Zanzibar Land

Demokratyczne państwo rządzone przez Azjatycką mniejszość narodową. Kierowany przez Big Boss’a byłego przywódcę grupy FOX-HOUND, a także żołnierza Gray Fox’a i jednego z twórców Metal Gear’a doktora Pettrovicha. Wielokrotnie wojska Zanzibaru pokonywały wojska przysłane przez Federacje Niepodległych Państw (CIS), w 1997 uznano Zanizbar za niepodległy kraj dzięki t.zw. „Wojnie Najemników” (większość żołnierzy Zanzibaru to najemnicy). Usiłowano zyskać ekonomiczną, militarną i polityczną przewagę. A podczas kryzysu światowej energii w 1997, Zanibar opanował proces wytwarzania ropy z mikroorganizmu OILIX. Podczas tej akcji odzyskano także dane techniczne Metal Gear’a z Outer-Heaven.

Ultra Box

Grupa zabójców specjalizująca się w walkach na krótkim dystansie. Członkowie pochodzili z takich organizacji jak SAS, GSG 9 i UDT. Byli znani z tego, że używali wind, aby atakować z zaskoczenia.Ich żołnierze stacjonowali w Zabnzibarze, gdzie zastawili zasadzkę na Snakea gdy jechał windą. Jednostka została kompletnie zniszczona przez elitarną grupę Fox-Hound.

Les Enfants Terribles

Ekstermistyczna grupa terrorystyczna, działająca na terenie Francji, której drugim dowódcą był Running Man.

The Whispers

Legendarna partyzancka grupa z Wietnamu, w której Night Sight był jednym z członków. Chodziły słuchy że byli oni skuteczniejsi w Dżungli niż sami Green Berets.

Out-of-Earth Environmental Special Forces

Tajny projekt NASA. Byli to udoskonaleni Ninja, którzy rozwinęli swoje mięsnie do granic ludzkich możliwości przy pomocy sterydów, używali także niezwykle giętkiego pancerza. Narastające pogłoski przyczyniły się do rozwiązania oddziału zanim wziął udział w jakiejkolwiek akcji. Niektórzy z członków oddziału uciekło tak jak Black Color do Zanzibaru.