Old Snake (Solid Snake)
Bohater akcji w Outer Heaven, Zanzibar i na Shadow Moses. Po wydarzeniach na Big Shell udało mu się zatrzymać dysk z danymi, dzięki którym można było dowiedzieć się więcej o Patriotach. W rezultacie jednak odnaleziono jedynie ich fałszywe dane personalne. Solid starzeje się szybciej niż normalny człowiek, gdyż jego kod genetyczny został zaprojektowany tak, aby szanse skopiowania go były minimalne. Znajdujące się w ciele Snake’a przestarzałe nanomaszyny zaczęły mutować, co także ma niebagatelny wpływ na wygląd bohatera (czyniąc jednocześnie z Olda tykającą bombę biologiczną). Oficjalnie pełni rolę inspektora ONZ, choć jego prawdziwym zadaniem, zleconym mu przez Roy’a, jest zabicie Liquida. Przez wszystkich nazywany bohaterem, sam siebie uznaje jedynie za zabójcę przeznaczonego do odwalenia brudnej roboty. Zlikwidowanie Liquida jest jego ostatnią misją.

Jack (Raiden)
Manipulowany przez Patriotów w czasie akcji na Big Shell, teraz świadomy już prawdy. Rzeczywistość wstrząsnęła Jackiem do tego stopnia, iż zaczął on staczać się na samo dno: popadł w alkoholizm, wszczynał bójki, itd. W efekcie odszedł od Rosemary. Przed wydarzeniami ukazanymi w MGS4, Raiden wyzwolił z rąk Patriotów córkę Olgi, Sunny. Został jednak schwytany i wykorzystany w eksperymencie mającym na celu stworzenie kolejnego cyborga na podobieństwo Gray’a Foxa. Stąd biała krew bohatera. Raidena uratowała grupa Lost Paradise. W ten sposób mógł kontynuować rozpoczętą wcześniej współpracę z tą organizacją. Na jego hełmie widnieje napis: Tokugawa Heavy Industries (kolejne nawiązanie do Policenatus).

Hal Emmerich (Otacon)
Przyjaciel Solid Snake’a, współpracuje z nim od czasów spotkania na Shadow Moses. Razem działają w organizacji Philantropy, która zajmuje się niszczeniem Metal Gearów. Doskonale zna się na komputerach, odszyfrował dane o Patriotach zawarte na dysku z wirusem (MGS2). W MGS4 Hal mieszka z Sunny na samolocie o nazwie Nomad. Wspólnie z dziewczynką zaprojektował Metal Geara Mk.II, Solid Eye System, oraz kilka innych przydatnych do infiltracji gadżetów. Hal nie potrafi pogodzić się z faktem, iż w przeszłości stworzył Metal Gear Rexa. Z każdym dniem coraz większą nienawiścią darzy Vampa, mordercę swojej siostry, Emmy. Naukowiec zauroczony jest w Naomi.

Naomi Hunter
Kobieta – zagadka, której czynów nie sposób przewidzieć. Nowa miłość Otacona. Tuż przed wydarzeniami w MGS4, Naomi została odbita z więzienia przez Liquid Ocelota i przetrzymywana w jego pobliżu w celu kontynuowania prac nad systemem SOP. To właśnie ona odpowiedzialna jest za nadprzyrodzone zdolności Vampa. Kobieta w pełni zdaje sobie świadomość ze zbrodni, jakich dopuściła się w przeszłości. Wspólnie z Sunny, do której przywiązuje się szczególnie wraz z biegiem wydarzeń, kreuje Fox Alive, mające na celu ostateczne zlikwidowanie Patriotów. Naomi choruje na raka.

Meryl Silverburgh
Córka Roy’a Campbella. Wielu zdziwiła jej nieobecność w MGS2, ale dziewczyna powraca w Guns of the Patriots. Przy okazji wyjaśnia się sprawa jedynego słusznego zakończenia MGS1 (Meryl przeżyła tortury Ocelota). W MGS4 zostaje ona dowódcą nowego FoxHound, a dokładniej rzecz ujmując, jednostki Rat Patrol Team 01, która zajmuje się badaniem aktywności PMC. Kobieta stara się stłamsić w sobie emocje i bolesne wspomnienia o przeszłości. Wygląd Meryl przywodzi na myśl jej odpowiedniczkę z gry Policenatus; dziewczyna nosi kolczyki w kształcie pocisków, a jej standardową bronią jest wyposażony w lunetę Desert Eagle. Nienawiść Meryl do Roy’a pogłębia się, kiedy dowiaduje się ona o jego ślubie z Rosemary.

Roy Campbell
Były pułkownik, dowódca i stary przyjaciel Solid Snake’a. Oficjalnie pracuje dla ONZ i bada działalność PMC. W MGS4 zleca Solidowi zabójstwo Liquida. Aby uchronić przed Patriotami najbliższych Raidena oraz jego samego, postanawia ożenić się z Rosemary.

Liquid Ocelot
Tak, największy mąciciel serii powraca i to z podwojoną siłą. W MGS4 jest dowódcą kompanii Outer Heaven, która kontroluje wszystkie największe PMC. Potęga firm jest tak wielka, że dorównuje sile armii USA. Za pomocą PMC Liquid planuje wzniecić powstanie mające na celu przejęcie kontroli nad systemem SOP. W miejsce prawej ręki, która pierwotnie należała do Liquid Snake’a, antagonista Solida założył protezę. Dzięki regularnemu zażywaniu odpowiednich środków chemicznych, hipnozy, a także silnej woli, Ocelot zdołał oszukać Patriotów zachowując się jak Liquid. Ma teraz zamiar wdrożyć w życie swój plan zwany Guns of the Patriots, mający na celu przejęcie totalnej władzy, zarówno nad losem każdego konfliktu, wojny, jak i samymi Patriotami.

EVA
Znana z MGS3 i MGS: PO. Kobieta używa kryptonimu Big Mama i walczy przeciwko Patriotom. Jest przywódczynią grupy partyzanckiej Paradise Lost Army. Przyjmuje pod swe skrzydła sieroty, które utraciły rodzinę wskutek wojny. Jest matką Liquida i Solida. Przed wydarzeniami rozgrywającymi się w MGS4 udzieliła ona informacji niezbędnych Raidenowi do odbicia przetrzymywanej przez Patriotów Sunny. W zamian miała pozyskać ciało Big Bossa. Niegdyś współdziałała z Ocelotem przeciwko Patriotom. Old Dog napotyka na swej drodze Evę we Wschodniej Europie. Jej kryptonim odnosi się do cenzora Internetu w Chińskiej Republice Ludowej. Ponadto samo imię wywodzi się od żony najstarszego wuja w rodzinie, który w tradycyjnej chińskiej familii zajmuje się wszystkimi jej przedstawicielami. Kobieta nadal używa pistoletu Mauser C96 i jeździ motocyklem Triumph.

Vamp
Jedyny ocalały z załogi Dead Cell. Posiada zdolności nadprzyrodzone. Na szyi zawieszone ma Dog tagi wszystkich pozostałych członków DC. W MGS4 Vamp na dobre przyłącza się do Liquid Ocelota, stając się z miejsca jednym z jego najmocniejszych argumentów siłowych. Vamp ma za zadanie wodzić Snake’a i resztę za nos. Uporczywie dąży do śmierci, co krok stając na drodze Raidenowi.

Big Boss
Tak jak Kojima obiecał, Big Boss powraca we własnej osobie… choć nie do końca. Solid będzie miał co prawda okazję spotkać ojca w MGS4, lecz w formie sztucznie podtrzymywanego przy życiu tworu organicznego. Tak więc Jack nie może być nazwany nawet cieniem samego siebie.

Mei Ling
Jest kapitanem statku Missouri. Wyszła za mąż za o wiele starszego od siebie mężczyznę z US Navy. Tradycyjnie lubi posiłkować się ciekawymi przysłowiami. Pomaga Otaconowi i Solidowi w poszukiwaniu Liquid Ocelota.

Rosemary
Ukochana Raidena i matka jego syna. Tuż przed wydarzeniami z MGS4 Rose wyszła za Campbella. Wspólnie udzielają pomocy Snake’owi w ujęciu Liquid Ocelota. Ukończyła studia na wydziale psychologii, co ma swoje odzwierciedlenie w fabule. W trakcie starć Solida z Bestiami kobieta pomaga mu we właściwej interpretacji uzewnętrznianych przez oponentów emocji. Regularnie kontroluje stan psychiczny bohatera.

The Beauty and the Beast Unit
Do jednostki należą cztery wyjątkowo pokrzywdzone przez wojnę młode kobiety. Spełniają one jednocześnie rolę bossów. Motorem napędowym ich działania są emocje, jakie towarzyszyły kobietom w czasie traumatycznych przeżyć oraz… sam Old Dog. Liquid Ocelot przekonał członkinie BatBU, że tylko poprzez zabicie Snake’a będą mogły odzyskać spokój wewnętrzny. Pierwszy człon kryptonimu każdej z kobieta zdradza, która emocja jest ich piętą achillesową.

Laughing Octopus
Z bossem tym kojarzy się śmiech i radość. Kobieta przyszła na świat w niewielkim skandynawskim miasteczku, zwanym Wioską Diabła. Ośmiornice były podstawową potrawą mieszkańców osady, co wzbudzało nienawiść w pewnej sekcie. Kiedy Laughing Octopus była jeszcze młodą dziewczyną, wspomniane stowarzyszenie stało się na tyle potężne, by móc zorganizować szturm na mieszkańców wioski. Konflikt sięgnął zenitu, kiedy sekta wyłapała ocalałych mieszkańców. Członkowie grupy mordowali jednego mieszkańca za drugim. Dziewczynę zmuszono do przyglądania się torturom i śmierci najbliższych. W strachu przed utratą życia, przy akompaniamencie przerażającego śmiechu, kontynuowała dzieło oprawców, mordując resztę rodziny. Krew, która znalazła się na jej dłoniach zmieniła kolor na czarny, co przypomniało jej atrament ośmiornicy. Octocamo, z którego dobrodziejstw korzysta jako Bestia, zaprojektowane zostało przez DARPA. Macki pozwalają kobiecie przemieszczać się w niemalże każde nieosiągalne dla zwykłego człowieka miejsce, co pomaga w efektywniejszym kamuflowaniu się.

Raging Raven
Urodziła się w Aceh w Indonezji. W dzieciństwie schwytali ją żołnierze. Przetrzymywana w klatce i maltretowana wraz z wieloma innymi więzionymi dziećmi, ustawicznie napędzana była nienawiścią oponentów. Po kilku tygodniach sadyści pozostawili dzieci na pastwę losu i… kruków pożerających wszystkie swe ofiary. Ptaki pozostawiły ją jedną przy życiu i oswobodziły z węzłów. Rozwścieczona dziewczyna wytropiła swoich oprawców i dokonała rzezi, zarówno na nich, jak i ich nowych więźniach. Jako Raging Raven przemieszcza się głównie za pomocą Jetpacka. Zaopatrzona jest w granatnik MGL-140.

Crying Wolf
Przyszła na świat w Afryce, w wiosce ogarniętej kręgiem wojen i czystek etnicznych. Pewnego dnia konflikt nasilił się do tego stopnia, że wrogie plemię zabiło jej rodziców i rodzeństwo. Wykorzystując nadarzającą się okazję, dziewczyna uciekła wraz z młodszym bratem. Pewnego dnia rodzeństwo natknęło się na wrogi patrol. Dziewczyna postanowiła ukryć się z bratem w opuszczonej chatce. Kiedy brat niespodziewanie zaczął płakać, ona w strachu przed wrogimi żołnierzami z całych sił zasłoniła mu usta. Po odejściu przeciwników okazało się, że braciszek jest martwy. Od tej pory dziewczynę zaczęła nawiedzać wizja podążającego jej tropem wilka. Pewnej nocy, po dotarciu do obozu dla uciekinierów, zadusiła wszystkie dzieci, będąc jednocześnie przekonaną, iż zrobił to towarzyszący jej wilk. Jako Crying Wolf dzierży na grzbiecie Rail Gun. Kobieta dysponuje świetnym zmysłem węchu.

Screaming Mantis
Pochodzi z Ameryki Południowej. Kiedy była jeszcze dzieckiem, wioskę, którą zamieszkiwała zaatakowano i doszczętnie spalono. Dziewczynka została odseparowana od rodziny. W trakcie ucieczki przed wrogą brygadą, dziecko schroniło się w piwnicy budynku. Pomieszczenie okazało się niczym innym, jak komnatą tortur. Zmuszona ukrywać się w piwnicy przez wiele tygodni, dziewczyna była świadkiem przerażających scen i towarzyszącym im okrzykom niewysłowionego bólu. W efekcie picia zabrudzonej wody, doświadczyła halucynacji, w których modliszka nauczała ją nie zwracać uwagi na hałas i posiłkować się wyłącznie martwymi ciałami mężczyzn. Podwładnym Liquid Ocelota udało się zaimplementować kobiecie osobowość Psycho Mantisa. W ten sposób kontroluje ona wszystkie pozostałe członkini BatBU. Mantis w walce prezentuje zbliżone umiejętności do swojego odpowiednika z MGS1. Dzierży w dłoniach marionetki The Sorrow i Psycho Mantisa, za pomocą których potrafi efektywnie wykorzystywać swoje telepatyczne umiejętności. Kobieta nosi także kamizelkę z logiem Praying Mantis, jednego z pięciu największych PMC.

Jak jakiś mistrz znowu coś zepsuje to ja tego poprawiać nie będę; odin.