Big Boss

Żołnierz który stal się żywą legenda poprzez zabicie The Joy – najlepszego żołnierza na świecie, pioniera CQC oraz założyciela Cobra Unit. W niewyjaśnionych okolicznościach został porwany przez oddział FOX z rozkazu DOD i osadzony w wiezieniu na Półwyspie Świętego Hieronima oraz oskarżony o kradzież polowy „The Philosophers Legacy” mimo tego, ze nie miał pojęcia o tym, ze TPL składa się z dwóch części.
Jego celem salto się powstrzymanie rebelii wywołanej przez Gene’a o której mylne pojęcia ma dzięki dokumenty podstawione na zlecenie DOD przez Cunninghama. Jego misja jest powstrzymanie Gene’a, jednak w efekcie wydarzeń na półwyspie jest mu przykro z powodu zabicia Gene’a a idea stworzenia „Army’s Heaven” przypada mu do gustu i za cel obiera sobie  stworzenie takiego miejsca.
Roy Campbell

Członek Zielonych Beretów. Jego oddział został zmasakrowany przez FOX Unit, przeżył tylko on i został osadzony w wiezieniu
na półwyspie. Poznaje w nim Big Bossa i postanawia przyłączyć się do niego w walce przeciw 'filozofom’. Jest pod ogromnym wpływem urody Elisy
Gene

Członek oddziału Fox o nieznanym stopniu. Zdradził USA, zbratał się z sowietami, wykradł amerykanom bron masowego rażenia i zaplanował jej użycie na półwyspie. Aby zdobyć żołnierzy potrzebnych mu do własnych celów, Gene wykorzystał moment, gdy radz. sowiecki porzucił pozostawionych na półwyspie swoich żołnierzy i obiecał im stworzenie „narodu” w którym żołnierze będą traktowani z godnością a nie jako narządza do wykonywania brudnej roboty powierzonej przez polityków.

Podobnie jak Elisa/Ursula ma silne zdolności psychiczne (efekt „Successor Project” – projekt miał na celu podobnie jak „perfect soldier” stworzyć
stworzenie doskonałego żołnierza, z tym, ze w tym wypadku żołnierza – dowódcę),  które wykorzystuje aby przemawiać do żołnierzy głosem, który w każdym żołnierzu wywołuje zaufanie i
wiarę w ich prawdziwość (głosem umie on również wywoływać tez inne emocje i uczucia). Kontroluje też Nulla. Znany jest tez pod pseudonimem Viper.

Zbierał fundusze na stworzenie nacji żołnierzy oraz niepodległej republiki dla nich (Army’s Heaven). Na łożu śmierci prosi Big Bossa o zabranie pieniędzy i spełnienie jego marzenia o nacji żołnierzy nie będących marionetkami rządu. Dzięki Ocelotowi zdobył Metal Geara oraz RAXE.

Jego drugim celem było zniszczenie przy pomocy RAXA siedziby Filozofów oraz Pentagonu. Uratował Sokolova z ZSRR i Elise z NRD.

Null

Spotkał Big Bossa po raz pierwszy w Mozambiku, gdzie zwrócił jego uwagę fenomenalna umiejętnością posługiwania się nożem. Zyskał tam przydomek Frank Jaeger (znany był tez również pod nazwiskiem Hunter) z racji umiejętności wzbudzenia zaufania wśród przeciwnika swoim niewinnym dziecięcym wyglądem i wykorzystania tego do eliminacji celu. W latach ’70 z rozkazu Gene’a zostaje poddany eksperymentowi „perfect soldier” (którego zmodyfikowanej formie zostaje później poddany Big Boss, a efektem którego jest stworzenie Solida, Liquida oraz Solidusa). Projekt „PS” wyostrzył w nim zmysły oraz sprawił, ze nie może spocząć, dopóki cel jego misji żyje. Po wykonaniu zadania zamykany był w komorze kriogenicznej w której tracił wspomnienia związane z ostatnim zadaniem.

Python

Przyjaciel Snake’a z lat młodości (?), ostatni raz widzieli się około roku 1960. Walczyli wtedy po jednej stronie barykady.
Uratował Jack’owi życie podczas jednej misji, gdy Jack załamany zniknięciem The Boss nie panował nad tym co robił. Został poważnie raniony w czasie tajnej misji w Wietnamie. W efekcie tej rany, jego ciało strąciło zdolność termoregulacji, w związku z czym musi nosić specjalny kombinezon, który umożliwia mu atak z bliska lodowatym powietrzem. Wierzy w to, iż CIA nie pozbyło się go jeszcze dlatego, ze tylko w Pythonie widzieli szanse na zabicie Big Bossa (m.in. dlatego, ze dzięki jego kombinezonowi nie Jack nie może stosować CQC). Stąd też pseudonim Anti-Snake.
Elisa/Ursula

Elisa jest medykiem, Ursula jest żołnierzem z oddziału FOX. W rzeczywistości jest to jedna i ta sama osoba. Jej rodzice byli naukowcami pracującymi w fabryce w Khystymiu na Uralu. Zginęli podczas wybuchu w owym reaktorze jądrowym a Elisa/Ursula zdobyły „dzięki” niemu swoje nadprzyrodzone zdolności (ponadto „stały” się bezpłodne). Elise prześladują koszmary dotyczące śmierci jej rodzicowi. Tuż po tym wypadku dziewczyny zostały odwiezione do kraju, a następnie przetransportowane do laboratorium w NRD, gdzie dzieci z silnie rozwiniętymi zdolnościami psychicznymi i telekinetycznymi mogły je rozwijać (a w zasadzie zmuszano je do tego). Moc Elisy jest bardzo slaba, podczas gdy moc Ursuli jest jedna z największych w całym komunistycznym świecie (większa moc w historii miał prawdopodobnie tylko Pyscho Mantis, który urodził się w 1972). W 1966 roku Gene działający na zlecenie CIA spotyka „dziewczynki”, zabiera je i przyłącza do oddziału FOX. Elisa wierzy w to, ze Big Boss zniszczy MG (miała wizje na ten temat, miała także wizje, ze potem stworzy on kolejnego MG na własny użytek, jednak twierdzi, ze jej wizje nie zawsze się sprawdzają), oraz wierzy w to, ze będzie on dobrym ojcem. Kontroluje Nulla.

Porucznik Cunnigham

Porucznik oddziału FOX będący na usługach pentagonu. Posiada protezę zamiast prawej nogi. W oddziale zajmował się przesłuchiwaniem więźniów, cechowała go cierpliwość a jego mottem było „odpowiednia dawka bólu, w odpowiednie miejsce a każdy powie czego się chce”. Wziął udział w ściągnięciu Jack’a na półwysep ponieważ wierzył, ze przekona on sowieckich żołnierzy do zbrojnego wystąpienia przeciw Gene’owi, który służył w tym samym oddziale co Cunningham (nie chciał dopuścić, do tego, aby zdrada wyszła na jaw wiec posłużył się Big Bossem). W dokumentach znalezionych na początku znajduje się fałszywą informacja nt. tego, ze Gene chciał oszukać żołnierzy i tak naprawdę nie chciał stworzyć Army’s Heaven a jedynie wykorzystać żołnierzy dla własnych celów (dokument ten miał posłużyć Jackowi w rekrutacji żołnierzy oraz pokonaniu Gene’a).
Jego misja polegała na sprowokowania ataku RAXY na ZSRR, a następnie zniszczenia opanowanej przez żołnierzy Gene’a bazy.
Skowronsky

Radziecki lotnik, weteran drugiej Wojny Światowej, który przeszło miesiąc wcześniej pomogli Gene’owi dostać się na półwysep, lecz szybko doszedł do wniosku, ze Gene oszukuje swoich żołnierzy i terroryzuje ich do osiągnięcia własnych celi..

Jego obsesja staje się zniszczenie Gene’a (najlepiej MiGiem lub Sukhoi’em). Umiera podczas ataku na  Gene’a przypuszczonego w kabinie Raxy.
Ghost

Tak naprawdę Sokolov. Gene pomógł mu się wydostać z ZSRR ale kosztowało go to wcielenie do oddziału FOX. Mimo wdzięczności, jaka żywił do Gene’a nienawidził go za jego plany ataku nuklearnego w związku z czym gdy nadarzyła się okazja (pojawienie się Big Bossa na półwyspie) postanowił pomoc Jackowi krzyżując tym samym plany Gene’a
Jonathan

Sowiecki oficer, który przyłączył się do Gene’a marząc o świecie w którym żołnierze będą szanowani a nie traktowani jako narzędzia. Jest pierwszym żołnierzem z armii Gene’a który przyłącza się do Snake’a, gdy ten opowiada Jonathanowi o prawdziwych planach Gene’a (które prawdziwe jak się później okazuje nie były, tylko były oszustwem rozpowszechnionym przez CIA). Umiera ratując życie Big Bossa gdy wybucha paniczna strzelanina miedzy żołnierzami z jego oddziału wywołana przemówieniem Gene’a.
Ocelot

Gra epizodyczna role – pomógł Gene’owi zdobyć plany MG zaprojektowanego przez Granina po czym ślad po nim zaginął aż do momentu, w którym zabija Roberta
MacNamare i wykrada plany projektu „Perfect Soldier” oraz informacje nt. inżynierii genetycznej. Podczas rozmowy końcowej mówi o dokumentach, które
wykradł, oraz mówi, ze chciałby, aby Big Boss się do nich przyłączył  aby mogli zostać „Patriotami”.


MG Raxa


Podczas gdy Sokolov projektował Shagohoda, Granin równolegle projektował swój model Metal Geara. W efekcie stworzone zostały dwie maszyny: RAXA, oraz Metal Gear. Obie wyglądały tak samo, aczkolwiek RAXA była tylko przynęta, gorsza kopia, którą miała zostać użytą jako wabik aby prawdziwy Metal Gear mógł wykonać atak lub np. przemieścić się w inne miejsce. I tak tez stało się na Półwyspie Świętego Hieronima – RAXA, kontrolowana przez umyśl Ursuli odwróciła uwagę Big Bossa od transportowanego w inne miejsce prawdziwego Metal Geara.