The Patriots

To oni tak naprawdę rządzą stanami zjednoczonymi ameryki północnej. Kontrolują wszystkie poczynania rządzących w USA. Ich wpływy oplatają jednak cały świat. Organizacja ta jest znana wąskiej grupie osób, a sam fakt jej istnienia trzymany jest w ścisłej tajemnicy. Propozycje polityczne, głosowania, fundacje, a nawet wybory prezydenckie są przez nich kontrolowane. Jednakże wraz z rozkwitem ery Internetu szybkość rozchodzenia się informacji wzrasta i The Patriots nie są w stanie nic z tym zrobić. W związku z brakiem możliwości kontroli Internetu uruchomili projekt Arsenal Gear i GW. James Johnson, prezydent z okresu powstawania Arsenal Geara, chciał go ukraść i użyć go zęby stać się członkiem The Patriots. Dlatego sprzymierzył się z Solidus Snake’iem. Solidus jednak chciał wyzwać The Patriots, przy pomocy Arsenal Geara odkryć jak się nazywają i zniszczyć ich. Gdy tylko dowiedzieli się o jego planach, wysłali szpiega, żeby dołączył do jego grupy. Okazał się nim Revolver Ocelot, który został wysłany, żeby nikt nie odkrył tożsamości The Patriots. Po zakończeniu akcji Snake i Otacon używają wirusa komputerowego FoxDie, żeby odkryć, kim oni są, dzięki temu dowiedzieli się, że nie żyją od ok. 100 lat

Philanthropy

Organizacja zajmująca się zwalczaniem nielegalnie stworzonych Metal Gearów na całym świecie. Pomimo działania na granicy legalności jest oficjalnie uznana przez ONZ. Do organizacji należą Snake, Otacon i prawdopodobnie Mei Ling.

The Sons of Liberty

The Sons of Liberty – tak nazywała się grupa, która przejeła Big Shell. W jej skład wchodzili m.in. : Solidus Snake, Dead Cell, Gurulkovitch Private Army.

The Wisemen’s Comittee

Komitet, w którym zasiadało 12 najważniejszych członków The Patriots. Pomimo tego, że ich prawdziwe dane są nieznane to oni rządzą USA a być może nawet całym światem. Prezydent Johnson chciał użyć Arsenal Geara, żeby stać się członkiem tego komitetu. Solidus Snake chiał użyć Arsenal Geara, żeby odkryć kim są i ich zniszczyć.

Dead Cell

Specjalny treningowy anty-terrorystyczny oddział Navy SEAL`s. Byli specjalną jednostką stworzoną przez byłego prezydenta USA Georga Sears`a(Solidus Snake).Nazwa początkowo miała oznaczać ich anty-terrorystyczne funkcje. Oddział mógł bez ostrzeżenia atakować kompleksy rządowe, jako symulacja ataku terrorystycznego. Było to potrzebne, by pokazać żołnierzom szkolonym w VR, jak radzić sobie w prawdziwych warunkach. W międzyczasie ich lider, pułkownik Jackson, ginie w więzieniu, a Dead Cell zaczyna się rozpadać. Oddział zawsze działał na krawędzi, a po śmierci Jackson`a stał się jeszcze bardziej ekstremalny. Dead Cell zaczęli prowadzić misje przeciw sojusznikom USA, a nawet cywilom. Oszacowano, że blisko ponad 100 osób zginęło w „wypadkach” zaaranżowanych przez tą grupę. Jednakże, zarzuty tę mogą okazać się kłamstwem, ponieważ mógł to być akt sabotażu na reputacje Dead Cell zrobiony prze Patriotów( The Patriots ), jeśli wierzyć słowom Vamp`a. Pod koniec roku 2008 grupa została rozgromiona podczas misji i wszyscy z wyjątkiem trzech członków zginęli. Najprawdopodobniej przyczynili się do tego The Patriots. 29 Kwietnia 2009 Dead Cell dowodzony przez Solidus Snake’a, oraz Gurlukovitch Private Army atakują i przejmują całkowitą kontrolę nad instalacją odkażania ropy „Big Shell”. Wzięli zakładników a wśród nich prezydenta Jamesa Johnsona. Grupa  została ostatecznie zniszczona po zakończeniu operacji na „Big Shell”

Gurlukovitch Private Army

Grupa najemników utworzona przez pułkownika Sergeia Gurlukovitcha zaraz po upadku Związku Radzieckiego. Współpracowali z Liquid Snakeiem i jego bandą podczas akcji na Shadow Moses. Pomagali również przy kradzieży nowego modelu Metal Gear`a podczas incydentu na tankowcu. Jedank jednostka została zdradzona przez Revolver Ocelota, z nią współpracował. Ocelot zabił przywódcę armii – pułkownika Gurlukovitcha. Podczas wypadku na tankowcu zginęło również wielu innych żołnierzy z armii. Po tym zdarzeniu dowództwo nad jednostką przejęła córka Sergeia – Olga Gurlukovitch. Armia została zatrudniona przez Solidusa Snakea by wspomagać Dead Cell w zamiarze przejęcia Big Shell oraz nowego Metal Gear`a znajdującego się tam. Olga planowała, by po zakończeniu się misji rozwiązać jednostkę i pozwolić wszystkim jej członkom żyć własnym życiem. Plany te spełzły na niczym po tym jak Olga oraz kilku żołnierzy z jej armii zostali zabici. Nikt dokładnie nie wie co stało się z jednostką po tym jak Arsenal Gear uderzył o Manhattan, ale w każdym bądź razie Prywatna Armia Gurlukovitcha przestała istnieć po zakończeniu operacji na Big Shell.