Akcja Portable Ops zaczyna się w listopadzie 1970 roku, dokładnie 6 lat po Operacji Snake Eater. Niedługo po otrzymaniu od Prezydenta USA tytułu Big Boss’a, Naked Snake obejmuje dowództwo nad oddziałem przeznaczonym specjalnie do tajnych operacji – jednostką FOX. Lecz niedługo po tym Snake odchodzi z oddziału i znika bez śladu.

Gra zaczyna się w momencie w którym Snake zostaje porwany, odurzony i wrzucony prosto do Południowo Amerykańskiego więzienia. Początkowo Snake nie wie kto go porwał, ani dlaczego lecz niedługo po tym odkrywa że za jego porwaniem stał niejaki Porucznik Cunnigham, były agent CIA specjalizujący się w torturach i przesłuchaniach. Cunningham stara się zdobyć informację na temat Dziedzictwa Filozofów. Według niego, Snake wie gdzie ono aktualnie się znajduje i nie waha się wydobyć tej informacji z niego poprzez tortury, które Snake przechodzi. I choć Cunnigham’owi nie udaje się go złamać wychodzi z celi obiecując że wróci.

Podczas gdy Snake stara się obmyślić plan ucieczki, więzienny towarzysz informuje go na temat miejsca w którym się znajdują oraz jego potencjalnym zagrożeniu dla całego świata. Okazuje się że obydwoje są uwięzieni w ukrytej Sowieckiej bazie na półwyspie San Hieronymo w Kolumbii, mającym swe znaczenie ze względu na role jaką miała odegrać w największym kryzysie Zimnej Wojny – Kubańskim Kryzysie Rakietowym. Jak wiadomo w 1962 roku, Związek Radziecki rozstawił głowice nuklearne na Kubie jako ochronę przed inwazją USA na terytorium Kuby oraz także jako straszak dla Ameryki przed uderzeniem w Rosyjskie miasta. Świat stanął wtedy na krawędzi wojny nuklearnej, jednak Kennedy oraz Chruszczow zdołali opanować ten incydent. Sowieckie Pociski zostały usunięte z Kuby.

Owa tajna baza na półwyspie została stworzona w celu wsparcia pozycji Sowietów na Zachodniej Półkuli. Oczywiście taktyczne znaczenie bazy umieszczonej tak blisko Ameryki która mogłaby dostarczyć szybciej nuklearną broń na wypadek wojny, było czymś czego Rosja nie mogła zignorować. Toteż w tym celu Sowieci zainwestowali olbrzymią sumę pieniędzy na ukrytą bazę w Kolumbii. Jednak ze względu na ekonomiczne wydatki związane z wyścigiem zbrojeń oraz na rozluźnione napięcia w stosunkach między ZSRR oraz USA, baza nie została nigdy całkowicie skończona. Niestety, dla umieszczonych tam Sowieckich oddziałów, Radziecki rząd zapomniał o ich istnieniu zostawiając je na powolne gnicie w Kolumbijskiej dżungli.

Było to przyczyną sabotażu spowodowanego przez Rosyjskiego militarnego dowódcę, Gene’a, na odbywające się rozmowy nad Traktatem o Ograniczaniu Zbrojeń Strategicznych (SALT – Strategic Arms Limitation Treaty). Obustronne pertraktacje między USA a ZSRR na temat wstrzymania rozrostu wyrzutni pocisków balistycznych wraz z jednoczesnym rozbrajaniem starszych ICBM’ ów (Międzykontynentalnych pocisków balistycznych), rozmowy te były początkowymi krokami w kierunku powstrzymania rozszerzania arsenału nuklearnego. Jednak plany Gene’a były inne. Postanowił trzymać obydwa kraje jako zakładników poprzez stworzenie własnego państwa: stanu kierowanego i tworzonego przez żołnierzy, wraz z nuklearną technologią wykradzioną z tych krajów.

Po ucieczce, Snake wraz z Campbellem zmierzają do wieży radiowej by wezwać pomoc. Na miejscu Snake używa starej częstotliwości radiowej mając nadzieję że ktokolwiek jeszcze na niej odbiera. Na szczęście udaje im się skontaktować z Para-Medic, niestety entuzjazm Snake’a szybko opada, okazuje się że Major Zero został aresztowany jakby tego było mało Snake wraz Majorem są podejrzewani o wywołanie incydentu który miał miejsce – jego dawny oddział FOX ukradł głowice nuklearne od Stanów Zjednoczonych i zamierza je wymierzyć w Związek Radziecki zmieniając tym samym Zimną Wojnę w zdecydowanie „gorącą” . Teraz jeśli Snake nie ma zamiaru stanąć przed plutonem egzekucyjnym musi powstrzymać FOX. W tym celu wraz z Campbellem tworzą oddział Foxhound…

Informacje te spowodowały lawinę kolejnych pytań: skąd Gene uzyskał te technologie od USA oraz ZSRR? Jaką role ma w tym Dziedzictwo Filozofów? Dlaczego oddział FOX przebywa w tej bazie i jaka jest dokładnie ich misja? Za tydzień, kiedy ukaże się MGS: PO, otrzymamy wszystkie odpowiedzi na te pytania.