Rok 1995. Daleko w południowej Afryce, 200 km na północ od Garzburga znajduje się Outer Heaven – forteca stworzona przez legendarnego najemnika. W walce obawiali się go zarówno wrogowie jak i partnerzy, był zarówno bohaterem jak i szaleńcem. Wkrótce kraje zachodu dowiedziały się, że może zmienić losy świata, bo podobno w Outer Heaven jest produkowana broń masowej zagłady. Wezwano nowoczesny oddział Fox Hound, ażeby się zajął się tą sytuacją. W odpowiedzi, dowodzący oddziału, Big Boss wysłał Gray Fox’a, człowieka, którego pseudonim jest przyznawany najlepszym członkom oddziału.
Operacja Intrude N313…
Po kilku dniach, ostatnią wiadomością jaką przekazał było ‚Metal Gear…’, Gray Fox zaginął w akcji. Uznając sprawę za poważną ‚zachód’ ponownie zwrócił się do Fox Hound. Big Boss, wybrał Solid Snake’a, który dopiero niedawno został przyłączony do oddziału.
Po udanym wejściu do Outer Heaven, Snake skontaktował się z miejscowymi członkami ruchu oporu : Schneider’em, Diane i Jennifer. Przy ich pomocy Snake’owi udaje się uratować Gray Fox’a, który następnie wyjawił mu szokujące informacje o Metal Gearze, który okazał się być wyposażonym w głowicę nuklearną chodzącym dwunożnym czołgiem. Porusza się po terenie niedostępnym dla zwykłych czołgów, z piechotą radzi sobie przy pomocy działka Vulcan i rakiet anty czołgowych. Była to broń nowego typu mogąca przeprowadzić atak nuklearny z dowolnego miejsca na ziemi. Mając go na własne potrzeby Outer Heaven chciało zdobyć przewagę wojskową nad całym światem. Żeby zniszczyć Metal Gear’a, Snake uwolnił jego projektanta Dr. Pettrovicha i jego córkę Elen, która została porwana by zmusić jej ojca do współpracy. Snake dowiaduje się od Dr. Pettrovicha jak zniszczyć Metal Gear’a, jednak gdy coraz bardziej zbliża się do serca bazy, pojawia się wokół niego coraz to więcej pułapek, tak jakby każdy jego krok był przewidziany przez przeciwnika. W czasie jednej z walk w ręce wroga wpadł przywódca ruchu oporu Kyle Schneider, a Snake został ciężko ranny. Jednak Snake nie poddał się i ciągle kierował się na 100 poziom piwnic, do miejsca produkcji Metal Gear’a. W końcu po uniknięciu wielu pułapek i zabiciu wielu przeciwników niszczy Metal Geara. Jednak przy próbie ucieczki staje twarzą w twarz z przywódcą Fox Hound, Big Bossem. Ten wyjawił mu całą prawdę o misji. To on kierował organizacją zrzeszającą najemników wykorzystując znajomości jakie zdobył w czasie służby jako najemnik. Chciał żeby jego organizacja miała większe wsparcie wojskowe i wtedy stworzył Outer Heaven.
Powodem dla którego wysłał rekruta na tą misję było stworzenie zamieszania w krajach ‚zachodu’. Jednakże Big Boss się pomylił, nigdy się nie spodziewał, że Snake dojdzie tak daleko. Big Boss uruchomił system autodestrukcji całej bazy. Podczas odliczania, echem wśród bazy rozniósł się jego krzyk „Posunąłeś się za daleko. Za daleko !”.
Na 100 poziomie piwnic rozegrała się walka, wolna od ideologii i polityki.
W końcu forteca przestała istnieć, Outer Heaven upadło. Niezniszczalna forteca stworzona na bazie najlepszej wojskowej technologii, dla której pracowali najlepsi najemnicy, spłonęła w płomieniach.
Solid Snake został sam…