe wstrzymanie się z tym.
Tymczasem bohater dostaje się do wnętrza składowiska materiałów nuklearnych. Dowództwo zabrania mu używania w tym miejscu broni ze względu na stale grożące tutaj niebezpieczeństwo. Dodatkowo Naomi doprowadza do tego, że nanomaszyny Snake’a nie pozwolą mu nawet sięgnąć po broń. Ten stan nie trwa jednak długo, gdyż Solid szybko dostaje się do windy i zjeżdża nią na drugi poziom znajdujący się pod ziemią. Unika przy tym strażników w maskach przeciwgazowych (na wypadek alarmu wpuszczono by bowiem gaz). Na dole budynku, ledwo udaje się Wężowi przekroczyć niewielkie drzwi i pokój oczyszczający powietrze, kiedy jego oczom ukazuje się korytarz wypełniony gazem. Podłoga znajdowała się pod napięciem. Snake zmuszony jest dostać się do dalszych pomieszczeń, ale nie może przedrzeć się po tego typu podłożu. Wtedy niespodziewanie kontaktuje się z Solidem Deepthroath. Ponownie służy swoimi wskazówkami. Radzi Snake’owi by użył rakiet typu Nikita, aby zniszczyć generator prądu zlokalizowany w innym pomieszczeniu. Broń ta powinna znajdować się piętro wyżej. Wąż słucha anonimowego pomocnika i przeczesuje kolejne pomieszczenia biurowe znajdujące się na górze budynku. Już ze znalezioną bronią wykonuje pobieżne zadanie. Udaje się mu trafić zdalnie sterowaną rakietą wprost w generator. Zagrożenie porażenia prądem zostaje zniwelowane, mimo to gaz nadal wypełnia powietrze. Należało się spieszyć. Po krótkiej wędrówce i uniknięciu działka na podczerwień, Snake wkracza w końcu do nieskażonego pomieszczenia. Decyduje się poruszać jedyną drogą. Wyraźnie przez ściany daje się słyszeć jęki mężczyzn i wystrzały z karabinów. Sytuacja wydaje się dziwna. Kiedy odgłosy wreszcie ustają, Solid decyduje się wychylić zza drzwi. Jego oczom ukazuje się przerażający widok. Wzdłuż ścian korytarza leżą zaszlachtowani strażnicy. Wnętrzności niektórych wylewały się z ciał. Wszędzie pełno jest krwi, otworów po kulach i śladów cięcia jakimś ostrzem. Mimo to Solid postanawia podążyć dalej. W końcu zmierzał po doktora Emmericha, który mógł znajdować się w śmiertelnym niebezpieczeństwie. Zza rogu ściany ledwo wyczołgał się mówiący coś o duchu strażnik. Snake zmuszony jest zmierzyć się z tajemnicą. Decyduje się podążyć dalej. Tym razem widzi coś zupełnie zaskakującego: jeden z żołnierzy wisi w powietrzu trzymany przez niewidoczną postać. Po jakimś czasie zostaje rzucony na ziemię i jednocześnie przecięty ostrzem. Zagadkowa postać wyłącza kamuflaż i okazuje się być Ninją. Nie zwracając jakiejkolwiek uwagi na Snake’a, wchodzi do pobliskiego laboratorium. Za Niną ostrożnie podąża Solid. Tuż za drzwiami znajdowało się laboratorium doktora Emmericha. Wśród wielu stanowisk służących do pracy z komputerem, szafek i regałów, leży wyglądający na naukowca mężczyzna. Jest on straszliwie czymś przerażony. Przed nim kroczy Nina, który pyta go o to, gdzie odnaleźć może swojego przyjaciela. Doktor ze strachu popuszcza w spodnie. Cały drży. W końcu tajemniczy jegomość odczuwa w pomieszczeniu obecność trzeciej osoby. Wykazuje z tego powodu zadowolenie. Snake nakazuje Ninjiy zostawienie doktora w spokoju. Jak się okazuje, cybernetyczna postać oczekiwała spotkania. Pragnie walczyć aż do śmierci, swojej bądź wroga. Nie miało to być starcie będące efektem zemsty. Ninja chce jedynie poczuć to, że żyje. Dlatego usunął wszelkie przeszkody, które mogłyby stanąć na drodze pojedynkowi. Teraz może na spokojnie walczyć ze Snake’iem. Wreszcie przygotowuje swój miecz i zaczyna biec w kierunku Solida. Ten, wiedząc, że czeka go walka, nie daje się zaskoczyć, strzela ze swojego SOCOMa w stronę wroga. Jednak kule nie wyrządzają przeciwnikowi krzywdy, gdyż Ninja błyskawicznymi cięciami katany odbija naboje. Broń palna okazuje się zbyteczna. Snake postanawia zaryzykować i przy następnej konfrontacji używa już własnych pięści. Seria trafia przeciwnika. Co ciekawe, wróg jest wyraźnie zadowolony tym faktem. Odbiega na moment na bok, chowa miecz i mówi, iż chętnie powalczy na gołe pięści. Swoje życie w końcu powierzają broniom jedynie głupcy. Przez jakiś czas dwójka wojowników walczy w niezwykle pięknym stylu. Ciosy Ninjiy są bolesne i nieludzko szybkie, jednakże Snake nie jest zwykłym, przeciętnym żołnierzem. Ninja postanawia zabawić się, używając kamuflażu i chowając się przed Solidem, ale dla Węża nie jest problemem odnalezienie oponenta; w tym celu stosuje gogle termiczne. Posyła kilka pięści i kopniaków wprost w zaskoczonego szybkim odnalezieniem Ninję. Wróg wyraźnie traci na mocy. Wydobywają się z niego wyładowania elektryczne. Co jakiś czas też przykuca. Wygłasza wówczas zdania wspominające dawno temu przeprowadzone walki. Starcie trwa do momentu, kiedy Ninja dostaje tajemniczego ataku. Snake widział już podobny atak w czasie spotkania z Ocelotem. Solid korzysta z okazji i posyła ostateczną serię z broni palnej. To uspokaja cyborga. Kiedy udaje się mu opanować siebie, pyta bohatera o to, czy wreszcie przypomniał sobie jego tożsamość. Wąż zdaje się sobie coś przypominać. Przebłyski wspomnień sięgają do wydarzeń mających miejsce w Zanzibar. Nagle Ninja upada z okrzykiem bólu, zaczyna uderzać głową w podłogę i wspomina o lekarstwie. W końcu wybiega z pomieszczenia pozostawiając Snake’a mocno skonsternowanego. Ten w rozmowie z dowództwem dochodzi do wniosku, że Ninją jest bez wątpienia Gray Fox, jego stary kompan z FOXHOUND, jeden z najlepszych żołnierzy, który zginął w Zanizbar sześć lat wcześniej. Campbell początkowo nie dowierza. Naomi wyjaśnia jednak sytuację, o której dotąd nie chciała mówić z powodu tajności tej informacji. Otóż Ninja jest wynikiem eksperymentu dokonanego przez FOXHOUND, w którym to bez jakiejkolwiek swojej wiedzy brał udział Gray Fox. Odzyskano jego ciało po wydarzeniach z 1999 roku, przywrócono mężczyznę do życia i podtrzymywano funkcje organizmu przy pomocy leków. Projektem zajmował się doktor Clark, jednak w 2002 roku w laboratorium nastąpił wybuch, w którym oficjalnie zginęli zarówno Gray Fox, jak i sam naukowiec. Jak jednak pokazuje obecna sytuacja, obiekt doświadczeń przeżył eksplozję. Snake przeczuwa, że ponownie napotka na Foxa. Ma wrażenie, iż Ninja pragnie zaznać swojej własnej śmierci.
Po tej rozmowie Solid podchodzi do pobliskiej szafki, w której ukrył się wcześniej Emmerich. Wąż zachęca doktora do opuszczenia kryjówki. Po krótkich wątpliwościach Hal w końcu wychodzi na zewnątrz. Rozpoznaje od razu po kostiumie, że Snake nie należy do terrorystów. Przyznaje, że to on jest głównym twórcą Metal Geara. Kuśtykając z powodu skręconej kostki, odchodzi na bok. Dowiaduje się od bohatera o aktualnej sytuacji panującej wśród wroga. Snake prosi Emmericha o dokładniejsze wyjaśnienie funkcji Metal Geara. Ten przekonany jest, że tworzona przez niego maszyna służy zestrzeliwaniu wrogich rakiet nuklearnych. Solid po usłyszeniu tych słów nazywa naukowca kłamcą. Mówi, iż wie już o tym, że Metal Gear od samego początku służyć miał jako nowoczesna wyrzutnia głowic nuklearnych. Hal jest zszokowany tą informacją. Jak się okazuje, zupełnie nic na ten temat nie wiedział, gdyż arsenał nie jest jego działką. Został poinformowany jedynie o działach typu Vulcan, laserze i dziale szynowym, jako głównych broniach REXa. Wyjaśnia, że działo szynowe wystrzeliwuje pociski na wielkie odległości, używając przy tym pola magnetycznego wytworzonego pomiędzy szynami działa. Miniaturyzacja tej broni jest wspólnym dziełem ArmsTech i Rivermore National Labs. Doktor Emmerich przyznaje jednak, że REX posiada miejsce na osiem rakiet. Snake zauważa natomiast, że testy nie byłyby w ogóle potrzebne, gdyby miano zastosować w Metal Gearze zwyczajną broń nuklearną. Halowi przychodzi na myśl jakaś, sądząc po reakcji najprawdopodobniej straszna, myśl. Rivermore Labs pracowało nad stworzeniem nowego rodzaju broni nuklearnej. Posiadali już dane pochodzące z testów dokonanych w wirtualnej rzeczywistości, a przeprowadzonych na superkomputerach (naukowiec pokazuje je Snake’owi). Jednak wiadomo, że informacji nagromadzonych dzięki VR nie można zastosować na polu walki, potrzeba bowiem fizycznych danych. Najwyraźniej na Shadow Moses przeprowadzono już ostateczne testy. Emmerich przyklęka na ziemi i zaczyna uderzać pięścią w posadzkę. Łka mówiąc o tym, że to wszystko jego wina i że jego rodzina ma nałożoną na siebie klątwę. Hal wyjaśnia, iż jego dziadek brał udział w Projekcie Manhattan, a ojciec urodził się 6. sierpnia 1945 roku, czyli w dzień zbombardowania Hiroszimy ładunkiem atomowym. Snake pragnie dowiedzieć się, gdzie znajduje się Metal Gear. Naukowiec odpowiada, że pojazd ulokowany jest na północ od tzw. Wież Komunikacyjnych. Tam też znajduje się miejsce wprowadzania kodów aktywujących i dezaktywujących głowice. Hal dochodzi jednak do wniosku, iż skoro nikt nie wzywał go już od dobrych kilku godzin, to najwidoczniej ukończono już przygotowania i terroryści są gotowi do odpalenia. Jednocześnie mężczyzna proponuje zaprowadzić Solida w to miejsce, ten jednak odmawia, stwierdzając, że naukowiec tylko by go spowolnił. Snake radzi Halowi ukryć się w bezpieczne miejsce. Nie jest to jednak problemem. Naukowiec okazuje się posiadać kamuflaż termooptyczny, podobny do tego, jakim dysponuje Ninja. Wąż stwierdza, że musi niezwłocznie skontaktować się z Meryl i wziąć od niej karty dezaktywujące. Dzwoni więc w tym celu na jej codec. Kobieta informuje, że znajduje się nieopodal. Nagle do uszów Solida dobiegają głosy strażników i odgłosy pościgu, a połączenie z dziewczyną ulega zerwaniu. Snake niepokoi się tym faktem. Pyta Hala o dokładny wygląd dziewczyny. Naukowiec wie jedynie, że posiada ona zielony mundur przeciwników i że porusza się w specyficzny sposób, kołysząc przy tym kobieco biodrami. Doktor ofiaruje też Snake’owi kartę poziomu 4. Wąż pyta się o ogólne samopoczucie naukowca, w końcu każda uratowana przez Solida dotychczas na Shadow Moses osoba umierała na zawał serca. Jednak tym razem wszystko okazuje się być w porządku, a Emmerich prosi Snake’a o to, by nazywał go Otaconem. Jest to skrót od Otaku Convention, zjazdu fanów mangi i anime. Doktor przyznaje, że uwielbia japońską animację, a Kraj Kwitnącej Wiśni jest pierwszą nacją, która stworzyła tego typu roboty. To właśnie anime zainspirowało go do podjęcia swojej pracy. W końcu naukowiec włącza osobisty kamuflaż i przekazuje wybawcy swój numer na codec. Pragnie w razie czego służyć Solidowi pomocą, zna przecież bazę niczym własną kieszeń. Emmerich żegna się i wychodzi. Po chwili tę samą drogą rusza Snake. Mija korytarz wypełniony gazem i dostaje się na piętro wyżej, tam gdzie mogła znajdować się Meryl. W holu przechadzało się dwóch strażników, można było odnieść wrażenie, że w pobliżu gra dosyć dziwna, spokojna muzyka. Snake rozpoznaje dziewczynę pomimo jej przebrania. Ta również dostrzega Węża i w popłochu wybiega z pomieszczenia. Bohater podąża za nią do damskiej toalety. Zastaje kobietę przebierającą się w swoje ubranie. Snake nie zdawał sobie dotychczas sprawy, że Meryl jest aż tak kobieca. Dziewczyna od razu zapowiada, iż nie ma najmniejszego sensu, by Solid ją podrywał. Na szkoleniu przeszła bowiem specjalną terapię, która miała zlikwidować jej pociąg do mężczyzn. Kobieta przebrała się z powrotem w dawne odzienie, gdyż zmęczyło ją już ukrywanie się, a poza tym mundur, który nosiła pachniał krwią. Na lewym ramieniu Meryl namalowany miała tymczasowy tatuaż z logiem FOXHOUND. Kobieta od zawsze była wielką fanką oddziału, jeszcze za czasów, kiedy znajdowali się w nim bohaterowie pokroju Snake’a czy jej ojca. Dziewczyna słyszy na te słowa ripostę Solida o tym, że na wojnie nie ma tak naprawdę bohaterów, są jedynie ludzie, którzy potrafią efektywnie zabijać. Snake walczy właśnie dlatego, że jest dobry w tej dziedzinie. Nie posiada wyższych celów, sama obecność śmierci sprawia, iż naprawdę czuje, że żyje. Meryl pyta Snake’a o to, jak przebiegają negocjacje z terrorystami. Ten wyjaśnia, że brak jest jakichkolwiek postępów. Pozostaje więc im w takim razie albo użycie kart prezydenta Bakera, albo zniszczenie samego Metal Geara. Dla Węża nie jest to jednak właściwie nic nowego. Ku zaskoczeniu bohatera okazuje się, że Meryl ma przy sobie tylko jedną z kart dezaktywujących. Tak czy inaczej dwójka musi ruszyć na północ przez Commander’s Room, by następnie przejście pomiędzy lodowcami aż do wież komunikacyjnych. Meryl chce przy tym pełnić funkcję przewodnika, gdyż jak sama uważa zna to miejsce dużo lepiej niż były członek FOXHOUND. Solid nie reaguje jednak na to zbyt pozytywnie. Boi się, że dziewczyna może spowolnić jego działanie. Meryl mówi, iż gdyby nastąpiła taka sytuacja, z konieczności mógłby ją zastrzelić. Obok dyskutującej dwójki znajdował się karabin FAMAS bez amunicji. Na szczęście dziewczyna posiada własną zabawkę, pistolet Desert Eagle. Ostatecznie Meryl i Snake wychodzą z łazienki.

W pobliżu nie było żadnego strażnika. Dookoła panowała niepokojąca cisza. Meryl i Snake zbliżają się do drzwi Commander’s Room. Nagle dziewczyna odczuwa ostry ból w głowie. Przez chwilę trwa skulona trzymając się za bolesne miejsce, po czym w końcu wstaje oznajmiając dziwnie odmienionym głosem, iż wszystko już w porządku. Kobieta nazywa Snake’a Panem FOXHOUND i razem przekraczają drzwi. Pokój znajdujący się za nimi urządzony został w sposób kontrastujący z resztą sterylnych, chłodnych pomieszczeń bazy na Shadow Moses. Drewniane meble, dywan, wiszące na ścianach obrazy i popiersia tajemniczych postaci, wypełniały przestrzeń. Solid ledwo zdążył rozejrzeć się po pokoju, kiedy Meryl niespodziewanie krzyknęła i wycelowała w jego kierunku swoją broń. Dziewczyna zaczyna zbliżać się powolnym krokiem w stronę Snake’a, pytając jednocześnie o jego stosunek do niej. Sugestywnie wyraziła chęć kochania się z Solidem, przy czym z całą pewnością nie była sobą! Snake, wielce zaskoczony, nie wie kompletnie co zrobić. W momencie, kiedy Meryl strzela ze swej broni, Wąż wreszcie zdał sobie sprawę, iż coś jest nie tak. Bohater nie chce skrzywdzić kobiety, ale z drugiej strony nie może pozwolić też na swoją śmierć. Decyduje się użyć granatu ogłuszającego, który na chwilę powstrzymuje Meryl. Kiedy dziewczyna upada na ziemię, daje się słyszeć męski, stłumiony głos. Okazuje się, że w pobliżu unosi się nad ziemią zakamuflowana postać. Tajemnicza persona wyraża swoje niezadowolenie z działań kobiety, po czym wreszcie ukazuje się oczom Solida. Był to chudy, blady mężczyzna ubrany w skórzany kombinezon; na twarzy nosił maskę przeciwgazową. Zapewnia on, że zaprezentowane przez niego umiejętności to nie sztuczki, a autentyczna moc. Mężczyzną tym jest Psycho Mantis, najpotężniejszy praktyk telekinezy i telepatii na świecie. Mantis decyduje się popisać swoimi możliwościami. Przedstawia poczynania Snake’a przed dotarciem bohatera do tego miejsca. Wymienia nawet jego ulubione gry. Zapewnia równocześnie, iż broń palna jest w konfrontacji z jego mocą zupełnie bezużyteczna, gdyż jest on w stanie przewidzieć każdy ruch oponenta. Nagle znika, po czym pojawia się za Solidem i wystrzeliwuje z własnych rąk kulę skumulowanej energii. Snake ledwo unika ataku przeciwnika. W momencie, gdy spostrzega Mantisa ponownie, korzysta ze swej broni, ale ostatecznie nie trafia we wroga. Psycho Mantis ima się od każdego wystrzelonego przez Węża pocisku. Wtedy z radą Solidowi przychodzi Master. Kolega Snake’a radzi bohaterowi, by zdał się na swój instynkt i powziął ataki bez głębszego zastanowienia tak, aby Mantis nie miał dłuższej chwili by przewidzieć kolejne jego ruchu. Wąż robi wszystko, co jest w jego mocy. W końcu udaje mu się trafić przeciwnika. Ten, znając słaby punkt Solida, przywraca do przytomności Meryl i skłania ją do popełnienia samobójstwa. Snake natychmiast ogłusza dziewczynę, a następnie, w akcie złości, kilkakrotnie strzela w kierunku Mantisa. Trafia. Psycho Mantis upada na leżący na posadzce dywan. Solid kontaktuje się z dowództwem i informuje o zwycięskiej walce i o dobrym stanie zdrowotnym Meryl. Ta po kilku minutach wstaje i podchodzi do obu mężczyzn. Mantis nie kryje swojego zaskoczenia. Nie mógł w czasie walki wyczytać w myślach przeciwnika jego ruchów. Snake dobitnie stwierdza, że silny mężczyzna nie potrzebuje czytać w przyszłości, gdyż sam jest w stanie przyszłość stworzyć. Psycho Mantis opisuje następnie drogę, którą Solid wraz z Meryl powinni pokonać, ażeby dostać się do Metal Geara. Jak wynika z jego słów, będą musieli minąć najpierw sekretne przejście znajdujące się w tym pokoju, za regałem z książkami. Snake jest zdziwiony tym, iż Mantis zdradza mu ten sekret. Bohater zdejmuje Psycho Mantisowi maskę przeciwgazową i jego oczom ukazuje się straszna, oszpecona twarz. Mantis stwierdza, że Solid jest jednym z nielicznych wyjątkowych ludzi. Nie posiada przeszłości czy też przyszłości. Umysły wszystkich ludzi, które do tej pory były obiektem zainteresowań Mantisa, wypełnione były jedynie atawistyczną żądzą przekazania swoich własnych genów następnemu pokoleniu. Stąd też według niego rodzą się wszelkie wojny i konflikty. Ludzie nie zostali stworzeni po to, aby dawać sobie nawzajem szczęście, ale po to, by powodować u innych ból i smutek. Pierwszą osobą, której myśli udało się Mantisowi odczytać, był jego ojciec. Znalazł w nich jedynie nienawiść do samego siebie. Ojciec obarczał go odpowiedzialnością za śmierć matki, która zmarła w trakcie porodu przyszłego mistrza telekinezy. Mantis wyznaje, iż spalił całą rodzinną wioskę tylko po to, by wymazać pamięć o swojej przeszłości. Ten fakt wyraźnie wstrząsnął słuchaczami. Psycho Mantis wyjaśnia, że udział w rebelii Liquida wziął po to, aby znaleźć dobrą wymówkę do zabijania jak największej ilości ludzi. Zniesmaczona Meryl nazywa go potworem. Mantis stwierdza, iż prawdziwie złym, zupełnie jak Liquid, jest Snake. Nie, Solid w jego oczach jest jeszcze gorszym człowiekiem. W zestawieniu z nim Mantis nie czuje się aż tak zepsutym. W końcu Psycho Mantis prosi Snake’a o przysługę – założenie z powrotem na twarz jego maski. W ten właśnie sposób chce odejść, samotnie, zanurzony we własnym świecie. Siłą swojej woli odsuwa regał, za którym kryje się przejście zmierzające w stronę lodowca. Mantis stwierdza, że był to pierwszy raz, kiedy zastosował swoją moc po to, aby pomóc innym. Wyznaje, iż towarzyszyło temu dziwne, aczkolwiek przyjemne uczucie. Umiera. W pomieszczeniu zapada grobowa cisza. Po chwili Snake wstaje i proponuje podjęcie dalszej wędrówki. Meryl nadal czuje się niezręcznie z powodu tego, iż tak łatwo dała się kontrolować Mantisowi. Solid poucza dziewczynę. Mówi, że zadręczanie się wyrzutami sumienia jedynie osłabia żołnierza. Meryl pragnie zapytać się o coś Węża, ale ten wydaje się już lekko zniecierpliwiony. Kobieta chce poznać imię Snake’a, ale w odpowiedzi na swoje pytanie dowiaduje się tylko, że imię kompletnie nic na polu bitwy nie znaczy. Wiek, w jakim znajduje się Solid wystarczył do tego, by poznać prawdziwe oblicze śmierci. Snake stwierdza, iż nie posiada rodziny, nawet pomimo faktu, że wiele osób brało udział w jego wychowaniu. Nie ma też bliskich, oddanych przyjaciół, gdyż nigdy nie interesowało go życie innych ludzi. Meryl podsumowuje wypowiedź bohatera, mówi, że Mantis miał zupełną rację – Snake jest smutnym, samotnym człowiek. Wkrótce potem dwójka rusza w dalszą drogę – wprost w stronę lodowca.
Na zewnątrz przywitał ich dokuczliwy mróz, kompletna ciemność i wycia wilków. Według słów Snake’a zwierzęta te były tzw. wilczymi-psami, mieszaniną psa i wilka. Po pewnym czasie Solid i Meryl docierają do dużych rozmiarów drzwi, które udaje się im otworzyć. Ich oczom ukazuje się dalsza droga, szeroka i długa, otoczona wysokimi ścianami. Na jej końcu znajdowała się pierwsza z dwóch Wież Komunikacyjnych. Był to iście monumentalny widok. Meryl ostrzega jednocześnie, że w pobliżu podłożone zostały miny. Radar Snake’a nie funkcjonował w tym miejscu, toteż sytuacja nie wygląda na korzystną. Nagle dziewczyna, zupełnie pewnym krokiem, rusza wprost przed siebie! Kluczy, tworząc z odcisków swoich butów na śniegu wzór trasy, jaką należało podążyć. Udaje się jej dotrzeć na drugą stronę bez jakiegokolwiek szwanku. Okazuje się, iż po tym, jak Mantis wdarł się do jej umysłu, dziewczyna ujrzała dokładne rozmieszczenie min w swoich myślach! Snake przyznaje, że zrobiło to na nim nie lada wrażenie. Podąża śladami kobiety. Po chwili oboje stoją już obok siebie. Już mają posunąć się dalej w swej wędrówce, kiedy na ciele Meryl pojawia się czerwony punkt celownika laserowego. W zamarciu obydwoje stoją w bezruchu. Celownik natomiast wędruje po ciele bezbronnej dziewczyny. W końcu Snake krzyczy, aby Meryl jak najszybciej odskoczyła. Niestety, tajemniczy snajper uprzedza ruch kobiety i trafia Meryl trzykrotnie. Solid czym prędzej chowa się za filar. Ma bowiem świadomość, iż wrogim strzelcem jest najprawdopodobniej Sniper Wolf. Meryl nie jest w stanie dosięgnąć swojej broni. Prosi towarzysza o to, by zupełnie na nią nie zważał i uciekał. W przypadku Snake’a nie wchodzi to jednak w grę. Bohater obiecuje dziewczynie, a także Campbellowi, iż uda mu się wyciągnąć ją z opłakanej sytuacji. Naomi jest tymi słowami zdziwiona. Skąd u Snake’a tyle chęci do ratowania innego człowieka.
Snake zmuszony jest zdobyć broń snajperską, gdyż bez niej konfrontacja ze Sniper Wolf byłaby czystym samobójstwem. Wąż nie ma wyboru. Pokonuje cały dotychczas przemierzony przez siebie szlak, by z powrotem dotrzeć do zbrojowni. Tam, w pomieszczeniu chronionym czujnikami termicznymi, wreszcie znajduje karabin snajperski PSG-1. Bohater wraca do miejsca, w którym raniona została Meryl, aby stawić czoła przeciwnikowi. Dziewczyny nie ma już jednak w pobliżu. Snake kładzie się w punkcie, który nie jest do końca odsłonięty na ostrzał oponenta. Stamtąd dokładnie widzi balkon znajdujący się daleko naprzeciw. Zapewne właśnie tam swoją pozycję snajperską zajmuje Wolf. By uspokoić trzęsienie rąk, Solid połyka kapsułkę diazepamu. Następnie czeka cierpliwie aż do momentu, gdy udaje mu się dojrzeć obłoczek pary wydobywający się z ust ukrytej przeciwniczki. Wystarczy jednak chwila, a kobieta również dostrzega swojego oponenta. Tym razem jednak to Snake jest szybszy. Wolf upada na podłogę, a Solid biegnie w jej kierunku by wypytać ją o Meryl. Na jej pozycji strzeleckiej zauważa jednak tylko ślady krwi. Pośpiesznie kieruje się do najbliższych drzwi, kiedy słyszy za sobą odgłosy kroków. Żołnierze mieli go już na muszce. Nakazują mu nie ruszać się. Wtedy, ni stąd ni zowąd, oczom Snake’a ukazuje się cała i zdrowa Sniper Wolf. Okazuje się być pociągającą blondynką, posługującą się rosyjskim akcentem. Uznaje, że przyjście Węża na to miejsce jest totalną głupotą z jego strony. Nakazuje mu również oddanie broni, po czym zbliża się do niego. Pewna siebie Wolf stwierdza, iż dwie trzecie najskuteczniejszych zabójców na świecie stanowią kobiety. Pyta się przy tym bohatera, czy chce on zginąć od razu, czy może tuż po śmierci swojej przyjaciółki. Sniper Wolf słyszy na to odpowiedź Snake’a, który mówi, że zginie dopiero wtedy, gdy ją zabije. Kobieta śmieje się na te słowa, a następnie stwierdza, że Solid ma przynajmniej interesujący charakter. Skinieniem głowy daje znak żołnierzowi, który ogłusza Węża silnym uderzeniem w potylicę. Bohater traci przytomność. Zaciągnięty zostaje gdzieś w okolice cel. Kiedy po kilku godzinach zaczyna odzyskiwać przytomność, uświadamia sobie, iż jest do czegoś przymocowany. Słyszy rozmowę trójki osób. Po głosie rozpoznaje, że są to Ocelot, Liquid i Wolf. Szef terrorystów jeszcze zabrania zabijać Snake’a. Wyjaśnia, że nie chce więcej incydentów takich, jak z szefem DARPA. Wolf zastrzega sobie, że zabicie Solida jest jej przywilejem. Kiedy wreszcie bohater odzyskuje wzrok, widzi jedynie rażące lampy, podobne do tych znajdujących się nad stołami dentystycznymi. Rozmówcy nadal prowadzą swój dialog. Liquid mówi, jakby w stronę Snake’a, o ponownym spotkaniu, rozdzielonych na okres długich trzydziestu lat, braci. Alter ego Solida wyjaśnia, iż potrzebne mu jest DNA Węża, jednak nie da ono tych samych rezultatów, co kod genetyczny Big Bossa. Rząd nie odpowiada na razie na ich żądania, a według Wolf już raczej tego nie zrobi. Liquid stwierdza, że skoro najważniejsza jest dla Stanów Zjednoczonych polityka, to postarają się zrobić wszystko, aby nie dopuścić do jakiegokolwiek wycieku informacji o nowej broni nuklearnej. Nagle Ocelot zauważa, że Solid się przebudził. Okazuje się, że trwa on przymocowany do dziwnej maszyny. Jego oczom jawią się trzy postacie, z czego Liquida ma okazję ujrzeć z bliska po raz pierwszy. To niesamowite, faktycznie podobni są niczym bliźnięta! Liquid ma jedynie dłuższe, blond włosy, a także ciemniejszą karnację skóry, co zapewne jest zasługą jego wieloletniego pobytu na bliskim wschodzie. Dzwoni komórka Liquid Snake’a. To Raven. Wychodzi na jaw, że rząd nie odpowiedział na żądania terrorystów. Ta wiadomość zdenerwowała szefa rebeliantów, który natychmiast potwierdza wystrzał pierwszej głowicy w czasie najbliższych dziesięciu godzin. Liquid stwierdza również, iż USA najprawdopodobniej nadal polega na jakimś asie w rękawie. Następnie wyznaje, że przygotować musi procedury do procesu odpalenia. Nakazuje Ocelotowi ograniczenie tortur do absolutnego minimum, by nie dopuścić do sytuacji, jaka miała miejsce w przypadku szefa DARPA. Revolver pyta jeszcze o tajemniczego Ninę, gdyż ten podobno zabił już dwunastu ludzi. Liquid nie zna tożsamości tejże persony. Żegna się z resztą i opuszcza pomieszczenie. Sniper Wolf również nie zostaje na, jak to określił Ocelot, przedstawieniu. Kobieta oddala się po to, aby nakarmić wilczą rodzinę. Połyka tabletki i mówi Snake’owi, iż jego kobieta nadal znajduje się na tym świecie. Następnie Wolf wychodzi. Ocelot pogwizduje patrząc na jej kobiece kształty. Wyjaśnia Wężowi, że w chwili, gdy Wolf obierze swój cel, myśleć będzie już tylko o nim. Czasami nawet zakochuje się w osobie, którą następnie zabije. Mężczyźni zostają we dwójkę. Ocelot starannie wywołuje w Snake’u strach. Mówi mu o tym, by nie liczył na jakiekolwiek przestrzeganie Konwencji Genewskiej. Pyta jednocześnie o to, czy Solid nie posiada od Bakera innych kopii dysku z danymi Metal Gear REXa. Snake nic na ten temat nie wie. Następne pytanie Ocelota: podobno przy zastosowaniu kart dezaktywujących zastosować należy pewną sztuczkę, co to za trik? Tutaj również Solid nie ma nic do powiedzenia. W rewanżu Revolver zapowiada małą sesję tortur. Pewnie bez względu na to, czy usłyszałby odpowiedzi czy nie, przedsięwziąłby to samo. Przez ciało Węża przepływać będą ładunki elektryczne, które nie mają na celu go zabić, a sprawić jedynie olbrzymi ból. Ocelot pragnie przekonać się, czy Solid naprawdę jest aż tak twardy, jak głosi wieść. Snake może w każdej chwili poddać się, ale wówczas życie Meryl zostanie wydane na pastwę sadysty. Revolver uruchamia maszynę i po chwili bohater czuje niesamowity ból. Nie może powstrzymać krzyku. Instynkt nakazuje mu poddać się, ale resztki rozsądku przypominają o Meryl. Snake wytrzymuje trzy kolejne serie rażenia prądem. Każda z nich wydaje się trwać w nieskończoność. Terroryści zabierają go do celi więziennej. Bez górnej części kombinezonu na sobie, Solidowi jest niezwykle chłodno. W kącie pomieszczenia znajdowało się ciało jakiegoś mężczyzny, rozkładało się już stopniowo, gdyż zapach w celi był nie do zniesienia. Snake postanawia przyjrzeć się bliżej tej osobie i okazuje się, iż to zwłoki szefa DARPA! Ciało wyglądało na poturbowane, a on sam miał jakby wytoczoną krew. Solid decyduje się na rozmowę z dowództwem. Ci wyrażają swoje współczucie. Naomi zaś ukierunkowuje nanomaszyny tak, aby złagodziły ból Węża. Bohater dzieli się informacją o więziennym współlokatorze. Skoro szef DARPA zmarł dopiero kilka godzin wcześniej, to zaskakującym wydaje się być, iż jego ciało jest w tak złym stanie. We krwi miał jedynie nanomaszyny i nadajnik, więc raczej nic, co mogłoby być użyteczne dla terrorystów. Snake zaczyna robić Campbellowi wyrzuty z powodu ukrycia przed nim informacji na temat Metal Geara i nowej broni nuklearnej. Jest jednocześnie ciekaw, czy wie o tym chociażby sam prezydent. Roy przedstawia mu sytuację: jutro głowa państwa ma podpisać układ START 3, taktujący o dalszym rozbrojeniu atomowym, z prezydentem Rosji. Gdyby do opinii publicznej przedostała się informacja o potajemnie tworzonej przez USA nowej broni, Metal Gearze, nic z niniejszego porozumienia by nie wyszło, a reakcja Rosji okazałaby się z pewnością nieprzewidywalna. Na wszelki wypadek prezydent USA również nie został zaznajomiony ze szczegółami. Uzasadnia ten krok dodatkowo fakt, iż sceptycznie zapatrywał się na eksperymenty genetyczne. Również i opinia publiczna potępiłaby decyzje podjęte przez USA. Jednak Snake’a denerwuje tego typu wytłumaczenie. Politykę stawia się na miejscu pierwszym, a ludzi na drugim. Solid ma jednakże świadomość, iż powinien dokończyć swoją misję.
Snake odczuwa potrzebę wygadania się. Kontaktuje się z Naomi i wypytuje o jej rodzinę. Okazuje się, że jest to dla kobiety nieprzyjemny temat. Poza przybranym bratem, pani doktor nie zna nikogo ze swojej rodziny. Również i Snake nie znajdował się w o wiele lepszej sytuacji. Bohater wie jedynie o tym, że jego ojcem jest sam Big Boss. Naomi bardzo zaskakuje ta wiadomość. Roy potwierdza tę informację, jako że jest drugą osobą, która zaznajomiona jest z tym faktem (w czasie wydarzeń w Zanzibar pełnił funkcję zwierzchnika Snake’a). Solid na dodatek wyznaje, iż własnymi rękoma zabił ojca. Naomi nie dowierza. Jak ktoś mógł być w stanie dopuścić się ojcobójstwa?! W odpowiedzi kobieta słyszy, iż to sam Big Boss pragnął swojej śmierci. Wątek rozmowy wkracza po chwili na kwestię przyjaźni. Solid wymienia ze swej strony dwóch przyjaciół: Roy’a Campbella i Franka Jeagera, czyli Gray Foxa – jedyną osobę w historii jednostki FOXHOUND, która uzyskała kryptonim Lis. Również i jego przyszło Snake’owi zabić. Stwierdza, iż obydwaj byli jedynie żołnierzami, zawodowcami znajdującymi się po dwóch stronach barykady. Sytuacja wymusiła na nich podjęcie walki ze sobą. Nadal jednak tytułowali się przyjaciółmi. To zupełnie tak, jak w sporcie. Dla Naomi jest to kompletnie niepojęte i stwierdza, że to pewnie kwestia genów. Kobieta wyznaje, iż zaczęła się nimi interesować, gdyż przekonana była, że w ten sposób pozna swoją przeszłość. Po chwili obydwoje kończą rozmowę. Strażnik pilnujący Snake’a, Johnny, jest tym samym, którego dotkliwie pobiła Meryl ażeby zdobyć jego żołnierski ubiór. Konsekwencją leżenia w samej bieliźnie na chłodnej posadzce jest dokuczające strażnikowi przeziębienie. Johnny obserwuje więźnia bezustannie. Jednakże wkrótce ma miejsce sytuacja, w której zmuszony jest opuścić swój posterunek. Mężczyzna odczuł nagle potrzebę skorzystania z ubikacji. Solid pragnie wykorzystać tę sposobność, ale nie bardzo wie jak. Wtem do sali wkracza tajemnicza postać ubrana w kamuflaż termooptyczny. To Otacon! Snake usilnie żąda od inżyniera pomocy. Wymaga tego, by Hal pozbył się strażnika i zabrał od niego klucze do celi. Przerażony Emmerich nie zgadza się na takie rozwiązanie. Jedyne, co jest w stanie zrobić dla Solida, to przekazać mu kartę poziomu 6, ketchup, rację żywnościową, a także chusteczkę higieniczną Sniper Wolf. Ostatni podarek zupełnie zaskakuje Solida. Otacon wyraża się niezwykle pochlebnie na temat zabójczej kobiety. Naukowiec uznaje, że skoro ta kocha psy i sumiennie opiekuje się nimi, to z całą pewnością jest dobrym człowiekiem. Do Węża nie przemawiają jednak zupełnie te argumenty. Snake nadal w pamięci ma incydent z Meryl. Hal nie jest w stanie zrobić nic więcej. Słysząc zbliżającego się strażnika, włącza kamuflaż i pośpiesznie wybiega. Snake zmuszony jest przedsięwziąć jakieś kroki. Wpada na pewien pomysł, dość ryzykowny, ale warty spróbowania. Bohater wylewa ketchup na podłogę, tworząc tym samym sporej wielkości plamę, po czym kładzie się na niej i zastyga w bezruchu. Kiedy Johnny wraca i zauważa Solida leżącego w kałuży czerwonego płyny, przeraża się na ten widok i wbiega do celi ażeby sprawdzić, co takiego miało miejsce. Blef okazuje się skuteczny. Snake błyskawicznie wstaje i nokautuje zaskoczonego strażnika. Zabiera cały swój ekwipunek i opuszcza pomieszczenie. Wąż zmuszony jest pokonać znaczący dystans, aż do miejsca, w którym został zatrzymany. Po drodze zauważa, iż w jego rzeczach podłożona została bomba. Snake natychmiast się jej pozbywa. W końcu dociera tuż pod Wieże Komunikacyjne. Plamy krwi Meryl nadal znaczyły ziemię. Wąż zatrzymuje się na krótką chwilę w tym miejscu i rozmyśla o tragicznym incydencie. Nagle kontaktuje się z nim Roy, który usilnie pragnie pomóc agentowi w pozbyciu się wyrzutów sumienia. Meryl doskonale wiedziała w końcu, w jakie tarapaty się pakuje jadąc na tę akcję. Solid dobitnie zaprzecza. Dziewczyna chciała dołączyć do wojska, by w ten sposób zbliżyć się do swojego zmarłego ojca. Ta wiadomość wyraźnie zadziwiła Campbella. Naomi nadal nie przestaje wypytywać Snake’a o to, czy chęć ratowania Meryl spowodowana była czymś więcej. Roy żartuje, iż przeprowadzanie tego typu przesłuchań pani doktor odziedziczyła najwyraźniej po swoim dziadku. Ten temat zainteresował wszystkich słuchaczy. Naomi wyjaśnia, że jej dziadek służył w FBI za czasów, gdy organizacją kierował Edgar Hoover (założyciel FBI), czyli w latach 50. Dziadek kobiety prowadził walkę z nowojorską mafią. Mężczyzna pochodził z Japonii. Master nie ukrywa swoich podejrzeń, co do powyższych informacji. Po chwili wszyscy kończą rozmowę. Snake przekracza pobliskie drzwi i tak znajduje się na terenie pierwszej z Wież Komunikacyjnych. Nieopodal odnajduje linę. Bohater zabiera ją ze sobą, gdyż może okazać się przydatna w przyszłości. Jego zadowolenie nie trwa jednakże długo. Po chwili Solida namierza kamera i włącza się alarm. Genome Soldiers natychmiast zjawiają się na miejscu. Wąż, nie zastanawiając się długo, posyła w ich kierunku serię z karabinu FAMAS i biegnie dalej, po schodach prowadzących w górę. Przez całą drogę wiodącą na szczyt wieży, Snake ma na plecach grupę pościgową. Wędrówka jest długa i niebezpieczna, ale przy pomocy FAMASA i granatów ogłuszających, bohaterowi udaje się wyjść z niej cało. Solid dociera wreszcie na sam szczyt. Na zewnątrz panuje wichura. Kilkanaście metrów od Snake’a góruje na dachu ogromny talerz satelitarny, a po jego drugiej stronie dokładnie widać szczyt kolejnej, północnej wieży. Tam właśnie zmierza bohater. Wąż biegnie pośpiesznie w tamtą stronę, kiedy daje się słyszeć odgłos wystrzałów. Kilkanaście rakiet uderza w przekaźnik i ogromna eksplozja niszczy go doszczętnie wraz z przejściem prowadzącym do drugiej wieży. W powietrzu unosi się Hind D, którego Snake widział wcześniej na samym początku swojej misji. Maszyną pilotuje Liquid. Przez megafon krzyczy do brata, iż nie pozwoli mu przejść dalej. Dla Solida pozostaje tylko jedna droga ucieczki, ta prowadząca w dół. W starciu z Hindem zdołałby przetrwać zapewne jedynie kilkanaście sekund. Postanawia więc zawiązać wcześniej znalezioną linę na pobliskiej barierce i zejść na dolne poziomy. Kiedy Snake schodzi po ścianie wieży, zmuszony jest do omijania wyziewów wrzącej pary i strzałów z karabinu pilotowanego przez Liquida Hinda D. W końcu dociera na dół, gdzie doświadcza wreszcie chwil spokoju, gdyż w tak wąskiej przestrzeni bliźniak Solida nie byłby w stanie manewrować śmigłowcem. Snake biegnie na druga stronę mostu i dostaje się w końcu do wnętrza wieży północnej. Znajduje tam wyrzutnię rakiet samonaprowadzających Stinger, a także amunicję do niej. Bohater próbuje przywołać windę, aby przedostać się na dach budowli i tam zestrzelić Hinda. Jednakże dźwig mechanizmu nie reaguje i winda stoi w miejscu kilka poziomów niżej. Co gorsza, droga prowadząca schodami w górę jest zablokowana. Solidowi pozostaje więc jedynie zejście na sam dół wieży. Po chwili okazuje się, iż schody uległy zniszczeniu w okolicach parteru. Snake nie ma najmniejszego pojęcia, co uczynić. Wtedy kontaktuje się z nim Otacon. Inżynier oznajmia, iż jest w pobliżu i za moment dotrze do Węża. Solid wraca do punktu wyjścia, gdzie swoją obecnością zaskakuje go będący w kamuflażu Hal. Mężczyzna wyjaśnia, że dostał się tutaj w ciężarówce strażników. Bohater przedstawia Otaconowi całą sytuację z windą. Hal, co ciekawe, właśnie nią dostał się w to miejsce. Naukowiec mówi, że jeżeli w przypadku tym zaistniało uszkodzenie mechaniczne, to sam zdoła naprawić usterkę. Otacon nie kryje też zdumienia. Według Hala umiejętności agenta zbliżają Snake’a do filmowych herosów. W odpowiedzi Emmerich słyszy, iż w filmach bohaterowie zawsze ratują kobiety. Otacon zrozumiał, że Solidowi chodzi o Meryl, a więc speszył się nieco. Wyjawia też, że przybył w to miejsce po to, by spytać o coś Snake’a. Hal jest ciekawy, czy Wąż kiedykolwiek kogoś kochał. Naukowca intryguje kwestia tego, czy żołnierz jest w ogóle do miłości zdolny i czy uczucie to może zakwitnąć na polu walki. W ripoście Solid odpowiada twierdząco. Bohater uważa, że w każdym miejscu i w każdej sytuacji ludzie mogą obdarzyć się miłością. Jednakże kochać kogoś, to także umiejętność ochraniania tejże osoby.