Po trailerze Metal Gear Solid: Ground Zeroes nasuwa się wiele pytań, szkoda że odpowiedzi jak zwykle mniej. Kiedy toczy się akcja gry? Kim jest oszpecony mężczyna? Jaką rolę w fabule odgrywa przetrzymywany w obozie chłopak? To tylko kilka z nurtujących nas przykładów. Dalej postaramy się odpowiedzieć na kilka pytań czyli wysnujemy kilka standardowych teorii spiskowych.

Przedstawiona w zwiastunie akcja toczy się na terenie Kuby. Minęło już trochę czasu od wydarzeń opisanych w Peace Walkerze, choć dokładna data upływu czasu nie zostaje podana.

Historia rozpoczyna się od epilogu zdarzeń w Nikaragui. Paz przeżyła, jej ciało wyłowili rybacy z morza karaibskiego. Ze względu na informację o możliwościach Żołnierzy bez Granic jej powrót może się okazać zagrożeniem dla Big Bossa i jego ludzi, zwłaszcza iż Paz została złapana i jest teraz przesłuchiwana. Wszystko to zbiega się z inspekcją ONZ mającej za zadanie zbadać nuklearny potencjał armii Big Bossa co w praktyce oznacza sprowadzenie na nich zagrożenia ze strony innych sił wyposażonych w atomowy arsenał. Celem misji Big Bossa jest infiltracja położonego na Kubie obozu Camp Omega i wydostanie z więzienia Chico oraz Paz. Dziewczyna, będąca dotychczasowym wrogiem Big Bossa, musi stanąć po stronie Snake’a i jego żołnierzy.

Technologia w świecie Ground Zeroes jest o wiele bardziej zaawansowana niż w poprzedniej części. Choć tak na prawdę można się tutaj o to spierać, skoro już wcześniej przedstawiono sztuczne inteligencję. W nowej odsłonie, Snake korzysta m.in z urządzenia wyświetlającego hologram z danymi otaczającego terenu. To nowa forma mapy, wprowadzona w miejsce klasycznego HUDa. Hologram to wersja beta, możliwe więc że to kolejny eksperyment opracowany w dziale wynalazków w Bazie Matce – nie po raz pierwszy wyprzedzający swoje czasy. W tej kwestii najwyraźniej nie zmieni się nic.

Zachodzi pytanie ile Big Bossa ma lat w grze. Na wypuszczonym materiale mowa jest iż mimo wieku, Snake wciąż jest w dobrej formie. Widzimy że ma dłuższa, siwą brodę, wygląda na zdecydowanie starszego niż w 1974 roku. Z drugiej strony dialogi wyraźnie wspominają o przeżyciu Paz i przetrzymywaniu na terenie bazy Chico, co naprowadza nas na bliższy okres od zakończenia Peace Walkera – okolice kilku miesięcy, raczej na pewno nie lat. Drugą kwestią budzącą wątpliwości jest wiek protagonisty. Pierwszy wypuszczony render, ukazywał Snake’a w podobnych środowisku, z tą różnicą że wydawał się o wiele młodszy, bez siwej brody. Logika każe przypuszczać że akcja będzie toczyć się w na przestrzeni kliku lat i nie będzie ograniczać tylko do jednego przedziału czasowego. Istnieje jeszcze inne, choć bardziej naciągane, wyjaśnienie. W rzeczywistości, osoba z pierwszego materiału to nie jest Snake. Hasło gry mówi o dwóch widmach zrodzonych z FOX, a obraz rzekomego Big Bossa jest celowo odwrócony co już samo w sobie każe przypuszczać, iż mamy do czynienia z podstępem, a w konsekwencji kimś zupełnie innym, kimś kto podszywa się pod Big Bossa. Czyżby więc więcej niż jeden Snake? Takie rozwiązanie po raz kolejny otwiera pole do wprowadzenia jego klonów.

Kiedy mówimy o klonach, nasuwa się pytanie o tożsamość chłopaka przetrzymywanego w klatce. Część graczy sugeruje jednego z synów Big Bossa, inni widzą w nim młodego Grey Foxa, chociaż niektórzy wskazują na wzmiankowanego Chico. I tą ostatnią personę potwierdza sam Hideo Kojima. Chłopak jest zdrajcą, wygląda na to iż za wyjawione informację będzie mógł wrócić do domu. Niewiele więcej wiadomo na temat powodu jego pobytu w więzieniu, oprócz tego iż miał wydać dziewczynę, która został później zabita. Czyżby chodziło o jego siostrę, Amandę? Mało prawdopodobne, bardziej wiarygodną opcją wydaje się związanie jego wyznań z obecnością Paz na terenie ośrodka, co także podważa sugestię o jej śmierci. Przesłuchujący Chico mężczyzna mógł po prostu nie mówić całej prawdy, a dziewczyna okazała się bardziej użyteczna.

Na koniec pozostaje zagadka dziwacznej figury – mężczyzny z poranioną twarzą. To może być zupełnie nowa postać. Jednakże, jego styl ubierania przypomina wygląd Galveza – garnitur i płaszcz, jedyny element, który nie pasuje to kapelusz. Skoro jednak Paz przeżyła, dlaczego nie miałby wrócić jej promotor? Kwestia identyfikacji postaci pozostaje nadal otwarta. Mniej wątpliwości budzi bliźniacza organizacji FOX – jest wykrzywiony odpowiednik czyli XOF. To niezupełnie FOXHOUND ale grupa wydaje się stać w kontrze do matczyne jednostki Naked Snake’a lub stanowi jej odbicie pozostając nadal w ramach operacji CIA. Pewne jest natomiast to, że żołnierze przybywający wraz z grupą używają kamuflażu XOF jako przykrywki – co staje się jasne po wymazaniu loga z śmigłowca grupy oraz wyrzucenia identyfikacyjnych naszywek. Fraza o koniu trojańskim wydaje się aż nadto oczywista. Po wylocie z bazy, oddział rusza w nieznanym kierunku, chociaż z dialogów wynika że to oni będą częścią inspekcji jaka ma odbyć się w Mother Base.