Mężczyźni razem odsuwają stojące na schodach przeszkody. Agent zmuszony jest ruszać do góry, by tam zmierzyć się ze swoim bratem. Snake wbiega po schodach, mijając przy tym działka na podczerwień. Pogoda na szczycie nie uległa zmianie. Wkrótce ponownie pojawia się Liquid. Stwierdza on, iż jest zarówno bratem, jak i cieniem Snake’a. Kiedy Solid pragnie dowiedzieć się szczegółów, Liquid odpowiada, że powinien spytać o nie ojca, którego sam zabił. Zresztą to bez znaczenia. W końcu i tak za moment Wąż znajdzie się w piekle, gdzie ponownie będzie mógł spotkać ojca. Na tym kończy się rozmowa dwójki. Blondyn wystrzeliwuje w stronę Snake’a serię z działa, którą bohater unika chowając się za metalowym kontenerem. Tam Wąż przygotowuje wyrzutnię Stinger i próbuje namierzyć helikopter. Czujniki broni wkrótce wykrywają maszynę, a Solid może wystrzelić. Jednakże jedna rakieta nie jest w stanie powstrzymać rosyjskiego śmigłowca. Celny strzał Snake’a zdenerwował za to pilota, który prędko odpowiada pięknym za nadobne. Wybuch niszczy część instalacji, ale szczęśliwie nie rani Węża. Ten strzela raz jeszcze. Jak się okazuje, po raz ostatni. Hind zaczyna płonąć, ale Liquid wystrzeliwuje ze znaczącej odległości jeszcze jedną rakietę. Wkrótce potem zaczyna tracić kontrolę nad maszyną. Śmigłowiec spada, a po kilku sekundach ma miejsce eksplozja, która aż wstrząsa całą wieżą. Solid czuje, że wreszcie zażegnał problem z dowódcą FOXHOUND. Z bohaterem kontaktuje się Otacon. Okazuje się, iż winda bez wyraźnej przyczyny po prostu zaczęła funkcjonować. Wreszcie dobra wiadomość. Snake schodzi po schodach i dociera do windy. W jej środku ponownie daje o sobie znać Hal. Wyjawia Solidowi, że kiedy jechał windą, zapalona była lampka ostrzegająca o przeciążeniu, choć on sam waży dość niewiele. Drugą sprawą jest to, że kiedy udało mu się powrócić do swojego laboratorium po kamuflaż dla Snake’a, zauważył, iż wszystkie pozostałe cztery znikły. Powoli mężczyźni zaczynają dochodzić do jednego słusznego wniosku – ktoś najwyraźniej znajduje się w windzie! Wąż słyszy jedynie głos niewidocznej osoby, mówiący o tym, że jest już stanowczo za późno. Okazuje się jednak, iż nie jest za późno dla Snake’a. Bohater wyjmuje pistolet SOCOM i strzela w każdą ze stron. Załamania światła zdradzają ruch przeciwników, co Solid skrzętnie wykorzystuje. W końcu wszyscy oponenci Węża giną, a winda dojeżdża na parter. Mijając kolejne korytarze z leżącą w pobliżu amunicją, Snake dociera wreszcie na zewnątrz. Przed nim rozciągała się spora połać otwartej przestrzeni pokrytej śniegiem. W oddali dało się widzieć kilka bunkrów. Cel bohatera stanowią drzwi ulokowane na północ. Ledwo Wąż zaczął podążać w tym kierunku, kiedy zostaje postrzelony w rękę. W pobliżu nie ma nawet żywej duszy. Otacon zapewnia, iż nikt już nie może być w posiadaniu kamuflażu termooptycznego. Pozostaje więc jedyne rozwiązanie – Sniper Wolf. Solid pragnie tym razem skończyć z kobietą na dobre. Niespodziewanie Wolf przerywa rozmowę Otacona i Snake’a. Naukowiec próbuje nie dopuścić do konfrontacji, gdyż nie chce, aby któreś z nich poniosło śmierć. Zabójczyni nie jest jednak w stanie zrezygnować ze swej ofiary. Rozmowa kończy się. Snake znajduje się w narażonym na ostrzał miejscu. Jego przeciwniczka ulokowała się w niezwykle korzystnym, dającym możliwość zasłony, punkcie. Szpieg chowa się za niewielką zaspą śniegu i przygotowuje swoje PSG-1. Wspomagając się lornetką dostrzega w końcu Wolf. Pierwsze strzały okazują się jednak chybione. Bohater sam ledwo unika trafienia. W końcu kobieta snajper ujawnia miejsce kryjówki. Snake pewnie wykorzystuje szansę. Sniper Wolf upada na ziemię, a Solid wyrusza w jej stronę pełen spokoju. Wie, że kobieta już nie stanowi zagrożenia. Wolf trafiona została w płuco. Nie ma żadnych szans na przeżycie. Blondynka pragnie jedynie szybko ze sobą skończyć. Wyjawia, że od zawsze marzyła o tak spokojnym miejscu na zakończenie swojego życia. Oznajmia, że jest Kurdyjką. Urodziła się i wychowywała na polu bitwy. Jej dziecięcymi kołysankami były odgłosy strzałów, syreny, krzyki mordowanych ludzi. Od zawsze żyła w strachu. Każdy dzień przynosił jej obawę o to, czy ktoś z rodziny lub przyjaciół nie poniesie śmierci. Każdy dzień był jej modlitwą o przeżycie. Rządy poszczególnych mocarstw świata odwróciły się od tragedii Kurdów. Z całego tego piekła wyrwał Wolf jej bohater, Saladin. Kobieta ma na myśli Big Bossa. To właśnie przy nim wyszkoliła się na snajpera i od tamtego czasu mogła obserwować wojnę przez lunetę swojego karabinu; tym razem z zewnątrz, jako obserwator. W końcu zdecydowała się przyłączyć do rewolucji Liquida. W ten sposób mogła zemścić się na ludzkości. Później wstydziła się tego kroku. Wyznaje, iż właśnie wtedy zaprzedała swoje ciało i duszę zemście. Przestała być wilkiem, którym była od zawsze, stając się zwyczajnym psem. Snake zaprzecza tym słowom kobiety. Według niego nadal pozostaje szlachetną osobą, oszczędziła przecież życie Meryl. Wolf wyznaje, iż nigdy nie zabijała dla zabawy, a dziewczyna nie była jej głównym celem. Nagle Kurdyjka pyta Solida o to, czy jest on Saladinem. Prosi Węża, nazywając go przy tym bohaterem, aby zakończył jej życie. Snake powstaje i przygotowuje SOCOMa. Nagle podchodzi do nich szlochający Otacon. Naukowiec niedowierza całej tej sytuacji. Przyznaje, iż pokochał Wolf. Kobieta prosi zaś o podanie jej swojej broni, gdyż karabin jest cząstką jej samej. Mężczyźni w milczeniu stoją obok leżącej Wolf. Ta prosi wreszcie o zakończenie swoich cierpień. Snake celuje z broni i spełnia tę prośbę. Odgłos wystrzału przebiega okolicę. Po nim da się już tylko słyszeć donośne wycie wilków, które jakby pragnęły pożegnać swą opiekunkę. Hal płacze. Kochał Wolf, a mimo to nie był w stanie jej ochronić. Solid przykrywa twarz kobiety należącą do niej chusteczką. On nie ma łez, które mógłby wytrzeć. Musi ruszać do bazy przetrzymującej Metal Geara, a jest coraz mniej czasu. Jeżeli uda mu się zażegnać całe niebezpieczeństwo, to cały ten teren niechybnie zostanie zbombardowany. Snake zaleca Otaconowi by ten gdzieś się zaszył. Bohater ma świadomość, iż mogą się już nie spotkać. Hal zapewnia, że będzie z Wężem w stałym kontakcie. Solid powoli odchodzi, kiedy naukowiec wykrzykuje serię pytań: o co walczyła Wolf? O co ja walczę? O co Ty walczysz, Snake?. Słysząc to, agent obiecuje, że jeśli tylko uda się im wyjść z tej opresji cało, odpowie mu na te pytania. Chwilę później Snake przekracza drzwi wiodące do pomieszczenia. Tam znajduje schody, które prowadzą wprost do podziemi.
Kilkanaście metrów pod ziemią temperatura była znacznie wyższa. Solid trafił do odlewni metalu, miejsca produkcji części Metal Gear REXa. Bohater przedostaje się niebezpiecznym przejściem na drugą stronę hali, a następnie na dół. Przed sobą ma windę towarową, z której też korzysta. Wkrótce trzech ciężko uzbrojonych Genome Soldiers wskakuje za Snake’iem do windy. Rozpoczyna się krwawa strzelanina. Solid chwyta jednego z nich i posługując się nim niczym żywą tarczą, oddaje strzały w kierunku pozostałych. Potem wyrzuca delikwenta za barierkę i zjeżdża dalej w dół. Ponownie zmuszony jest przesiąść się do windy. W czasie podróży zauważa latające w pobliżu kruki, co jest nieco zaskakującym odkryciem. Ze Snake’iem kontaktuje się Master Miller. Mężczyzna upewnia się, czy rozmowa ta nie jest oby kontrolowana przez dowództwo misji i dopiero wtedy przedstawia ciekawe informacje. Wyjawia, że on także swojego czasu należał do FBI i dlatego też twierdzi, że to, co mówiła o swojej przeszłości Naomi jest kompletnym kłamstwem. Solid nie jest w stanie początkowo odebrać tych wieści poważnie, ale Miller przedstawia swoje dowody. Otóż za czasów Edgara Hoovera, znanego podówczas rasisty, w FBI nie pracował żaden azjata, a Naomi zaznaczyła przecież, iż jej dziadek był z pochodzenia Japończykiem. Dodatkowo walka FBI z mafią rozpoczęła się w latach 60, nie w Nowym Jorku, a w Chicago. Miller podejrzewa, że Naomi może być albo odpowiedzialną za dziwne wypadki w czasie misji Snake’a (śmierć Bakera i Andersona, osoba Ninji), albo też nawet współpracować z terrorystami! Mężczyzna obiecuje dowiedzieć się więcej na ten temat i wtedy da znać Wężowi. Tymczasem Solid dojeżdża na sam dół budynku. Panuje tutaj wręcz mroźna temperatura. Bohater wchodzi przez wielkie drzwi do hangaru przypominającego chłodnię. Wokół stoją równolegle ułożone kontenery. Ledwo Snake’owi udało się przekroczyć próg pomieszczenia, a jego oczom ukazał się stojący na jednym z pojemników gigant. Był to sam Vulcan Raven…
Raven z hukiem zeskakuje na ziemię, wzniecając przy tym spory tuman śniegu. Mężczyzna od pasa w górę nie posiadał jakiegokolwiek odzienia. Jego ciało zdobiły liczne tatuaże, wśród nich symbol kruka na czole. Gigant dzierżył w dłoniach działo typu Vulcan, stosowane głównie jako broń śmigłowców. Ravena musiała zaiste cechować niezwykła siła i wytrzymałość. Wcześniejsza walka Solida z czołgiem była jedynie próbą dla Węża. W ten sposób Vulcan mógł wysnuć wniosek, iż Snake jest prawdziwym wojownikiem. Nagle Solidowi przewiduje się, że z czoła Ravena wylatuje kruk i zaczyna lecieć w jego kierunku. Po chwili ptak siada mu na ramieniu. Snake nie może się poruszyć. Raven stwierdza, że kruk pozostawił na Solidzie ślad śmierci. Zwierzę wyczuwa jednak najwyraźniej w Wężu bratnią krew, nic dziwnego – Snake również zamieszkuje Alaskę. Bohater musi zatem według Vulcana doskonale wiedzieć o istnieniu Światowej Olimpiady Inuitówi Indian. Raven wyjawia, iż sam brylował kiedyś w konkurencji ciągnięcia się za uszy, gdzie sprawdzana zostaje wytrzymałość zarówno fizyczną, jak i psychiczna zawodników. Mężczyźni mają ze sobą walczyć, forma będzie inna, ale cel nadal ten sam. Szaman zapowiada, iż starcie z pewnością okaże się wspaniałe. Solidowi jednak nie odpowiada idea walki jako sportu, wyraża swój przeciw. Bohater nie ma jednakże wyjścia, musi stawić czoło oponentowi.
Obrotowe działo stopniowo zaczyna się rozkręcać. Solid zmuszony jest do natychmiastowego ukrycia się. Wystarczy kilka sekund by serie wystrzelone z olbrzymiego karabinu zniszczyły pokrywy pobliskich kontenerów. Vulcan wpada w coraz to większą euforię bojową. Biega ustawicznie, strzelając w miejsca, gdzie tylko zauważy jakąkolwiek oznakę ruchu. Snake nie miałby żadnych szans w bezpośrednim pojedynku z tak uzbrojonym przeciwnikiem. Decyduje się rozpocząć swoistą zabawę w podchody i zastawianie pułapek. Bohater z powodzeniem wykorzystuje miny, ładunki C4, a kiedy tylko dystans dzielący go do Vulcana zwiększa się, stosuje wyrzutnię rakiet. Nawet po doświadczeniu kilku eksplozji, Raven nadal porusza się pewnym krokiem. Jeden z kontenerów rozpada się pod wpływem wystrzałów działa Szamana i nieomal przygniata Solida. Jednakże w końcu przeciwnik wkracza na leżącą na gruncie minę, która ostatecznie go pogrąża. Poturbowany Raven ciężko opiera się o ścianę i zwraca się do Snake’a. Wyznaje ze smutkiem, iż nie jest już potrzebny temu światu. Mimo wszystko nie zamierza pozostawiać swojego ciała temu padołowi. Mężczyzna pragnie połączyć się z Matką Naturą, której zawdzięcza swoje życie. Vulcan zapowiada, że jego duch nadal obserwował będzie poczynania Solida. Mężczyzna podaje bohaterowi kartę poziomu siódmego, która jest jednocześnie najwyższym stopniem dostępu. Stwierdza, że Solid i Liquid są wężami pochodzącymi z nie tego świata. Raven nie chce poznać szczegółów tyczących się braci. Ofiarowuje za to Snake’owi wskazówkę. Wyjawia, iż pierwszą osobą, której śmierć widział Solid, nie była tak naprawdę zwierzchnikiem DARPA. W rzeczywistości był to Decoy Octopus, mistrz kamuflażu jednostki FOXHOUND. Decoy zdołał upodobnić się do Donalda Andersona tak efektywnie, gdyż nawet przetoczył sobie krew mężczyzny. Octopus nie był jednakże w stanie oszukać Anioła Śmierci. Szaman nie wyjawia bohaterowi celu tej zamiany. Decyduje się pozostawić rozwiązanie reszty zagadki Snake’owi. Okazuje się więc, iż człowiek leżący wraz z Solidem w izolatce, nie był tym samym, z którym Wąż spotkał się w celi na początku swojej misji. Do pomieszczenia zaczynają zlatywać się kruki. Masowo siadają na Ravenie i drapieżnie dziobią jego ciało. Solid powoli odchodzi w stronę północną. Resztkami sił Vulcan zapowiada, iż dusze zabitych przez Snake’a ludzi, będą ustawicznie podążać śladem Snake’a. Aż do samej śmierci Węża. Raven ponadto wyjawia, iż nadal obserwował będzie wszelkie poczynania bohatera. Snake odwraca się w kierunku mężczyzny. Widzi przed sobą jedynie leżące na ziemi działo Vulcana i plamę krwi. Z ciała Ravena nie pozostaje kompletnie nic. Kiedy Solid odchodzi z miejsca konfrontacji, kontaktuje się z nim Miller. Master chce porozmawiać na temat Naomi Hunter, ale niespodziewanie do dialogu przyłącza się Campbell. Początkowo niezadowolony tym faktem, Miller dochodzi ostatecznie do wniosku, iż może to i lepiej by pułkownik był świadkiem dyskusji. Otóż mężczyzna wyjaśnia, że udało mu się dotrzeć do poufnej informacji, według której Naomi Hunter to w rzeczywistości kobieta, która zaginęła na Bliskim Wschodzie już jakiś czas temu. Natomiast Naomi, z którą przyszło im pracować, jakimś sposobem zdobyła papiery zaginionej i przejęła tym samym jej tożsamość. Według Mastera istnieje dość poważne ryzyko, że pani doktor jest szpiegiem, być może nie pracującym nawet dla terrorystów, a dla zupełnie innej grupy. Roy nie dowierza tym słowom. Twierdzi, iż jeśli jest to prawdą, to wszyscy mogą mieć z tego powodu spore kłopoty. Jednakże zakończenie misji bez udziału Naomi wydaje się niemożliwym. Snake traci stopniowo zaufanie do Campbella, a Master nakazuje jak najszybsze aresztowanie Naomi. Kobieta akurat drzemała i nie mogła być świadkiem rozmowy. Mężczyźni rozłączają się.
Solid Snake przekracza niewielki most nad kanałami i po krótkim czasie dociera korytarzem do olbrzymiego hangaru. Jego oczom wreszcie ukazuje się najnowsza reinkarnacja potężnej broni, Metal Gear REX. Maszyna okazuje się być gigantyczna, ma wysokość trzypiętrowego budynku. Na samej górze hali znajduje się centrum dowodzenia i komputery obsługujące karty PAL. Ze Snake’iem łączy się Otacon. Naukowiec przyznaje, że najwyraźniej terroryści zakończyli już konieczne przygotowania i wprowadzili kody odpaleń. Stąd w pomieszczeniu brak jest liczniejszej straży. Snake zmuszony jest wprowadzić do systemu kontrolnego karty dezaktywujące. Bohater dysponuje jednakże tylko jedną z nich, a nie zna kryjącej się za kartami tajemniczej sztuczki. Hal zapewnia, że niedługo uda mu się rozwiązać i tę łamigłówkę, gdyż właśnie znajduje się przy komputerze i włamuje do osobistych akt prezydenta Arms-Tech, Kennetha Bakera. Na jaw wychodzi tym samym, iż Otacon posiada wybitne umiejętności hackerskie. Dane okazują się być niezwykle skutecznie zabezpieczone, ale mimo to Emmerichowi udaje się przełamać ich obronę. W momencie, gdy Snake osiąga najwyższy punkt hali i kieruje się w stronę terminali, ponownie nawiązuje z nim łączność Hal. Naukowiec z radością oznajmia, iż udało mu się dostać do ściśle tajnych plików Bakera. Co prawda nie odnalazł jeszcze informacji dotyczących klucza PAL, ale dowiedział się za to o sekrecie jaki kryje nowa broń nuklearna. Naukowiec wyjaśnia, iż broń ta jest kompletnie niewidzialna dla radarów! Pociski mogą być wystrzeliwane przy użyciu działa szynowego, z dodatkowym wsparciem siły magnetycznej. To z kolei przyczynia się do braku zasilania rakiet paliwem, a tym samym do ich niewidoczności. Na dodatek pociski wyposażone zostały w systemy umożliwiające przebijanie osłon schronów atomowych. Otacon stwierdza, iż tego typu broń całkowicie nie podlega jakimkolwiek konwencjom anty-atomowym. Zaś gdyby jej istnienie wyszło na jaw, prezydent z pewnością byłby skończony, a samo USA mogłoby zostać nawet wykluczone z ONZ. Campbell przysłuchuje się w milczeniu tym faktom. Wydaje się, że zaznajomiony był już wcześniej z powyższymi informacjami. Solid jest wyraźnie zniesmaczony zachowaniem pułkownika. A więc na Shadow Moses prowadzono ostateczne testy, które miały na celu porównanie z tymi dokonanymi w środowisku VR. Ich wyniki nagrane zostały na dysk, który Snake otrzymał z rąk Bakera. Bohater stracił jednak te dane podczas tortur, a dysk przywłaszczył sobie Ocelot. Otacon postanawia kontynuować swoje hackerskie zadanie. Solid po chwili dociera do drzwi niewielkiego pomieszczenia. Wewnątrz pokoju znajduje się Ocelot wraz z innym mężczyzną. To Liquid! Udało mu się przeżyć katastrofę Hinda. Snake jest wielce zaskoczony tym faktem.
Mężczyźni rozmawiają na temat swoich dalszych planów. Metal Gear jest już przygotowany do ataku, który odbyć się może w każdej chwili. Ocelot zamierza za cel obrać miasto Chernenton znajdujące się w Rosji. Liquid nakazuje jednakże zmianę miejsca uderzenia na Lopnor w Chinach. Wyjaśnia, iż gdyby atak przeprowadzono na miasto, ich proceder mógłby zakończyć się totalnym fiaskiem. Jednak, kiedy eksplozja nastąpi w miejscu prób jądrowych, uniknie się zbędnego rozgłosu, a całą sprawę uda się bezproblemowo zatuszować. Chiny nie pozostaną bierne na taki krok. Reputacja USA upadnie, a główne mocarstwa będą się ubiegać o kupno od Synów Big Bossa planów Rexa. Waszyngton nie będzie zbyt zadowolony z faktu, że terroryści sprzedają ich własną broń temu, kto tylko da więcej. Prezydent w końcu się złamie i spełni warunki terrorystów: DNA Big Bossa i miliard dolarów. Liquid zamierza również dodać do listy żądań antidotum na Fox Die. Choroba zdążyła już zabić Octopusa i Bakera, a więc potwierdziło się to, iż atakuje najpierw ludzi starszych. Mantis nosił maskę przeciwgazową, a Sniper Wolf zażywała środki doustne, może to było powodem tego, że obydwoje nie zachorowali. Z drugiej strony wirus nadal mógł znajdować się w fazie testów. Liquid pyta Ocelota czy ten kontaktował się już ze swoim znajomym ze Specnaz, pułkownikiem Sergei’em Gurlukovichem. Podobno Rosjanin zainteresowany jest kupnem Metal Gear REXa, ale transakcji dokona dopiero, kiedy będzie pewien możliwości bojowych maszyny. Jednak Gurlukovich jest już usposobiony do zakupu. Pragnie przy pomocy broni odbudować potęgę Rosji. Liquid potępia jego zamiary. Armia Rosjanina jest przeciętna, toteż próbuje on uzyskać siłę poprzez arsenał nuklearny. Brat Solida dochodzi do wniosku, iż jego ludzie mogliby z powodzeniem połączyć siły z najemnikami Gurlukovicha, tym bardziej, że pranie mózgu urządzone Genome Soldiers przez Psycho Mantisa traci już swoje efekty. Mając do dyspozycji tego typu broń, arsenał jądrowy i wyszkolonych żołnierzy, terroryści mogliby stworzyć z Shadow Moses fortecę nie do spenetrowania i tym samym nie byłoby potrzeby opuszczać tego miejsca. Liquida nie interesują jednak plany Rosjan dotyczące REXa. Chce utworzyć z bazy tej swoiste ziszczenie marzeń Big Bossa, Outer Heaven. Mężczyźni poruszają także kwestię Meryl. Liquidowi zależy na oszczędzeniu dziewczyny, aby w ten sposób zachować na wszelki wypadek asa w rękawie. Z Solidem kontaktuje się Otacon. Naukowcowi nareszcie udało się zbadać ściśle tajne pliki i odkryć tajemnicę kart PAL. Okazuje się, iż w rzeczywistości istnieje tylko jedna karta, właśnie ta, którą dysponuje Wąż. Jest ona jednocześnie dwoma pozostałymi! Cała sztuczka opiera się na tym, iż karta stworzona została z materiału zmieniającego kształt pod wpływem temperatury. Aby uzyskać inne kształty, należy kartę mocno ochłodzić bądź ogrzać. Snake powinien rozejrzeć się za pomieszczeniami, gdzie panuje odpowiednia temperatura. Kolejne wersje karty należy wprowadzać do komputerów w odpowiedniej kolejności. Bohater spostrzega laptopy, kiedy ukradkowo spogląda do niewielkiego pokoju. Co ważne, karty można wprowadzić tylko raz. Dodatkowo, funkcjonują one w obydwie strony, tzn. jeżeli głowica została wcześniej rozbrojona, uzbrajają ją, a jeśli znajduje się w stanie uzbrojonym, karty dezaktywują pocisk. Solid dokładnie przygląda się trzymanej w dłoni karcie, kiedy nagle dostrzega go Ocelot! Mężczyzna błyskawicznie strzela ze swojego rewolweru i choć Snake nie zostaje raniony, wystrzał powoduje, iż bohater wypuszcza kartę z rąk. Spada ona aż na sam dół hali. Liquid informuje Solida, że szyba zamontowana w centrum dowodzenia jest kuloodporna, a więc nie ma sposobu by dostać się do tego pomieszczenia nie będąc wcześniej zaproszonym. Drzwi zatrzaskują się, a w pobliżu uruchomiony zostaje alarm. Wąż, korzystając z drabin, pośpiesznie zbiega na dolne partie budynku, eliminując po drodze dwóch strażników. Po zejściu na dół bohater uważnie szuka zgubionej karty. Wreszcie odnajduje niewielki przedmiot w pobliskich ściekach. Już z kartą w dłoniach, Snake powraca z powrotem na górę. O dziwo, Liquid i Ocelot najwyraźniej opuścili pomieszczenie pozostawiając za sobą otwarte drzwi. Solid wprowadza do komputera pierwszą kartę. Następnie zmuszony jest ochłodzić PAL. W tym celu bohater powraca do miejsca swojego starcia z Ravenem. Tam trzyma kartę kilka minut w dłoni, aby mróz skuteczniej na nią oddziałał. Kiedy PAL zmienia swój kształt, Snake wprowadza go do laptopa. Pozostaje już tylko jedno, ogrzać kartę. By to zrobić, Solid wędruje aż do huty. Po drodze nawiązuje z nim łączność Master. Przyjaciel ma dla Węża kolejne informacje tyczące się Naomi, tym razem pochodzące wprost z Pentagonu. Miller wyjawia, iż DIA pracowało od dłuższego czasu nad nowym typem wirusa, nazywającym się Fox Die. Liquid i inni zdążyli już wspomnieć na ten temat, ale Snake nie był świadom tego, co kryje się pod tym terminem. Master tłumaczy, iż wirus zabija jedynie wybrane osoby, a sposób jego działania przypomina atak serca. Śmierć zwierzchnika organizacji DARPA i prezydenta Arms-Tech nie są przypadkiem. Co najgorsze, istnieje ryzyko, iż Snake również może być zarażony. Solid nie dowierza i pragnie dopytać się o szczegóły Roy’a. Pułkownik włącza się do rozmowy, od razu informując o tym, że Naomi została właśnie aresztowana. Przyłapali ją na wysyłaniu zakodowanych informacji do bazy znajdującej się na Shadow Moses. Wszystko wskazuje na to, że kobieta współpracuje z terrorystami! Osoby z dowództwa zamierzają szczegółowo przesłuchać doktor Hunter, choć nie posiadają do swojej dyspozycji serum prawdy. Zaś Campbell osobiście pragnąłby uniknąć brutalnych metod. Mężczyźni kończą rozmowę, a Snake’owi udaje się w końcu uzyskać trzeci z kształtów karty PAL. Bohater pośpiesznie zmierza z powrotem do hangaru przechowującego REXa. Jednakże podczas podróży windą towarową, kontaktuje się z nim Naomi. Kobieta zupełnie zaskoczyła Solida. Przyznaje jednocześnie, iż łączy się z Wężem za pomocą zupełnie innego Codeca. Pani doktor znalazła chwilę na rozmowę, gdyż reszta osób z dowództwa była zajęta. Snake oczekuje wyjaśnień. Naomi przyznaje, że część tego, co dotychczas mówiła Solidowi, było kompletnym oszustwem, ale z drugiej strony w wielu innych kwestiach nie okłamała bohatera. Prawdą jest, iż bardzo chciała poznać swoją tożsamość poprzez prowadzenie badań genetycznych. Kobieta opowiada o tym, jak w latach 80 odnaleziona została jako małe dziecko w Rodezji, później zwanej Zimbabwe. Tylko przez krótki czas przyszło jej żyć samotnie. W końcu odnalazł ją, umierającą z głodu przy rzece Zambezi, Frank Jaeger. Mężczyzna podzielił się z nią swoimi racjami żywnościowymi i troskliwie zaopiekował. Snake’a niezwykle zaskoczyła ta informacja. Frank Jaeger, a więc Gray Fox, okazał się być jedyną rodziną dla Naomi. Mimo to, Snake zabił Franka. Kobieta wyjaśnia, iż to nie Jaeger zabrał ją z tamtych okolic. Z Mozambiku do Stanów Zjednoczonych ich dwójkę sprowadził sam Big Boss. Następnie ich wybawiciel, wraz z Foxem, udał się do Afryki, by tam walczyć. Po pewnym czasie miał miejsce incydent w Zanzibar. To wtedy Naomi zapałała pełną nienawiścią w stosunku do Solida. Oczekiwała dwa długie lata tylko po to, aby móc się na nim zemścić. Specjalnie wstąpiła do jednostki FOXHOUND, by w ten sposób mieć okazję spotkać Węża. I w końcu udało jej się to. Jednak, kiedy już poznała Snake’a osobiście, częściowo zmieniła zdanie, co do jego osoby. Dawna, gorzejąca nienawiść, zmalała. Hunter wspomina również postać doktora Clarka. Tak naprawdę za śmierć naukowca odpowiedzialny był, już przeistoczony w cyborga, Gray Fox. Naomi zatuszowała całą sprawę i zabrała brata z dala od tego miejsca. Kobieta wyjaśnia, iż Fox najprawdopodobniej przybył na Shadow Moses po to, by walczyć ze Snake’iem po raz ostatni. To jest jego celem, to trzyma go przy życiu. Doktor Hunter przedstawia także szersze informacje na temat Fox Die. Fox Die jest typem retrowirusa atakującego ludzkie serce. Działa jedynie na konkretne osoby, które wcześniej zaprogramowane zostały jako cele. Wirus rozpoznaje DNA ofiary. Snake powoli domyśla się, że i jemu Naomi wszczepiła wirus. Kobieta wyjawia, że decyzja o użyciu Fox Die nie pochodziła bezpośrednio od niej. Pani doktor pragnie wytłumaczyć Solidowi szczegóły, ale nagle ktoś przerywa rozmowę. Wąż wyraźnie słyszy odgłosy szamotaniny. Po chwili na Codec bohatera odzywa się Campbell. Wyjaśnia, iż zabroniono Naomi kontaktować się ze Snake’iem. Solid nie ukrywa złości, bardzo chciał porozmawiać z kobietą. Roy nie zmienia jednak decyzji, zleca jedynie bohaterowi dalsze wykonywanie misji.
Wąż dociera wreszcie do pokoju kontrolnego i wprowadza ostatnią z kart. Urządzenie zaczyna funkcjonować, a po chwili z głośników dochodzi głos oznajmujący o aktywowaniu głowic! Snake niedowierza. To niemożliwe, przecież dezaktywował rakiety! Wkrótce po tym zdarzeniu, łączy się z Solidem Master. Miller posługuje się dziwnie odmiennym tonem głosu. Serdecznie dziękuje bohaterowi za uruchomienie maszyny. W końcu bez Snake’a nie mogliby stanowić zagrożenia i zażądać od rządu USA spełnienia postulatów. Bez kodów aktywujących terroryści nie mieli żadnych szans na spełnienie swych zamierzeń, a Baker i Anderson nie zdradzili szyfrów odpaleń. Tak więc pierwszym pomysłem jaki się narodził, było wyciągnięcie informacji od samego Solida. Przydatnym miał okazać się tutaj Octopus wcielający się w szefa DARPA, jednak za sprawą Fox Die, Decoy nie przeżył spotkania ze Snake’iem. Terrorystom pozostało już tylko jedno rozwiązanie, umożliwić Snake’owi podjęcie działania, aż do momentu, kiedy sam zdobędzie kody i przekonany o tym, że za ich pomocą dezaktywuje maszynę, uruchomi ją! Master otwarcie kpi z Solida. Uświadamia bohatera, iż sam nie byłby w stanie zajść tak daleko bez niczyjej pomocy. W ten sposób terroryści zyskują argument mogący zastraszyć rząd. Waszyngton zmuszony będzie zdradzić im antidotum na Fox Die. Z lekarstwem na podorędziu, tajny as Pentagonu mógł okazać się bezużytecznym. Solid zupełnie nie rozumie, o co chodzi Millerowi. Pragnie jak najszybciej poznać tożsamość rozmówcy. Do transmisji nagle włącza się pułkownik Campbell. Oznajmia, iż ciało Mastera Millera zostało niedawno odnalezione w jego domu. Mężczyzna nie żył już od trzech dni! Na jaw wychodzi również fakt, że sygnał Codecu rozmówcy Snake’a dochodzi z samej bazy. Solid przez cały ten czas rozmawiał z… Liquidem! Brat stwierdza dobitnie, że Snake nie jest już mu do niczego potrzebny, a następnie zamyka zdalnie drzwi do pomieszczenia. W zastraszającym tempie pokój zaczyna wypełniać się gazem. Snake pośpiesznie zakłada maskę, po czym kontaktuje się z nim Otacon. Hal mówi, iż jest w stanie otworzyć drzwi, co też po chwili robi. Solid wybiega z pomieszczenia i spostrzega Liquida biegnącego w stronę kokpitu REXa. Dogania brata i wymierza w niego broń. Liquid ironicznie stwierdza, że nie wypada celować we własnego brata, po czym obydwaj rozpoczynają rozmowę. Liquid wyjawia, że udawał Millera tylko po to, aby móc dużo łatwiej manipulować poczynaniami Solida. Mężczyzna przyznaje nieskromnie, iż jego pionek nieźle sprawdził się w tej roli. Pentagon zapewne ma podobne zdanie. Liquid wyjawia bratu prawdę. Solid od samego początku był jedynie marionetką. Akcja z odbiciem więzionych zakładników była tylko przykrywką. Prawdziwym celem misji Snake’a było rozniesienie wirusa Fox Die pośród Genome Soldiers i FOXHOUND tak, aby zabił on wszystkich bez narażania bazy i Metal Gear REXa na jakiekolwiek szkody. Solid dochodzi do wniosku, że Naomi współpracowała z Pentagonem, ale okazuje się, że kobieta miała również i własne plany. Tuż przed akcją wprowadziła w strukturze wirusa pewne zmiany, ale nic o nich nie wiadomo. Być może dowództwo misji pragnęło wyciągnąć z niej te informacje zaraz po aresztowaniu. Liquid wie tylko tyle, iż doktor Hunter kierowała się chęcią zemsty. Tak czy inaczej, brat Węża zamierza dodać lekarstwo na Fox Die do listy żądań terrorystów. Zresztą, nawet i to może okazać się niepotrzebnym. Pełnym przekonania głosem, Liquid stwierdza, że skoro Snake żyje, to znaczy, że i jemu nic nie grozi; w końcu mają identyczny genotyp. A więc to prawda, obaj są bliźniakami! Co więcej, według blondyna bracia nie są zwykłymi bliźniakami. Łączą ich przeklęte geny. Les Enfants Terrible – Straszliwe Dzieci. Solid otrzymał najlepsze geny ojca, zaś Liquid te recesywne. Wszystko zaplanowano tak, aby rozdzielić geny dominujące od recesywnych i obdzielić nimi dwójkę dzieci. Jedyny powód, dla którego Liquid istnieje, to możliwość stworzenia dzięki jego egzystencji Solid Snake’a. Bliźniak Węża jest jedynie swoistym śmietnikiem genów, resztkami tego, z czego stworzono jego brata. Emocjonalnie wzburzony Liquid pyta bohatera o to, czy rozumie jak to jest żyć od samego urodzenia jako zwyczajny odpadek. Solid jedynie kiwa głową. Wszystko, czego właśnie się dowiedział brzmi niesłychanie. Snake stwierdza, że to zapewne dlatego Liquid ma tak wielką obsesję na punkcie Big Bossa, coś w rodzaju wypaczonej miłości. W ripoście Liquid krzyczy, że jest to raczej olbrzymia nienawiść. Zawsze mówiono mu, że jest tym gorszym. Solid zabił Big Bossa, odbierając tym samym swojemu bliźniakowi szansę na dokonanie zemsty. Teraz pozostaje mu jedynie zakończenie pracy podjętej przez ojca. Pragnie go w ten sposób przewyższyć i jednocześnie zniszczyć. Liquid wyznaje również, że w przeciwieństwie do Snake’a, dumny jest z przeznaczenia zapisanego w jego genach. Po tych słowach mężczyzna wskakuje do kokpitu REXa. Solid nie jest już w stanie nic zrobić. Bliźniak odzywa się przez megafon. Zapowiada, że krew Węża będzie pierwszą, jaką przeleje ta historyczna, zupełnie nowa, maszyna. Snake powinien przez to odczuwać zaszczyt, w końcu jest to broń, która poprowadzi świat w XXI. wiek. Wielka platforma, na której stał dotychczas REX, zaczyna powoli podnosić się niczym winda. Sufit nad Metal Gearem otwiera się. Snake nie ma innego wyjścia, jak tylko skoczyć wprost pod nogi kroczącego mecha. Bohater nie ma zupełnie pojęcia, co dalej począć. Pośpiesznie kontaktuje się z Otaconem, by ten udzielił mu pomocnej rady. Naukowiec mówi, iż nie ma możliwość na zniszczenie maszyny z zewnątrz, ze względu na jej odporny pancerz. Solid zmuszony jest wywołać w jakiś sposób eksplozję w samym kokpicie. Ten jednak jest szczelnie zamknięty, gdyż nie ma potrzeby na to, aby go otwierać, skoro pilot Metal Geara wszystko obserwować może dzięki radarom. Snake postanawia więc zniszczyć radar REXa. Gigantyczna maszyna poruszyła się. Ruchoma wydała się bohaterowi jeszcze większa i okazalsza. Liquid, nie zastanawiając się długo, oddaje w brata serię z karabinów maszynowych. Kaliber działek jest znaczny, ale celność nienajlepsza. Snake przebiega tuż pod nogami maszyny, ledwo co omijając wiązkę lasera. Tam, chwilowo bezpieczny, przygotowuje wyrzutnię Stinger. Kroki REXa są tak olbrzymie, iż wystarczą jedynie dwa, ażeby Solid znalazł się z powrotem na widoku. Wąż celuje w radar i strzela. Rakieta wywołuje sporych rozmiarów eksplozję. Machina przez chwilę zatrzymuje się, a radar próbuje wychwycić jakiekolwiek informacje. Po chwili jednak REX ponownie rusza z impetem na Snake’a. Liquid chwali starania bohatera, ale oznajmia jednocześnie, że jest to koniec walki. Nieomal nadeptuje kilkutonowym odnóżem maszyny na swojego brata, kiedy coś nagle zatrzymuje REXa. Snake przymyka oczy, ale po chwili zdaje sobie sprawę, co miało miejsce. Solid spostrzega przed sobą Gray’a Foxa! Cyborg jedną ręką utrzymuje nogę REXa. Fox zdjęte ma zasłony z twarzy; jego prawe oko jest uszkodzone. Snake woła go po kryptonimie. Fox przyznaje, że dawne jego imię brzmi znacznie lepiej niż Deepthroath. A więc to on nim był. Frank przyznaje, że wiek nie służy korzystnie Solidowi. Liquid zaś nie ma najmniejszego zamiaru słuchać pogawędek tej dwójki i ponownie wykorzystuje potężną nogę REXa. Fox odskakuje i strzela w radar maszyny z działka plazmowego zamontowanego na swojej ręce. To powoduje ponowne problemy Metal Geara z orientacją. Przyjaciele chowają się za pobliski kontener, mają dosłownie krótką chwilę na rozmowę. Snake zadaje jedno proste pytanie: dlaczego Fox mu nadal pomaga. Dawny kompan przyznaje, że stał się niewolnikiem śmierci i tylko Solid jest w stanie go uwolnić. Wąż z kolei przypomina Jaegorowi o Naomi, tylko Fox mógł powstrzymać kobietę od chęci mszczenia się. Frank wyznaje jednak całą prawdę, to on odpowiedzialny był za śmierć jej rodziców! Nie potrafił zabić jej samej, a więc zaopiekował się nią. Dorastali wspólnie niczym rodzeństwo, ale zawsze, kiedy tylko na nią spojrzał, widział twarze jej rodziców tuż przed śmiercią. Fox prosi Snake’a o to, by przekazał Naomi prawdę. W tym samym czasie Liquid odkrywa kryjówkę dyskutujących mężczyzn. Frank pozostawia Solidowi amunicję do wyrzutni Stinger i oznajmia, że nie ma już więcej czasu, po czym wybiega na bezpośrednią konfrontację z REXem!. Solid zdobywa się jedynie na rozpaczliwy krzyk. Jego przyjaciel unika naboi wystrzeliwanych z maszyny dzięki swoimi akrobacjom. Wkrótce jednak Liquid ucieka się do lasera i ucina Foxowi rękę. Nawet to nie powstrzymuje dawnego żołnierza. Dzięki egzoszkieletowi, Jaeger wyskakuje kilkanaście metrów nad ziemię, na swego rodzaju półkę umieszczoną na ścianie hangaru. Już wymierza ze swojej broni wprost w Metal Geara, kiedy z wielką mocą REX uderza go swoją gigantyczną głową i tym samym przypiera do ściany. Fox krwawi. Jego ciało obejmują wyładowania elektryczne. Bezlitosny Liquid zamierza sprawdzić wytrzymałość egzoszkieletu, ale Jaeger jest jeszcze w stanie oddać kilka celnych strzałów wprost w radar maszyny. Urządzenie eksploduje i całkowicie odmawia posłuszeństwa. Brat Solida zmuszony jest do otwarcia kokpitu REXa. Nie ukrywa swojego podziwu nad umiejętnościami Foxa, ale nie zamierza mu przez to darować życia. Lis krzyczy rozpaczliwie w stronę Solida, aby ten wykorzystał nadarzającą się sytuację i zaatakował. Snake rezygnuje z tej decyzji. Gdyby powziął się na taki krok, zabiłby obu, i Liquida, i Foxa. Resztką sił Frank opowiada o tym, iż po wydarzeniach w Zanzibar został zabrany z pola bitwy, nie do końca martwy i nie do końca żywy, niczym cień w świecie pełnym światła. Nadeszła jednak chwila, kiedy wreszcie, na oczach swojego przyjaciela, może już odejść. Snake stoi jak wryty. Liquid zrzuca ledwo żywego Franka na ziemię i przydeptuje go całym ciężarem Metal Geara. Fox z największym trudem zdobywa się na ostatnie słowa skierowane do Węża: Nie jesteśmy narzędziami w rękach rządów, ani nikogo innego. Walka była jedyną rzeczą, w jakiej byłem dobry, ale przynajmniej zawsze walczyłem o to, w co święcie wierzyłem. Frank żegna Solida, a Liquid przytłacza Foxa, tym razem ostatecznie. Po Lisie pozostaje jedynie plama krwi. Snake wykrzykuje z rozpaczą i złością imię swojego przyjaciela. Liquid stwierdza, że Jaeger przez cały czas śmierci szukał, a więc w końcu ta go odnalazła. Teraz przyszła kolej na Snake’a. Solid zbiera rakiety do wyrzutni i biegnie co sił w nogach w stronę REXa. Bohater, kierując się wielkimi emocjami, ustawia się frontalnie w stosunku do maszyny i nie zważa na wynikające z tego niebezpieczeństwo. Natychmiastowo celuje w kokpit i strzela. Następuję gigantyczna eksplozja i wyraźnie daje się słyszeć krzyk Liquida. Blondyn ma spore problemy ze sterowaniem maszyną. REX ledwo się porusza. Cała konstrukcja pojazdu wstrząsana jest licznymi wybuchami. W końcu Metal Gear ostatecznie upada i ma miejsce największa z eksplozji. Wybuch odrzuca Solida aż pod ścianę hangaru. Bohater traci przytomność.
Snake z powrotem odzyskuje świadomość na kokpicie powalonego REXa. Wąż ma związane ręce i ledwo może patrzeć na oczy. Mimo to dostrzega, że ktoś zbliża się powoli. To Liquid! Przeżył nawet eksplozję, która położyła kres Metal Gearowi. Mężczyzna stwierdza, że nie zginie dopóki Solid nadal będzie żył. To, iż Metal Gear został zniszczony nie znaczy, że plany Liquida wzięły w łeb. Nadal ma zamiar przywrócić chwałę żołnierzom takim jak oni, aby ponownie byli szanowani jak niegdyś. W czasach Zimnej Wojny, jeszcze za młodości Big Bossa, świat potrzebował tego typu ludzi. Jednak nastały zmiany. Wojny wyglądają zupełnie inaczej, a on pragnie to zmienić. Solid krzyczy, iż nie chce takiego świata. Liquid przekonuje go, że jest w błędzie. Bliźniak Snake’a wyraźnie zauważył, że zabijanie sprawia Wężowi przyjemność. Nie ma potrzeby by z tym walczyć, przecież do tego bracia zostali stworzeni. Tak po prostu, stworzeni. Projekt Les Enfants Terrible – Straszliwe Dzieci. Wszystko zaczęło się w latach 70 XX. wieku i miało na celu stworzenie możliwie najpotężniejszego wojownika. Wzorem takiego ideału miał być Big Boss. W tamtym okresie znajdował się on w stanie śpiączki, ale zdołano pobrać jego DNA. Stworzono osiem zarodków, które następnie wszczepiono do kobiecej macicy. Wkrótce też zabito sześć zarodków tylko po to, aby pozostała dwójka miała jak najlepsze możliwości rozwoju. Dwójką tą byli Solid i Liquid. Na tym jednak nie poprzestano. Zaczęto wyodrębniać geny dominujące i przeszczepiać je do jednego z bliźniaków. Dzieckiem z genami recesywnymi był właśnie Liquid. Blondyn nadal utrzymuje, że Solid zabrał od niego wszystko to, co najlepsze, w dodatku jeszcze przed narodzinami! Poniekąd braćmi bliźniaków są również Genome Soldiers, którzy przeszli w końcu terapię genową. W tym celu wyodrębniono od Big Bossa 60 tzw. genów żołnierza, odpowiedzialnych za efektywną walkę. A więc także ci najemnicy stali się produktami poświęceń. By dodatkowo zaciekawić Snake’a, Liquid wyjaśnia dalej. W trakcie wojny w Zatoce Perskiej, w 1991 roku, zaczęto wszczepiać żołnierzom te eksperymentalne geny. Późniejszy syndrom wojny w zatoce, czyli problemy psychiczne oraz choroby uczestników tego konfliktu, to nic innego jak właśnie skutek terapii genowej. Solid przekonany jest, że efekt ten wywoływała bliskości uranu pochodzącego z broni przeciwczołgowej. Liquid oznajmia, iż informacja ta była jedynie przykrywką Pentagonu. Tak więc żołnierze, którzy doświadczyli syndromu, również stanowią rodzinę bliźniaków. Następnie Liquid przedstawia bieżącą sytuację. Projekt okazał się klęską. Zarówno bracia jak i Genome Soldiers znajdują się na skraju wymarcia. Mężczyzna precyzuje: natura ma skłonności do asymetrii, a jednostki cechujące się symetrią zazwyczaj giną. Symetria jest problemem klonów i żołnierzy po terapii genowej. Dlatego Liquid potrzebuje DNA Big Bossa. W ten sposób może uleczyć rodzinę. W naturze rodzina nie łączy się w związki, ale pomaga sobie wzajemnie po to, aby przetrwać. Zasadę tę wyjaśnia teoria Samolubnego Genu. Poprzez wydanie na świat potomstwa, rodzina pragnie zwiększyć szansę na istnienie swoich genów w kolejnej generacji. Wszystkie organizmy dążą do tego celu. Liquid wypełnia przeznaczenie zapisane w jego genach, aby potem wykroczyć poza nie. Na początek zabije własnego brata. Bliźniak Snake’a zleca Wężowi, by obejrzał się za siebie. Ku wielkiemu zdziwieniu Solida, nieopodal leży Meryl! Liquid nie wie jeszcze czy dziewczyna żyje, ale jest jedna tylko szansa na to, by się przekonać – zabić Węża. Mężczyzna ma jednak świadomość, że nie ma za wiele czasu. Pentagon na pewno podjął już jakieś decyzje wiedząc o tym, co zaszło na Shadow Moses. Solid kontaktuje się z pułkownikiem w celu dalszych wyjaśnień. Ten mówi bohaterowi, że dowodzenie nad całą akcją przejął Sekretarz Obrony. Pentagon zamierza zbombardować Shadow Moses przy użyciu wysłanych już w lot bombowców, wyposażonych w przebijające schrony atomowe ładunki. W ten sposób pragną zatrzeć ślady całego incydentu. Campbell zapewnia jednak, że zrobi wszystko, co w jego mocy, ażeby im w tym przeszkodzić. Nakaże opóźnić akcję, nawet kosztem własnego aresztowania. Po tych wszystkich kłamstwach, jakich się dopuścił, pragnie pomóc Snake’owi. Na jaw wychodzi fakt, iż Meryl wysłano na misję właśnie po to, aby móc efektywniej manipulować Roy’em. Przyjaciel zleca Solidowi ucieczkę. Po tych słowach daje się jedynie słychać krzyki i zaraz potem do rozmowy włącza się obcy mężczyzna. Przedstawia się jako Sekretarz Obrony, Jim Houseman. Informuje Węża, że Campbella zwolniono ze służby za wyjawienie tajemnicy państwowej. Prezydent nic nie wie o całej akcji, nad którą to Houseman ma pełną kontrolę. Ministerstwo Obrony jest na etapie wymyślania fikcyjnej historii dotyczącej wybuchu nuklearnego na Alasce, która to zostanie podana opinii publicznej. Jima interesuje jedynie to, że jego dobry przyjaciel, Donald Anderson, nie żyje. Houseman oznajmia, iż w zamian za dane z testów Metal Gear REXa, mógłby zastanowić się nad odwołaniem nalotu. Snake nie posiada już jednak dysku. Sekretarz Obrony żegna się więc chłodno i rozłącza z Solidem. Dla zwiększenia napięcia towarzyszącego pojedynkowi, Liquid uruchamia bombę czasową. Mężczyźni mają dosłownie kilka minut na walkę. Tylko śmierć Węża może usatysfakcjonować Liquida. W końcu obydwaj skazani są na rychłe zapomnienie. Bliźniak odwiązuje Snake’owi skrępowane ręce i zachęca do konfrontacji. Solid rozgrzewa nadgarstki, by następnie przyjąć bojową postawę i rozpocząć pojedynek. Walka pomiędzy dwoma klonami Big Bossa, największego żołnierza XX. wieku, rozgorzała na dobre. Z pozoru identyczni względem siebie bracia, a jednak wygrać może tylko jeden z nich. Starcie trwa parę minut. W ruch idą pięści i nogi. Liquid ucieka się również do ciosów głową. Obydwaj są już niezwykle posiniaczeni, ale mimo to walczą nadal, jakby wstąpił w nich szał bojowy. W końcu, tuż przy krawędzi REXa, Solid wymierza bratu serię, która wyrzuca Liquida poza obręb maszyny. Nie było szans, aby blondyn przeżył upadek z tej wysokości. Solid szybko wyłącza bombę i podbiega do Meryl. Dziewczyna oddychała. Snake porusza ją delikatnie, woła po imieniu, aż w końcu Meryl budzi się. Uradował ją widok Węża. By dać temu wyraz tuli się do bohatera, a on jedynie pyta czy wszystko już w porządku. Dziewczyna wyznaje, że przetrwała nie lada tortury, a nawet i gorsze rzeczy. Zwalczanie wszystkich przeciwności sprawiło, iż czuła się być bliżej Snake’a. Ona również toczyła swoją walkę. Z Solidem kontaktuje się Otacon. Cieszy się na wiadomość, że obydwoje są cali i oznajmia, iż jest sposób by przedostać się na pobliski parking, z którego tunel prowadzi prosto na powierzchnię, poza obszar bazy. Dezaktywowanie zabezpieczeń jest jednak na tyle skomplikowane, iż to Hal zobowiązuje się zająć tym zadaniem. Postanawia, że zostanie, aby umożliwić przyjaciołom ucieczkę. Tym samym naukowiec odnalazł wreszcie powód, by żyć. Snake dziękuje Otaconowi, co wyraźnie cieszy Hala. Mężczyźni żegnają się. Solid i Meryl kierują się w stronę parkingu, unikając przy tym zawalającego się stopniowo sufitu. Pragnąc dostać się do samochodu, znajdują się niespodzianie w polu zasięgu widzenia kamery. Pośpiesznie wsiadają do jeepa i z piskiem opon wjeżdżają do tunelu. Od razu rozpoczyna się intensywny pościg za dwójką uciekinierów. Meryl dobrze radzi sobie z prowadzeniem pojazdu, zaś Snake skutecznie operuje zamontowanym z tyłu jeepa działkiem. Po drodze Solid dwukrotnie zmuszony jest zniszczyć blokadę i zlikwidować znajdujących się przy niej strażników. W pewnym momencie do uszu dwójki dociera odgłos zbliżającego się samochodu. Okazuje się, iż za jego kierownicą znajduje się Liquid! Ponownie udało mu się przeżyć incydent, który zabiłby każdego innego człowieka. Blondyn krzyczy donośnie, że to nadal nie jest koniec i strzela ze swojego FAMASA, trzymając go w jednej dłoni. Następuje intensywna wymiana ognia. Liquid obrywa kilkakrotnie, ale mimo to nadal próbuje zgładzić swojego brata. W oddali widać już światło słoneczne. Niemal udaje się Snake’owi i Meryl opuścić tunel, kiedy Liquid uderza swoim jeepem w ich pojazd i powoduje wypadek.
Znajdowali się na zewnątrz. Śnieg znacząco złagodził kraksę. Meryl i Solid nadal żyją, są jednak unieruchomieni przez leżący pojazd. Zza drugiego wraka wyłania się Liquid. Mężczyzna jest cały poobijany, a jego wściekłość nie ustępuje. Z nienawiścią wymawia kryptonim Solida i wymierza w niego z karabinu FAMAS. Wydaje się, że to już niechybny koniec Snake’a, ale nagle Liquidem zaczynają targać konwulsje. Bliźniak Węża niedowierza, ale atak z pewnością wywołuje Fox Die. Liquid wymawia jedynie pierwszy człon nazwy wirusa, po czym upada na ziemię. Przez chwilę porusza jeszcze ręką, ale jest to już jego definitywny koniec. Z Solidem łączność nawiązuje Roy. Okazuje się, że aresztowano Jima Housemana. Cała akcja była jego samodzielnym wybrykiem. Campbellowi udało się skontaktować z prezydentem i zapobiec nalotowi. Z kolei Snake również ma dobrą wiadomość dla pułkownika, Meryl żyje! Informacja ta niezmiernie cieszy Roy’a, który wyjawia w końcu prawdę – dziewczyna jest jego córką! Campbell miał związek z żoną swojego brata. W ten sposób przyszła na świat dziewczynka. Nikt poza rodzicami nie wiedział o tym fakcie. To wyznanie wielce zaskakuje Solida. Roy zmienia jednakże temat. Mówi, że na Meryl i Snake’a oczekuje już w pobliżu skuter śnieżny, który Mei Ling dostrzegła za pomocą satelity. Młoda Chinka monitorowała też przebieg całej misji i zapisała każdą z rozmów, toteż Snake może czuć się bezpieczny. Otaconem zaś zająć mają się ludzie Campbella. Za niedługo wyczerpią się baterie w nanomaszynach Solida, a więc wkrótce nikt nie będzie mógł go już namierzyć. Oficjalnie Meryl i Snake zginęli w wypadku samochodowym. Na Fox Island oczekuje ich helikopter. Solid obiecuje, że kiedyś wpadnie do Roy’a osobiście. Co do Fox Die, Meryl jest zupełnie bezpieczna, gdyż nie była przewidziana w programowaniu jako jedna z ofiar. Jednak, jeśli chodzi o samego Snake’a, to Campbell preferuje, aby pogadał on lepiej na ten temat z Naomi. Pułkownik umożliwi kobiecie rozmowę. Doktor wie już, co stało się z Frankiem. Snake wyznaje, że Fox pragnął, aby przekazał jej, że tak naprawdę kochał ją i żeby zapomniała o nim i zaczęła żyć własnym życiem. Solid kłamie, gdyż nie chce, aby kobieta zapamiętała brata jako zwyczajnego mordercę. To Gray Fox tak naprawdę uratował świat. Walczył do ostatniej chwili swego życia. Snake pyta się Naomi o Fox Die. Skoro Liquid zginął, Solid również powinien być zagrożony. W odpowiedzi bohater słyszy jedynie, aby żyć pełnią życia i na nic nie zważać. Owszem, umrze, ale wtedy, kiedy nadejdzie jego czas. Naomi nie wyjawia, na jaki termin ustaliła ostateczny atak wirusa. Kobieta stwierdza, że każda osoba rodzi się ze swoim przeznaczeniem zapisanym w genach. Nie na tym polega jednak życie. Naomi wyznaje, iż zainteresowała się badaniami nad DNA dlatego, że mogła w ten sposób poznać swoją przeszłość, dowiedzieć się kim w rzeczywistości jest, kim byli jej rodzice. Nie udało jej się to jednak. Kobieta nakazuje Solidowi, by nie pozwolił, aby geny przejęły władzę nad jego życiem. Nieważne czy jest zarażony Fox Die, czy nie, ważnym jest natomiast to, że wybrał życie. A więc żyj!. Geny istnieją po to, aby ludzkie nadzieje i marzenia były przekazywane następnym pokoleniom. Życie to ogniwo do przyszłości. Kochając się nawzajem, ucząc się od siebie, tak możemy zmienić ten świat. Naomi przyznaje, że nareszcie pojęła prawdziwą istotę życia. Za to właśnie Snake’owi dziękuje.
Snake wyprowadza z pobliskiej jaskini skuter śnieżny. Meryl znajduje na tylnym siedzeniu pojazdu bandanę. Solid zamierza zachować ją na pamiątkę. Spytany przez dziewczynę o to, czy będzie to pamiątka udanej misji, czy może ich pierwszego spotkania, Wąż odpowiada, iż bandana będzie oznaką tego, jak żyć. Snake wyznaje, że dotychczas żył jedynie dla siebie. Czuł się żywym tylko wtedy, kiedy stawał oko w oko ze śmiercią. Poczuł jednak, że czas najwyższy zacząć żyć dla kogoś innego. Kogoś takiego, jak Meryl. Dziewczyna zwraca się do niego poprzez kryptonim, wtedy to Wąż wyznaje swoje prawdziwe imię – David. Meryl pyta o to, co teraz z nimi będzie. Snake odpowiada, że czas najwyższy na znalezienie nowego celu, nowej ścieżki w życiu. Dwójka zauważa spacerujące na lodzie karibu. Snake tłumaczy, że ta odmiana reniferów jest uznawana za symbol życia. Nadchodzi wiosna, wszystko dookoła emanuje pięknem. Również i Meryl. Oboje pragną razem rozpocząć zupełnie nowe życie. Zadowoleni i pełni pogody ducha, odjeżdżają w stronę dopiero co wschodzącego słońca.
Meryl i Snake nie mogli wiedzieć, iż poza Otaconem, z Shadow Moses wydostał się również Ocelot. W niesprecyzowanym miejscu, o nieokreślonym czasie, mężczyzna prowadzi dialog z tajemniczą osobą. Zwraca się do niej z ogromnym szacunkiem. Informuje ją o całej sytuacji: dwójka przeżyła, Fox Die powinien zostać aktywowany w niedługim czasie, tak jak zaplanowano to wcześniej. Ocelot odzyskał też dane testowe Metal Gear REXa. Nikomu nie udało się poznać jego prawdziwej tożsamości, jedynie poza szefem DARPA, który w czas został zlikwidowany. Shalashaska stwierdza, że mimo wszystko zwycięstwo odniósł gorszy z klonów, a Liquid do samego końca myślał, iż to on jest tym słabszym. Ocelot zapewnia tajemniczego mężczyznę, że nikt nie wie o tym, że jest on trzecim z bliźniaków, Solidusem. Na pytanie o kobietę, słyszy nakaz, aby mieć na nią baczne oko. Następnie Ocelot żegna się ze swoim rozmówcą, zwracając się do niego per prezydencie.

Koniec.