Mężczyzna około 44 lat, obecnie znajdujący się na wyspie Lobito należącej do Republiki Tejan w południowej Afryce Jest emerytowanym członkiem tajnego oddziału Fox Hoound. Na wyspie przebywa w doskonale strzeżonym laboratorium chemicznym. On pierwszy odkrywa projekt nowego robota „Pythagorasa”.


Kobieta, około 25 lat. Na razie niewiadomo czym zajmowała się przed wstąpieniem do HRT. Wiadomo, że Rząd USA wysyła jej oddział w celu zinfiltrowania wyspy Lobito i odnalezienia danych projektu „Pythagoras”. Kiedy większość jej oddziału zostaje zabita musi działać na własną rękę, wkrótce potem pomocy udziela jej wyspecjalizowany w podobnych akcjach Solid Snake.


Kobieta, około 25 lat. Jest bardzo tajemnicza i nie wiadomo dlaczego pomaga Snake’owi. Przekazuje ona informacje przez radio z porwanego przez nieznanych sprawców samolotu. Wiadomo o niej na pewno, że posiada potężną moc telekinezy, a także widzenia dalej niż sięga wzrok. Potrafi na przykład wyczuć obecność innych osób, oraz niekiedy zaingerować w to co zaraz zrobią. Jej zamiłowaniem są kukiełki, mimo dojrzałego wieku uwielbia się nimi bawić.


Mężczyzna, około 35 lat. Jest równie tajemniczy jak Alice. Snake spotyka go w laboratorium w trakcie wykonywania swojej misji. Gary mówi do Snake’a tak jakby od dawna się znali, jednak Snake nigdy wcześniej go nie widział. Zdradza on wiele informacji związanych z firmą BEAGLE, zajmującą się projektem Pythagoras, a także o samym Pythagorasie. Cały czas chodzi w płaszczu i kapeluszu.


Mężczyzna, ok. 60 lat. To on przywraca do służby Solid Snake’a. Dowiedział się o nim od swojego starego znajomego z czasów służby w wojsku – pułkownika Campbella. Teraz jest agentem CIA odpowiedzialnym za bezpieczne odbicie Jumbo Jeta i uwolnieniu więzionego na jego pokładzie Vigo Hatch’a.


Mężczyzna, ok. 45 lat. Porucznik, fanatyczny patriota i przywódca sporego oddziału najemników. Jego oddział stanął po stronie przeciwników władzy w wojnie domowej, która miała w przeszłości miejsce w Tejanie. Ma ponad dwa metry wzrostu i ogromną siłę – wydaje się jakby nie rozkazywał, a sterował swoimi ludźmi.


Charles Emilio Schmeiser – Kanadyjczyk, agent CIA będący w misji wsparciem dla Rogera. To właśnie on jest Emilio, inicjatorem całego wydarzenia. Winą obciąża senatora Viggo Hacha, aby w ten sposób uniknąć odpowiedzialności.


Elsie & Frances – para marionetek, które przechwytują lot 326. Tak naprawdę kontrolowane są przez Lenę Arrow.


La Clown – znana także jako Swallowtail. Jest członkinią grupy kontrolującej wyspę Lobito. Wynajęta została przez Viggo Hacha w celu zabicia ojca Teliko. Na pewnym etapie udaje nawet Teliko, aby móc walczyć ze Snake’iem. Kiedy umiera, oparzenia na jej twarzy zamieniają się w symbol motyla.


Lena Arrow – poznajemy ją jako pasażerkę lotu 326. Wzięła ona udział w akcji Pied Piper of Hamelin, obecnie pracuje dla BEAGLE jako asystentka Viggo Hacha. Zabiją ją Minette.


Minette Donnell – w rzeczywistości nazywa się Constance Flemming. Jest młodą zakładniczką z lotu 326. Córka Williama Flemminga. Alic przekazuje jej telepatycznie informacje o tym, jak rozbroić bombę.


Viggo Hach – Amerykanin holenderskiego pochodzenia, wychowany w Nowym Jorku, kandydat na stanowisko prezydenta w wyborach w 2016 roku. Jako Hans Davis, razem z Williamem Flemmingiem uczestniczył w projekcie Neotony na wyspie Lobito. Po porwaniu odkrywa, że Lena uprowadziła go. Wkrótce zostaje zabity.


No.104 – jeden z podejrzanych o bycie Neotony. Zabija go No.16 i to on zostaje prawdziwym Neotony. Po nieudanej próbie wejścia do No.16, dusza No.104 wkracza do ciała Konstance Flemming, córki dr Williama Flemminga. Pod pseudonimem Minette Donnell, jawi się ona jako niewinna zakładniczka lotu 326.