Snake (Big Boss)

Mężczyzna, lat około 30. Jego prawdziwe imię to Jack. ‚Naked Snake’ to jego pseudonim, którego używa w Virtuous Mission i podczas operacji Snake Eater. Jest ostatnim uczniem The Boss, która w latach 50-tych nauczyła go indywidualnie wszystkiego na temat: walki, szpiegostwa, sabotażu, psychologii itp. Razem stworzyli system CQC. Na koniec gry Snake zostaje nazwany tytułem Big Boss. Ma 195 cm. wzrostu i muskulaturę a’la ‚Schwarzenegger’. Preferuje brutalny i siłowy styl walki. Jest wytrwałym i bardzo niezależnym bohaterem. Służy w FOX (Oddział operacyjny X), grupie specjalnej, która zostanie pod koniec XX wieku, przekształcona w oddział Fox-Hound.

Eva

Kobieta, lat około 20 Eva jest szpiegiem, wyszukującym dla Snake’a informacje. Przeszukuje akta KGB, udaje kochankę Sokolova podając się za Tatyane (pseudonim Tanya), po czym staje się też kochanką Volgina. Czuje także coś do Snake’a, on jednak nie wie o jej podwójnej osobowości (Tatyana i Eva). Wykorzystuje Khrushcheva, żeby pomóc Snake’owi. Jest byłym analitykiem NSA (Agencja Bezpieczeństwa Narodowego w USA). Jako pomocnica Sokolov’a, przegląda akta GRU. W MGS3, pracując jako szpieg dla Chin, zakochuje się w Snake’u. Jest fanatyczką motocykli, w walce posługuje się pistoletem Mauser.
Dyrektor Sokolov

Mężczyzna, lat około 50 jest Rosjaninem, naprawdę nazywa się Nikolai Stepanovich Sokolov (Nikołai Stefanowicz Sokołow). To jego Snake musi uratować i eskortować. Kieruje biurem OKB-754, zajmującym się planowaniem i projektowaniem w KGB. Konstruktor Shagohoda („Krokochodu”). Opracował wiele broni dzięki wsparciu finansowemu ze strony Partii. Martwi się o żonę i córkę, które pozostawił z Stanach Zjednoczonych. Jawi się na osobę nerwową lecz pracowitą. W obawie przed swoim własnym dziełem chce opuścić Rosję. Uciekł na zachód przez mur berliński, jednak w okresie kryzysu kubańskiego został ponownie sprowadzony do Rosji.

Ocelot

Mężczyzna, wiek prawie 20, jego prawdziwe imię to Adam. Jest starym wrogiem Snake’a. Jako nastolatek był dowódcą oddziału wojskowego pod okiem Majora Volgina. Lubi oglądać torturowanie ludzi przez Volgina. Jest synem legendarnego bohatera (The Sorrow i The Boss), został wychowany by być najlepszym. Jest Majorem GRU. Dowodzi jednostką „Ocelot” – elitarnym oddziałem Specnazu GRU. (Specnaz – spiecalawo naznaczienia, „specjalnego przeznaczenia”). Po raz pierwszy spotyka Snake’a w czasie Virtuous Mission, gdzie został ośmieszony przed oczami swoich ludzi. Ma nadzieję, że kiedyś stanie i wyrówna rachunki ze Snake’iem. Jednak pomimo jego najszczerszych chęci, Snake zawsze był o krok przed nim. Jest „Geniuszem Rykoszetów”, jednak brakuje mu prawdziwego doświadczenia w walce. Ocelot ma wielki szacunek do Snake’a.
Volgin

Mężczyzna lat około 50 Jest pułkownikiem GRU (Radzieckiego Wywiadu Wojskowego). Prawdziwe imię to Ephgeny Borisovich Volgen (Jewgienij Borysowicz Wołgin). Jest to główny zły bohater w MGS3. Jego imię na Zachodzie wzbudza wielki strach. Z racji używania elektrycznych bolców podczas walki, jest znany jako „Thunderbolt” („Pułkownik Grzmot”). Ma 201 cm. wzrostu i uwielbia torturować ludzi. Zyskał fortunę po śmierci ojca, którą wykorzystał na zbudowanie ogromnej bazy w Glasnigrad. Sprowadził tam oddział The Boss, oraz oddział wojskowy Brezhnev’a, chce zdobyć władzę nad całym świtem. Ma dwie kochanki: porucznika Raikov (związek homoseksualny), oraz Tanyę (Evę). Zajmuję się operacjami strategicznymi, jest byłym mistrzem bokserskim.
The Boss

Kobieta, lat około 40 pół angielka, pół amerykanka, znana również jako „The Joy” (Radość). Prawdziwe imię jest nieznane. Pseudonim jakiego używa w USA to The Boss. W Virtuous Mission służy w jednostce FOX, udzielając porad poprzez radio. Jest piękną kobietą żołnierzem, a zarazem matką Ocelot’a. Była członkinią angielskiego SAS (gdzie poznała majora Zero), amerykańskich zielonych beretów i SEALS, jest wysoko na listach najlepszych żołnierzy w tych oddziałach. Podczas II Wojny Światowej dowodziła oddziałem Cobra – jednostką składającą się z najlepszych żołnierzy świata i poprowadziła Aliantów do zwycięstwa. Obecnie chce stworzyć nowy oddział specjalny. Spędziła całe lata 50-te razem ze Snake’iem, ucząc go wszystkiego, co sama umiała. Razem stworzyli system CQC. Jest jedyną kobietą, którą kocha Snake.
Major Zero

Mężczyzna, lat około 50. Prawdziwe imię to David. To on bazując na swoim doświadczeniu w British SAS, zaproponował utworzenie oddziału FOX, przeznaczonego do wykonywania tajnych misji w okresie Zimnej Wojny – całkiem nowego rodzaju jednostki, łączącej cechy dotychczasowych oddziałów specjalnych (jednostki bojowe) z elementami inwigilacji, szpiegostwa i wywiadu. W FOX jest dowódcą i używa w nim pseudonimu Major Zero. W Virtuous Mission, będzie nazywany Major Tom. W czasie misji oferuje pomoc szpiegowską. Należy do części CIA odpowiedzialnej za tajne planowanie. Jest typowym angielskim gentleman’em. Poprzez udział w „Subtelnej Misji” (Virtuous Mission) chce dowieść, że jego pomysł stworzenia oddziału FOX był trafny.
Para-medic

Kobieta, lat około 20. Wychowana we wschodnich częściach USA. Jest rozwiedziona. Dostarcza przez radio informacji z zakresu chirurgii i medycyny. Fanatyczka filmowa ze strasznie spaczonym gustem. Należy do oddziału wspomagającego FOX.
The Pain

Mężczyzna, lat około 50. Członek oddziału Cobra, może kierować rojem szerszeni. Ma ponad 200 cm. wzrostu. W swoim ciele nosi trujące pszczoły zwane „pocisko-pszczołami” (bullet bees). Wypuszcza je ze swoich ust. Na plecach ma królową pszczół, która przywołuje inne pszczoły aby zasłoniły go przed doznawaniem jakichś obrażeń. Jego całe ciało jest nimi pokryte z zewnątrz i wewnątrz. Kiedy pszczoły zostają uwolnione tworzą na jego ręce wielkie żądło, które następnie wyrzucone wybucha wysypując setki pszczół.
The Fear

Mężczyzna, lat około 50. Członek oddziału Cobra. Prawdziwe imię jest nieznane. Jego ręce i nogi są dłuższe niż u zwykłych ludzi, jego stawy łokciowe potrafią się zginać w obie strony. Ze sprawnością pająka wspina się i skacze po drzewach. Używając liny może podróżować po całym lesie, między drzewami. Ma bardzo długi język, który używa do łapania rzeczy. Jest mistrzem w konstruowaniu pułapek. Używa dużej kuszy (cross bow), którą nazywa Wilhelm Tell do pary z kuszą pistoletową (bow gun) o nazwie Little Joe (Mały Józio).
The End

Mężczyzna, lat około 100. Członek oddziału Cobra, jego pseudonim odnosi się do śmierci. Urodził się na początku lat 60-tych XIX wieku. Jest „Ojcem chrzestnym” wszystkich technik snajperskich. Zarówno na zewnątrz jak i wewnątrz jego ciała rośnie mech. Dzięki energii wytwarzanej przez mech w procesie fotosyntezy, The End może przez wiele dni obejść się bez jedzenia, picia, nawet nie ruszywszy się z miejsca. To on nauczył The Boss, wszystkiego o byciu snajperem.
The Fury

Mężczyzna lat około 50. Członek oddziału Cobra, prawdziwe imię jest nieznane. Nosi czarny, sowiecki kombinezon kosmiczny, który ma służyć jako obrona przed ogniem. Bardzo dobrze walczy przy pomocy miotacza ognia. Podobnie jak The Boss, był w kosmosie, gdzie został wysłany po II Wojnie Światowej w nieoficjalną misję, jednak jego całe ciało spaliło się w czasie wchodzenia w atmosferę. Nie może już odczuwać bólu i prawie wcale się nie odzywa. Żyje po to by rozsiewać szalony ogień. Pod maską kryje się spalona twarz.
The Sorrow

Mężczyzna lat około 50. Były członek oddziału Cobra, już nie żyje. PO wojnie zrobił coś z The Boss, po czym stał się ojcem Ocelot’a. Podczas walki poświęcił życie by ocalić The Boss, jego ciało ciągle leży pod mostem w Cherno Yaruski (Tselinoyarsk). Zostaje pomocnikiem Snake’a. Jest duchem więc może pomagać tylko w czasie walk z boss’ami. Jest po trochu filozofem. W czasie walki jest nieuzbrojony i bardzo słaby. Mimo iż brakuje mu umiejętności walki, jest pewnego rodzaju medium – potrafi rozmawiać z umarłymi i zdobywać od nich różne informacje przydatne w boju. Może spowodować by duchy, które przywołuje, „weszły w niego”, dzięki czemu zyskuje ich umiejętności walki.
Mr. Sigint

Mężczyzna, lat około 20. Maniak komputerowy, członek oddziału FOX. Ekspert w dziedzinie broni, sprzętu wojskowego i zaawansowanych technologii. Wiele z przedmiotów, których używa Snake podczas misji, (lornetka, maska itp.) jest jego dziełem. Poprzez radio udziela informacji militarnych i mówi jak walczyć z niektórymi przeciwnikami. Jest członkiem NSA, więc doskonale zna się na najnowszych technologiach.

Ivan Raidenovich Raikov

Mężczyzna, lat około 20. Młody porucznik GRU. Drugi w hierarchii po Volginie, jest także jego kochankiem. Z wyglądu jest łudząco podobny do Jacka Raidena z MGS2. Lubi nosić striptizerską bieliznę marki PlayBoy.
Prezydent Johnson

Mężczyzna, lat około 50. Obecny prezydent USA. Pojawia się na końcowej ceremonii, na której nadaje Snake’owi tytuł Big Boss i wyróżnia go medalem w kształcie Krzyża.
CIA Chief

Mężczyzna, lat około 60. To on pociąga za sznurki po stronie amerykańskiej. Zamierza uknuć intrygę przy pomocy The Boss. Poprzez ciągle zmieniające się okoliczności, rozkazuje Snake’owi pomagać jej w odzyskaniu majątku ojca Volgin’a. Jest mistrzem manipulacji, wykorzystuje Ocelot’a (Adama) do zadań rozpoznawczych. Jest obecny podczas ostatniej ceremonii nadania Snake’owi tytułu Big Boss.
Dyrektor Granin

Mężczyzna, lat około 60. Kolejny po Sokolovie rosyjski naukowiec. Naprawdę nazywa się Alexander Leonovich Granin. Należy do odłamu Kosygin’a, pracuje dla Glasnigrad Planning i biura projektów stworzonym przez GRU. To on stworzył dwunożną machinę chodzącą (poprzednika REX’a). Szaleje za wódką. Zaniepokojony dodaniem możliwości wystrzelenia głowicy nuklearnej ze swojego dwunożnego czołgu kontaktuje się ze swoim amerykańskim przyjacielem (ojcem Ocelota). Eva daje mu buty z wbudowanym nadajnikiem, zdradzającym jej jego pozycję. Po przekazaniu informacji Snake’owi, zostaje zabity na torturach.
Khrushchev

Mężczyzna, lat około 70. Obecny I sekretarz ZSRR. Pracował nad tajnym porozumieniem z prezydentem Kennedy’m podczas kryzysu kubańskiego. Przekonuje Evę do współpracy z nim na rzecz KGB. Jest informowany na bieżąco o poczynaniach GRU i Volgina. W grze występuje w Briefingu do Operacji Snake Eater.