Odnosząc się do słów Pana Kojimy z jego blog’a można wywnioskować, ze puzzle w MG2 zapoczątkowały pewien trend w grze, który wcześniej się nie pojawili.

W MG2 Snake musi przejść przez barierę, którą stanowią lasery, to pozwoli na infiltracje bazy, która jest otoczona murem. Lasery wyłączają się tylko wtedy, gdy ktoś z wewnątrz wyłączy je za pomocą przełącznika. Snake dowiaduje się od pewnego dziecka, ze lasery wyłączają się w nocy, ponieważ fabryka działa z niezależnego generatora po zmroku.

Snake znajduje kilka jaj w zanzibarowym laboratorium. Kiedy nasz bohater kontaktuje się ze specjalista od tych spraw do Yozef’a Norden’a. Ten mówi mu ze jajka mogą prawdopodobnie zawierać piekle gada. Jesli Snake weźmie tylko jedno jako wtedy specyficzna temperatura lokacji w połączeniu z czasem wylegania, spowoduje ujawnienie faktu, które piekle się wykluje.

Jeśli Snake spowoduje wyklucie gada – węza boa – zimnokrwistego gada, który lepiej porusza się w ciepłym klimacie wtedy Snake szybko eksploruje swój ekwipunek i zauważa małego węza. Jesli Snake będzie dawał mu racje, gad będzie je zjadał. Jeśli jednak gracz naciśnie klawisz akcji podczas zaznaczenia
jajka wtedy Snake wyrzuci jajko wraz z małym wężem.

Jeśli Snake spowoduje wyklucie Sowy z okolicznych lasów Zanzibaru, dowie się od Yozef’a ze będzie ona „hukać” nad ranem. Stare ludy Zanzibaru wieża ze sowy są strażnikami czasu, i ze jeśli sowa zacznie „hukac” będzie to oznaczało rozpoczęcie dnia, nawet jeśli inne rzeczy nie będą na to wskazywać. Snake bierze wykluta sowę za barierę laserowa, używa jej, a strażnicy wewnątrz fabryki sadza ze noc się skończyła z powodu „hukania” sowy i zdejmą barierę.

Karta PAL znana z MGS jest swoistym przykładem takiej układanki. Zmienia ona swój kolor pod wpływem otoczenia w jakim się znajduje. Ta sama sprawa ma się do racji żywnościowych w MGS i MGS2. Jeśli będzie ona zbyt długo wystawiona na działanie zimna sprawi to, ze będzie niemożliwa do zjedzenia. Natomiast w MGS2 jeśli bohater będzie się czołgał w pobliżu wody to mszyca wodna zje jego racje tak samo jak zrobi to waz boa w MG2. Rozwiązanie tego typu problemów jest zastosowanie przedmiotów w różnych sytuacjach. Racje będą ponownie jadalne jeśli gracz „podświetli” je wtedy Snake je ogrzeje i będą jadalne. Snake i Raiden mogą ocalić racje przed zjedzeniem przez mszyce, jeśli je ukryją to spowoduje, ze psychika małych mszyc i wszy się zmieni i ich nie zjedzą.